Để thống nhất quản lý và tách bạch giữa hoạt động cho vay tín dụng chính sách và tín dụng thương mại của các NHTM quốc doanh, ngày 10 tháng 12 năm 1994, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 187/CP thành lập Tổng cục Đầu tư phát triển trực thuộc Bộ Tài chính thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài chính đầu tư phát triển, cấp phát và cho vay v ốn đầu tư của Nhà nước.
Tiếp đó, để thực hiện đường lối đổi mới toàn diện cơ chế quản lý kinh tế và quản lý TDĐT phát triển của Nhà nước, nhằm góp phần thực hiện chủ trương phát huy nội lực, điều chỉnh cơ cấu kinh tế, cơ cấu đầu tư, nâng cao hiệu quả và sức cạnh tranh của nền kinh tế theo tinh thần Nghị quyết Trung ương 04 và 06 lần 01 khóa VIII, tháng 6 năm 1999 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 43/1999/NĐ-CP (văn bản pháp lý đầu tiên về TDĐT Nhà nước); đồng thời, thành lập Quỹ Hỗ trợ phát triển theo Nghị định số 50/1999/NĐ-CP ngày 08 tháng 7 năm 1999 để thực hiện chính sách TDĐT phát triển của Nhà nước. Đây là một bước đi quan trọng trong việc đổi mới quản lý TDĐT phát triển của Nhà nước: tập trung về một đầu mối, khắc phục những tồn tại của cơ chế TDĐT phát triển trong 10 năm trước theo hướng giảm bao cấp, tăng cường hiệu quả vốn đầu tư, nâng cao tính tự chủ chịu trách nhiệm của chủ đầu tư và cơ quan cho vay, tách bạch tín dụng chính sách và tín dụng thương mại trong lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản.
Việc hình thành và phát triển hệ thống Quỹ Hỗ trợ phát triển để thực hiện chính sách TDĐT phát triển của Nhà nước là bước kế tiếp thành công của sự đổi mới mô hình tổ chức tài chính của Chính phủ trong điều hành kinh tế vĩ mô. Trong điều kiện khả năng tích lũy của ngân sách Nhà nước cho đầu tư phát triển có hạn, cùng với chính sách thu hút đầu tư, Chính phủ đã có thêm công cụ khai thác nguồn vốn trong xã hội để hỗ trợ phát triển các ngành, các vùng, các sản phẩm trọng điểm, thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu kinh tế, thúc đẩy xuất khẩu và khai thác những tiềm năng to lớn của đất nước cho sự nghiệp công nghiệp hóa - hiện đại hóa.
Tuy nhiên, trong hơn năm năm thực hiện nhiệm vụ của Chính phủ giao, bên cạnh những cố gắng nỗ lực để vượt qua những thách thức trong thời kỳ đổi mới, năng lực tổ chức điều hành, năng lực thẩm định, dự báo của Quỹ Hỗ trợ phát triển đối với các dự án đầu tư trong 5 - 10 năm còn hạn chế, phần nào ảnh hưởng đến hiệu quả đầu tư. Trong quá trình triển khai thực hiện TDĐT phát triển của Nhà nước, hệ thống Quỹ Hỗ trợ phát triển đã bộc lộ những tồn tại, vướng mắc. Chính những tồn tại, vướng mắc này đã hạn chế khả năng phát triển của Quỹ, ảnh hưởng đến độ an toàn trong hoạt động tài chính, nếu không được khắc phục kịp thời sẽ rất khó khăn trong việc hoàn thành nhiệm vụ được giao.
Bên cạnh đó, để đáp ứng yêu cầu hội nhập kinh tế thế giới theo lộ trình cam kết với Tổ chức thương mại thế giới (WTO) và yêu cầu đổi mới chính sách TDĐT phát triển và xuất khẩu của Nhà nước, ngày 19 tháng 5 năm 2006 Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 108/2006/QĐ-TTg thành lập NHPT Việt Nam trên cơ sở tổ chức lại hệ thống Quỹ Hỗ trợ phát triển để thực hiện chính sách TDĐT và TDXK của Nhà nước. NHPT Việt Nam (tên giao dịch quốc tế: The Vietnam Development Bank) có số vốn điều lệ 10.000 tỷ đồng, hoạt động không vì mục đích lợi nhuận với thời gian hoạt động là 99 năm.