Cơ chế quản lý tài chính tại các đơn vị sự nghiệp công lập nói chung và các bệnh viện công lập nói riêng được thể hiện thông qua nghị định 16/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015 của Chính phủ về quy định cơ chế tự chủ của bệnh viện. Ngoài ra căn cứ vào các thông tư liên tịch, liên bộ giữa các bộ, ngành nhằm thống nhất chung trong cách thực hiện đảm bảo đúng quy định và pháp luật của Nhà nước. Quan điểm chủ đạo được thể hiện trong các văn bản quy phạm pháp luật áp dụng đối với các đơn vị sự nghiệp công lập trong giai đoạn này là nhằm phát huy được tính tự chủ tự chịu trách nhiệm của thủ trưởng các đơn vị đi liền với việc phát huy dân chủ trong nội bộ của mỗi đơn vị đó. Quan điểm đó được thể hiện thông qua mục tiêu thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm và nguyên tắc thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các đơn vị sự nghiệp công lập như sau:
Cơ chế quản lý tài chính là tổng thể các phương pháp, công cụ và hình thức tác động lên một hệ thống để liên kết phối hợp hành động giữa các bộ phận thành viên trong hệ thống nhằm đạt được mục tiêu cuối cùng của quản lý. Quyết định sự thành công hay thất bại trong quản lý nói chung và trong quản lý thu - chi tại đơn vị nói riêng, đó chính là phương pháp và công cụ quản lý.
Quản lý tài chính ở các đơn vị sự nghiệp công lập phải đảm bảo các yêu cầu sau: - Nâng cao chất lượng kế hoạch hoá hoạt động của đơn vị, kế hoạch hoạt động chuyên môn phải gắn với kế hoạch đảm bảo vật chất, hậu cần, với dự toán tài
chính của đơn vị, xác lập chính xác các ưu tiên trong điều kiện các nguồn lực đầu tư luôn bị hạn chế.
- Đảm bảo duy trì hoạt động thường xuyên về chuyên môn của đơn vị, đồng thời tập trung kinh phí để từng bước giải quyết được những hoạt động ưu tiên đã được xác lập trong kế hoạch ngắn hạn và dài hạn của đơn vị.
- Quản lý chặt chẽ thu chi tài chính; thực hành tốt công tác kế toán, phân tích hoạt động kinh tế; xác lập vai trò của công tác tài chính - kế toán là công cụ đắc lực để quản lý kinh tế của đơn vị. là cơ sở cho việc quản lý tài chính tại bệnh viện.