Kiểm soát nội bộ là việc thiết lập và tổ chức thực hiện trong nội bộ đơn vị kế toán các cơ chế, chính sách, quy trình, quy định nội bộ phù hợp với quy định của pháp luật nhằm đảm bảo phòng ngừa, phát hiện, xử lý kịp thời rủi ro và đạt được yêu cầu đề ra. Nếu không có kiểm soát nội bộ, làm thế nào để người lao động không vì quyền lợi riêng của mình mà làm những điều thiệt hại đến lợi ích chung của toàn tổ chức, làm thế nào để quản lý được rủi ro, làm thế nào để phân quyền, giao việc cho cấp dưới một cách chính xác, khoa học? Do đó, kiểm soát nội bộ đóng vai trò rất quan trọng đối với sự an toàn và khả năng phát triển trong hoạt động kinh doanh của ngân hàng thương mại. Việc xây dựng và thực hiện được một cơ chế kiểm soát nội bộ phù hợp và hiệu quả sẽ cho phép các ngân hàng thương mại chống đỡ tốt nhất với rủi ro, đặc biệt là rủi ro hoạt động.
Như vậy, để việc hạn chế rủi ro hoạt động có kết quả tốt nhất, ngân hàng cần nâng cao hiệu quả của công tác kiểm soát nội bộ bằng cách chuẩn hóa quy trình kiểm soát, kiểm toán nội bộ, xây dựng kế hoạch dài hạn tổng thể kiểm soát định hướng theo rủi ro, hoàn thiện quy chế kiểm soát nội bộ theo những chuẩn mực tiên tiến, nâng cao
chất lượng nhân lực và cuối cùng là đầu tư ứng dụng công nghệ tin học hiện đại vào kiểm soát nội bộ. Ngoài ra, phương pháp kiểm soát chung nên theo hướng chuyển dịch trọng tâm từ kiểm soát từng trường hợp riêng lẻ sang kiểm soát hệ thống và kiểm toán chứng năng như: kiểm soát tổ chức quy trình hoạt động, kiếm soát việc quản lý và điều tiết rủi ro cũng như tính hiệu lực và cơ chế kiểm toán nội bộ cài đặt trong quy trình hoạt động của Chi nhánh.