Chi phí đại diện của vốn chủ sở hữu là chi phí phát sinh khi doanh nghiệp gặp phải vấn đề về sự thiếu đồng thuận giữa mục tiêu của người sở hữu và người quản lý và vấn đề thông tin bất cân xứng. Trong doanh nghiệp, sự phân định quyền sở hữu và quyền quản lý sẽ nảy sinh những nguy cơ khiến cho hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp không ở mức tối ưu, gây thiệt hại cho các nhà đầu tư. Ngoài ra, cũng có thể nói chi phí đại diện là thiệt hại khi nhà quản lý không cố gắng làm tối đa hóa giá trị doanh nghiệp. Các cổ đông sẽ phải gánh chịu phí tổn để kiểm soát ban quản lý và do đó, ảnh hưởng đến công việc của họ. Để giảm chi phí đại diện của vốn chủ sở hữu, cần phải tăng tỷ lệ nợ vay. Khi đó, nhà quản lý sẽ phải thậm trọng hơn trong các quyết định đầu tư của mình và sử dụng vốn một các hiệu quả hơn.
Chi phí đại diện của nợ phát sinh do sự bất cân xứng thông tin giữa doanh nghiệp và các chủ nợ. Chi phí đại diện phát sinh khi doanh nghiệp tham gia vào các dự án đầu tư có lợi cho cổ đông hơn chủ nợ, mức độ bất cân xứng thông tin giữa doanh nghiệp và chủ nợ càng lớn thì chí phí đại diện của vốn nợ càng cao.
Như vậy, theo lý thuyết chi phí đại diện, hệ số nợ vay có quan hệ ngược chiều với chi phí đại diện của vốn chủ sở hữu và có quan hệ cùng chiều với chi phí đại diện của vốn nợ.
Trên đây là một số lý thuyết tiêu biểu về cơ cấu vốn. Qua thời gian, từ nền móng là những kết quả nghiên cứu về cơ cấu vốn tối ưu, lý thuyết thị trường hoàn hảo M&M, ngày càng có nhiều lý thuyết về cơ cấu vốn hiện đại ra đời đã từng bước khắc phục được những thiếu sót của các lý thuyết trước đây. Tuy nhiên, các lý thuyết về cơ cấu vốn chưa đạt sự nhất quán về những vấn đề liên quan tới cơ cấu vốn của doanh nghiệp bao gồm:
- Một là, có tồn tại hay không một cơ cấu vốn tối ưu cho doanh nghiệp. Trong khi lý thuyết cơ cấu vốn tối ưu, lý thuyết M&M và lý thuyết đánh đổi thừa nhận có tồn tại một cơ cấu vốn tối ưu thì lý thuyết trật tự phân hạng, lý thuyết định thời điểm thị trường và lý thuyết chi phí đại diện lại không thừa nhận điều này.
- Hai là, về các nhân tố ảnh hưởng tới cơ cấu vốn và tác động ngược trở lại của cơ cấu vốn đối với hoạt động của doanh nghiệp: Mỗi thuyết đều được đặt trong các giả định nhất định nên các kết luận rút ra bị hạn chế khi xem xét tổng quát trong điều kiện thực tế. Quan điểm truyền thống có đề cập tới ảnh hưởng của cơ cấu vốn tới chi phí sử dụng vốn nhưng lại không định lượng được cụ thể mức độ ảnh hưởng. Lý thuyết M&M làm rõ hơn được tác động của cơ cấu nguồn vốn tới chi phí sử dụng vốn và giá trị doanh nghiệp, giúp doanh nghiệp trả lời câu hỏi khi nào doanh nghiệp nên tăng hệ số nợ, nhưng lý thuyết này lại bỏ qua các nhân tố ảnh hưởng hết sức quan trọng như rủi ro vỡ nợ, chi phí giao dịch, chi phí kiệt quệ tài chính. Lý thuyết đánh đổi làm rõ hơn tác động của thuế, của chi phí kiệt quệ tài chính tới cơ cấu vốn và giá trị doanh nghiệp. Song, thuyết này chưa lượng hoá được hết các yếu tố để giúp doanh nghiệp xác định được cơ cấu vốn mục tiêu, nhất là khi chi phí kiệt quệ tài chính tăng do mất khách hàng, mất nhà cung cấp, mất nhân viên giỏi, mất thời gian và công sức của ban quản lý vào việc đối phó với khó khăn tài chính. Lý thuyết trật tự phân hạng và lý thuyết định thời điểm thị trường không thừa nhận việc tồn tại một cơ cấu vốn tối ưu nên không có mô hình lý thuyết xác định cơ cấu vốn tối ưu và không cho thấy ảnh hưởng của các yếu tố như thuế, chi phí kiệt quệ tài chính, chi phí đại diện tới cơ cấu nguồn vốn.
Nghiên cứu các lý thuyết về cơ cấu vốn đã giúp các nhà quản trị có cách hiểu thấu đáo hơn về cơ cấu vốn của doanh nghiệp. Các lý thuyết chưa đồng nhất quan điểm xung quanh vấn đề cơ cấu vốn và mỗi lý thuyết đều tồn tại các hạn chế nhất định, chưa giải quyết triệt để các vấn đề để tìm ra cách xác định cơ cấu vốn tối ưu, nhưng đều chứng tỏ một cách hết sức rõ ràng một cơ cấu vốn hợp lý sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu chi phí sử dụng vốn bình quân, hay tối đa hóa tỷ suất lợi nhuận VCSH.