Việc cơ quan quản lý Nhà nước cấp GCNQSDĐ phải đảm bảo đúng theo quy định pháp luật về thẩm quyền cấp GCNQSDĐ và được quy định tại Điều 105 Luật Đất đai 2013 như sau:
UBND cấp tỉnh cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho tổ chức, cơ sở tôn giáo; người Việt Nam định cư ở nước ngồi, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện dự án đầu tư, tổ chức nước ngồi có chức năng ngoại giao. Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh được uỷ quyền cho cơ quan Tài nguyên và Môi trường cùng cấp, cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất. UBND cấp huyện cấp GCNQSDĐ, QSH nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho hộ gia đình, cá nhân, cộng đồng dân cư, người Việt Nam định cư ở nước ngoài được sở hữu nhà ở gắn liền với quyền sử dụng đất ở tại Việt Nam.
Đối với những trường hợp đã được cấp Giấy chứng nhận, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu cơng trình xây dựng mà thực hiện các quyền của người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất hoặc cấp đổi, cấp lại Giấy chứng nhận, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở. Giấy chứng nhận quyền sở hữu cơng trình xây dựng thì do cơ quan Tài ngun và Mơi trường thực hiện theo quy định của Chính phủ.
Ngoài ra, thẩm quyền cấp GCNQSDĐ, QSH nhà ở và các tài sản khác gắn liền với đất cũng được quy định theo Nghị định số 43/2014/NĐ-CP của Chính phủ cũng được quy định như sau: Sở Tài nguyên và Môi trường cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản gắn liền với đất cho tổ chức, cơ sở tôn giáo, người Việt nam định cư ở nước ngoài thực hiện dự án đầu tư, tổ chức, cá nhân nước ngồi, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và thẩm quyền cấp GCNQSDĐ, QSH nhà ở và tài sản khác gắn
liền với đất đã được quy định rõ ràng cụ thể trong Luật đất đai 2013, Nghị định hướng dẫn Luật Đất đai. Như vậy, giữa Luật Đất đai 2013 và Nghị định số 43/2014/NĐ-CP của Chính phủ có sự khác biệt ở chỗ là: Luật Đất đai 2013 cũng được quy định rõ ràng và việc Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh uỷ quyền cho cơ quan Tài nguyên và Môi trường cùng cấp cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho tổ chức nước ngồi, thì tổ chức nước ngồi đó phải có chức năng ngoại giao. Còn theo quy định của Nghị định số 43/2014/NĐ-CP của Chính phủ, thì khơng có quy định cụ thể như Luật Đất đai 2013.
Bên cạnh đó, Luật Đất đai 2013 cũng không xác định cá nhân nước ngoài là đối tượng được cấp GCNQSDĐ,QSH nhà ở và các tài sản gắn liền với đất như trong Nghị định số 43/2014/NĐ-CP của chính phủ. Các quy định về thẩm quyền cấp GCNQSDĐ,QSH nhà ở và các tài sản gắn liền với đất giữa Luật Đất đai 2013, Nghị định số 43/2014/NĐ-CP của Chính phủ còn thiếu sự thống nhất đồng bộ. Do đó, sẽ khó khăn về thẩm quyền để cấp GCNQSDĐ,QSH nhà ở và các tài sản gắn liền với đất.