Việc đổi mới cơ chế tài chính bệnh viện theo chủ trương “xã hội hoá” và “tự chủ” đang trong quá trình thực hiện. Bên cạnh những kết quả thu được của bệnh viện, còn nhiều vấn đề cần xem xét từ góc độ của toàn hệ thống y tế, của bệnh viện và đặc biệt là từ lợi ích của người dân, nhất là nhóm người có thu nhập thấp. Nếu chỉ nhìn nhận từ góc độ của bệnh viện thì chắc chắn không đảm bảo thực hiện được mục tiêu chung của hệ thống y tế. Sự gia tăng các nguồn thu của bệnh viện công hiện nay đang là một vấn đề ảnh hưởng đến tính công bằng và lợi ích của người dân, giải pháp cơ bản cho vấn đề này là nâng cao chất lượng BHYT, nhanh chóng tiến tới BHYT toàn dân, xã hội hoá KCB theo yêu cầu. Bộ Y tế cần tăng cường cải cách thủ tục hành chính, giảm phiền hà cho người bệnh, hướng tới sự hài lòng của người bệnh; xây dựng hành lang pháp lý để kiểm soát các hoạt động, tài chính hướng đến giao quyền tự chủ toàn diện cho các bệnh viện.
Bộ Y tế nên xây dựng dịch vụ theo gói để các bệnh viện tự quản lý theo chuyên môn thay cho những thủ tục hành chính phân tuyến như hiện nay. Như vậy, các bệnh viện sẽ chủ động hơn trong cân đối thu chi, tự chủ về kinh tế cho bệnh viện. Đồng thời Bộ Y tế cũng cần tăng cường việc hướng dẫn các đơn vị trực thuộc đổi mới công tác lập dự toán NSNN để nâng cao chất lượng của dự toán và từ đó nâng cao hiệu quả việc chấp hành dự toán và quyết toán kinh phí.
Ngoài ra, Bộ Y tế nên nghiên cứu xem xét và đưa ra các giải pháp về chế độ khuyến khích cho cán bộ công chức viên chức trong các đơn vị y tế công lập, tạo động lực cống hiến trong công tác chuyên môn.