Hệ thống nhận diện và đánh giá rủi ro trong kiểm soát nội bộ đối với hoạt động tín dụng được thực hiện ở mọi cấp và trong từng chuỗi hoạt động nghiệp vụ. Hoạt động tín dụng chiếm tỷ trọng lớn trong danh mục các hoạt động sử dụng vốn của ngân hàng (khoảng 67%) nên hệ thống nhận diện và đánh giá rủi ro trong kiểm soát nội bộ đối với hoạt động tín dụng thường được tổ chức khá chặt chẽ, gồm hai hệ thống: hệ thống chuyên trách về quản lý rủi ro và hệ thống quản lý tín dụng.
Hệ thống chuyên trách quản lý rủi ro thường được lập thành một phòng ban hay bộ phận riêng biệt. Bộ phận này chịu trách nhiệm xây dựng các tiêu chí đánh
giá đối với khách hàng và đối với chi nhánh. Các tiêu chí được xây dựng dựa vào nghiên cứu thực tiễn hoạt động tín dụng của ngân hàng, qua đó phản ánh cả rủi ro bắt nguồn từ phía khách hàng vay và từ phía ngân hàng đối với từng loại cho vay nhất định. Trong phạm vi kiểm soát nội bộ, hệ thống tiêu chí này được sử dụng để đánh giá lại định kỳ đối với khách hàng và đối với chi nhánh, xem xét khả năng thực hiện các kế hoạch đã được đặt ra từ trước. Đối với khách hàng, đó là khả năng thực hiện đúng những cam kết trong hợp đồng tín dụng. Đối với chi nhánh, đó là khả năng thực hiện các mục tiêu tín dụng đã được xác định cho năm tài chính hiện tại. Nhóm đối tượng mà hệ thống này hướng tới thường là các khoản vay có vấn đề, các chi nhánh có tăng trưởng tín dụng cao hơn mức bình quân toàn ngành, các chi nhánh có sự thay đổi bất thường về cơ cấu tổ chức bộ máy và trưởng bộ phận trong thời gian ngắn. Những yếu tố này thường được đánh giá định kỳ hàng quý hoặc cuối năm với sự tham gia của bộ phận kiểm toán nội bộ.
Bộ phận tín dụng cũng có nhiệm vụ đánh giá rủi ro, nhưng chỉ giới hạn trong việc đánh giá đối với khách hàng vay thông qua việc thu thập thông tin và kiểm tra đối với khách hàng sau khi cho vay (sau khi giải ngân) nhằm kiểm soát quá trình sử dụng vốn vay, đánh giá lại khả năng trả nợ và có biện pháp xử lý kịp thời đối với những trường hợp có ảnh hưởng tiêu cực tới lợi ích của ngân hàng.