Thứ nhất, nợ xấu sẽ làm tăng chi phí hoạt động của các ngân hàng do vậy lợi nhuận ngân hàng giảm. Chi phí hoạt động của ngân hàng tăng bao gồm kể cả chi phí dự phòng rủi ro và chi phí hoạt động cho việc thu hồi nợ xấu. Vấn đề nợ xấu đã buộc các ngân hàng sử dụng một nguồn lực đáng kể cho việc thu hồi và xử lý nợ xấu, như trích lập dự phòng, xiết nợ, thanh lý tài sản thế chấp... thay vì dùng những nguồn nhân lực và tài lực để cung cấp tín dụng và phục vụ thị trường. Những tài sản hiện hữu đóng vai trò là những tài sản đảm bảo tại ngân hàng ngày càng bị hư hỏng làm giá trị sử dụng lẫn giá trị của tài sản sẽ bị mất dần theo thời gian. Bên cạnh đó, việc duy trì, bảo dưỡng, quản lý, giám sát làm cho NHTM bỏ ra một khoản tiền không nhỏ. Do các tài sản thế chấp có tính thanh khoản không cao, nên ảnh hưởng đến lợi nhuận bị suy giảm, cùng lúc chất lượng tài sản bị suy giảm và khoản trích lập dự phòng gia tăng. Từ đó, dẫn đến chi phí sử dụng vốn vay ngày càng tăng. Tỷ lệ nợ xấu gia tăng sẽ làm suy giảm khả năng sinh lợi của ngân hàng.
Thứ hai, nợ xấu sẽ không khai thông được nguồn vốn để cho vay. Với tình trạng nợ xấu gia tăng, không những các ngân hàng tìm mọi cách để không cho các món nợ tốt (nhóm 1) nhảy nhóm và trở thành nợ quá hạn (nhóm 2) hay trở thành nợ xấu (nhóm 3 - 5), mà các ngân hàng đều rất cẩn thận cho vay mới do tình trạng tài chính của doanh nghiệp suy giảm, thiếu hay không còn thế chấp và tài sản đảm bảo, hàng tồn kho tăng cao làm gián đoạn vòng quay vốn và tài sản lưu động, khó chứng minh được nguồn hoàn trả cũng như tính khả thi của nhiều dự án.
Thứ ba, nợ xấu cao có thể đẩy ngân hàng rơi vào tình trạng mất vốn, mất thanh khoản và mất lòng tin của người dân. Khi nợ xấu gia tăng thì đồng nghĩa với nguồn vốn “đầu tư” sẽ bị đóng băng, không có khả năng thu hồi. Nguồn vốn cho vay không có khả năng thu hồi được thì khả năng thanh toán giảm. Khủng hoảng trong thanh toán là nguyên nhân dễ dẫn đến sự phá sản của các ngân hàng. Hơn nữa, nợ xấu làm gián đoạn vòng quay vốn của các ngân hàng: những món nợ khó đòi, nợ nghi ngờ và nợ có khả năng mất vốn ngăn chặn dòng tiền trở lại với ngân hàng và có thể nhanh chóng tạo tình trạng mất thanh khoản nếu số nợ xấu tăng cao.
Thứ tư, nợ xấu sẽ làm suy giảm năng lực tài chính của NHTM, vì thế ảnh hưởng đến sự ổn định của khu vực tài chính. Do tỷ lệ nợ xấu gia tăng, lợi nhuận của
NHTM vì thế sẽ bị suy giảm. Điều này sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến năng lực tài chính và khả năng tồn tại lành mạnh của NHTM, đặc biệt đối với các NHTM nhỏ sẽ rất dễ bị phá sản. Lợi nhuận không đạt với những khoản nợ khó đòi trong nhiều quí và chính NHTM cũng trở thành những con nợ với những khoản nợ khổng lồ và buộc phải đi đến kết cục bị phá sản hay bị thôn tính sáp nhập.
Thứ năm, nợ xấu khiến uy tín của ngân hàng giảm sút. Khi nợ xấu phát sinh sẽ khiến uy tín của các ngân hàng thương mại giảm sút đối với khách hàng như việc chậm trễ trong thanh toán, khả năng thanh toán giảm sút..., đối với cổ đông như chậm trễ trong thanh toán cổ tức, cổ tức giảm do thu nhập giảm, hoạt động kinh doanh và chất lượng tín dụng đi xuống... và đối với các đối tác khác như chậm trễ trong giải ngân các khoản cho vay hợp vốn, các khoản đầu tư, chứng khoán... Trong lĩnh vực ngân hàng, uy tín là vấn đề quan trọng quyết định đến sự sống còn, tồn tại và phát triển của một ngân hàng. Chính vì vậy, nợ xấu đã ảnh hưởng đến sự phát triển của toàn bộ hệ thống ngân hàng.
- Đối với doanh nghiệp
Doanh nghiệp khó tiếp cận được nguồn vốn vay. Do nợ xấu gia tăng gây nên chi phí hoạt động của ngân hàng tăng cao. Vì vậy, nhiều ngân hàng có nợ xấu cao khó có thể giảm lãi suất cho vay vì họ muốn giữ những món nợ cũ với lãi suất cao và những món nợ mới cũng với lãi suất cao để bù trừ cho chi phí và thiết hại phát sinh từ những món nợ xấu hiện đang nằm trong sổ sách. Điều này lý giải phần nào hiện tượng các ngân hàng vẫn giữ lãi suất cao khi lãi suất đầu vào đã thuyên giảm đáng kể, thậm chí với các hợp đồng tín dụng cho phép lãi suất được điều chỉnh bất cứ ở thời điểm nào.
Hơn nữa, kinh nghiệm nợ xấu đã buộc các ngân hàng áp dụng chặt chẽ hơn những chỉ tiêu của chính sách cho vay và siết chặt các điều kiện cho vay mà trước kia, trong một nền kinh tế tăng trưởng nóng, các ngân hàng đã nới lỏng quá mức. Đặc biệt trong lĩnh vực cho vay BĐS và chứng khoán. Như vậy, doanh nghiệp không có vốn để để tiếp tục hay mở rộng sản xuất, kinh doanh và kéo theo hệ luỵ của xã hội. Nền kinh tế dẫn rơi vào tình trạng bị động, khó có khả năng cạnh tranh
lẫn tồn tại.Sẽ không có một ngân hàng nào muốn duy trì quan hệ lâu dài với doanh nghiệp có tỷ lệ nợ quá hạn cao bởi đây chính là tín hiệu nói lên hoạt động kém hiệu quả doanh nghiệp, và nguy cơ tiếp tục không trả nợ vay của doanh nghiệp. Vì nhu cầu vốn kinh doanh, buộc doanh nghiệp phải vay vốn ở những nguồn cung cấp khác với lãi suất cao hơn. Từ đó làm tăng chi phí hoạt động của doanh nghiệp.
- Đối với nền kinh tế
Sức ép lạm phát. Nợ xấu ở mức độ cao sẽ dẫn đến sự khan hiếm vốn một cách giả tạo. Một khối lượng vốn tồn đọng trong các khoản nợ xấu dẫn đến tiền trong lưu thông giảm sút gây sức ép tăng cung tiền mà hậu quả là lạm phát.
Đình chỉ sản xuất. Nợ xấu còn ảnh hưởng đến việc lưu thông tín dụng khiến vốn bị ùn tắc không đến được nơi cần vốn để phát triển hoạt động sản xuất kinh doanh, gây đình đốn ảnh hưởng xấu đến sự phát triển kinh tế.
Khủng hoảng hệ thống tài chính ngân hàng, khủng hoảng kinh tế. Ngân hàng là kênh chủ yếu thực hiện huy động và cho vay phát triển kinh tế. Hoạt động ngân hàng là hoạt động kinh tế mang tính dây truyền. Tỷ lệ nợ xấu cao nếu không kịp thời có biện pháp xử lý sẽ gây thua lỗ cho ngân hàng. Hoạt động huy động vốn cho vay, đầu tư do vậy bị thu hẹp ảnh hưởng tiêu cực đến sự tăng trưởng của nền kinh tế đồng thời trực tiếp làm khủng hoảng hệ thống tài chính ngân hàng và khủng hoảng kinh tế xã hội.