Một điều vừa là ưu điểm nhưng cũng là nhược điểm của mô hình APT là không cố định các biến độc lập đưa vào mô hình hay quy định biến độc lập nào sẽ là chuẩn xác nhất để sử dụng mà hoàn toàn “mở”, có nghĩa là người dùng tùy ý lựa chọn các yếu tố rủi ro. Tùy theo khả năng và ý định của người dùng, những tập hợp yếu tố khác nhau có thể cho độ chính xác khác nhau. Thậm chí tùy điều kiện nền kinh tế của từng thị trường, từng giai đoạn và mức độ công bố thông tin khác nhau sẽ đưa ra những lựa chọn biến độc lập và có thể đưa tới kết quả khác nhau, đôi khi là không chính xác.
Tác giả nhận thấy việc lựa chọn biến độc lập để đưa vào mô hình APT của mình như đã vận dụng tại chương II là chưa thực sự phù hợp. Việc lựa chọn biến độc lập cần phải dựa vào những nghiên cứu chuyên sâu và kỹ lưỡng về các yếu tố ảnh hưởng tới giá cổ phiếu. Thậm chí mỗi nhóm ngành sẽ có một vài yếu tố kinh tế vĩ mô đặc trưng riêng có ảnh hưởng lớn đến biến động giá cổ phiếu ngành đó. Ví dụ, đối với cổ phiếu các doanh nghiệp kinh doanh trong lĩnh vực vận tải, logistics thì nhân tố giá dầu, giá xăng tất yếu sẽ có ảnh hưởng lớn. Chỉ cần một thông báo OPEC tăng sản lượng, hay tăng giá dầu mỏ trên thị trường thế giới có thể lập tức khiến các cổ phiếu liên quan này biến động mạnh. Tuy nhiên, các nghiên cứu chuyên sâu có độ tin cậy cao và được công bố về các nhân tố vĩ mô và ảnh hưởng của chúng tới giá cổ phiếu hiện tại chưa nhiều và độ tin cậy còn hạn chế. Trong khuôn khổ thời gian và năng lực có hạn, cũng như cân nhắc tới sự sẵn có của dữ liệu và thông tin có độ tin cậy có khả năng tiếp cận được, tác giả đã lựa chọn các nhân tố chỉ số thị trường (VN-Index), chỉ số giá tiêu dùng (CPI), giá vàng SJC, giá Đôla Mỹ (USD) và lãi suất thị trường liên ngân hàng. Đặc biệt, đối với biến lãi suất thị trường liên ngân hàng, đây là một biến số chưa thực sự hợp lý để đại diện cho đại lượng lãi suất. Điều này chắc chắn đã ảnh hưởng lớn tới tính chính xác của mô hình khi đây là một đại lượng có ảnh hưởng rất lớn tới giá vốn doanh nghiệp và kéo
theo đó là tỷ suất lợi nhuận và giá cổ phiếu. Tuy nhiên, trong điều kiện không thể có được lịch sử lãi suất thị trường Việt Nam trong giai đoạn nghiên cứu, biến lãi suất thị trường liên ngân hàng vẫn buộc phải đưa vào mô hình.
Điều kiện thông tin phục vụ nghiên cứu còn hạn chế dẫn tới việc lựa chọn các biến nghiên cứu chưa thực sự phù hợp, do đó kết quả của mô hình đưa ra chưa đc chính xác và tính ứng dụng chưa cao. Tác giả đề xuất nếu có khả năng tiếp cận với cơ sở dữ liệu kinh tế đầy đủ, đa dạng và có tính chính xác cũng như độ tin cậy cao hơn, người nghiên cứu nên lựa chọn các biến thực sự phù hợp để đạt hiệu quả cao nhất.