Năm 1992, với chính sách mở cửa, hội nhập của đất nước, với việc bình thường hóa quan hệ 2 nước Việt Nam - Trung Quốc, hoạt động xuất nhập khẩu ở biên giới Việt - Trung trở nên nhộn nhịp, sôi động hơn. Nhiệm vụ của Hải quan Lạng Sơn lúc này trở nên thực sự nặng nề. Thực hiện chương trình cải cách hành chính của Chính phủ, Hải quan Lạng Sơn đã kiện toàn tổ chức bộ máy và thành lập Chi cục Hải quan Cửa khẩu Hữu Nghị tỉnh Lạng Sơn.
Hiện nay, Chi cục Hải quan Cửa khẩu Hữu Nghị tỉnh Lạng Sơn có địa chỉ tại xã Bảo Lâm, huyện Cao Lộc, tỉnh Lạng Sơn.
Chi cục Hải quan Cửa khẩu Hữu Nghị được thành lập và bắt đầu đi vào hoạt động từ ngày 1/1/1992 với 15 cán bộ, công chức và chia làm 2 đội công tác: Đội tổng hợp, đội nghiệp vụ. Ngay từ khi mới thành lập, lực lượng Chi cục Hải quan Cửa khẩu Hữu Nghị có rất ít biên chế, trình độ chuyên môn của cán bộ, công chức chưa được đào tạo sâu, chủ yếu dựa vào kinh nghiệm thực tế. Đây là một trong những khó khăn lớn nhất trong quá trình thực thi công cụ và phát triển. Kèm theo đó là những thiếu thốn về cơ sở vật chất và trang thiết bị cần thiết cho công tác hải quan. Nhưng vượt qua muôn vàn thách thức và khó khăn đó, các cán bộ chiến sĩ Chi cục Hải quan Cửa khẩu Hữu Nghị luôn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao để đáp ứng cho nhu cầu công tác hiện đại hóa Hải quan trước yêu cầu về sự phát triển đi lên của đất nước nói chung và của tỉnh Lạng Sơn nói riêng.