- Cần thiết phải hoàn thiện các văn bản pháp lý phù hợp và đồng bộ đối với việc thực hiện cơ chế tự chủ nói riêng và tài chính nói chung tại các đơn vị ngành y tế. Tăng cường vai trò quản lý nhà nước đối với việc thực hiện tự chủ tại các bệnh viện thông qua việc nghiên cứu ban hành các tiêu chí, điều kiện thực hiện tự chủ cho
các đơn vị y tế, xây dựng hệ thống giám sát chất lượng và chi phí dịch vụ bệnh viện. - Cần có các chính sách, chế độ quản lý tài chính chi tiết, ổn định thống nhất đối với đơn vị sự nghiệp công lập trong ngành y tế nói chung và Bệnh viện Bạch Mai nói riêng. Đó là điều kiện để kế toán, với vai trò là công cụ quản lý tài chính, sẽ phát huy vai trò tích cực trong quản lý.
- Cần sớm hoàn thiện căn cứ, hệ thống định mức, phương pháp thực hiện phân bổ NSNN đảm bảo công bằng, khoa học và sát thực tế. Việc phân bổ NSNN cần có sự quan tâm thoả đáng đến tình hình, đặc điểm và quy mô hoạt động sự nghiệp của đơn vị.
- Giao quyền chủ động cao hơn cho các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Y tế, đồng thời với việc giao quyền tự chủ lớn hơn trong quản lý tài chính thì cũng cần giao quyền tự chủ về lao động, biên chế và phát triển quy mô nhưng vẫn đảm bảo vai trò quản lý vĩ mô của các cơ quan quản lý Nhà nước.
- Nhà nước và các cơ quan quản lý cần nghiên cứu đổi mới và hoàn thiện hệ thống định mức tiêu chuẩn, xây dựng định mức chi phí hợp lý phù hợp với điều kiện phát triển kinh tế của đất nước cũng như quy mô phát triển của Ngành.
- Cần nghiên cứu, cải tiến để đảm bảo tính hợp lý, khả thi, thiết thực và thống nhất của các biểu mẫu chứng từ, sổ kế toán, báo cáo tài chính kế toán phù hợp với điều kiện phát triển của công nghệ thông tin hiện nay.
- Hoàn thiện công tác đánh giá và kiểm toán đối với các đơn vị sự nghiệp công lập hoạt động trong ngành Y tế. Hiện nay công tác thanh tra, kiểm toán mới giới hạn trong lĩnh vực kiểm tra sự trung thực của hoạt động tài chính trong đơn vị. Kiểm toán nên phát huy đánh giá tính hiệu quả của việc sử dụng các nguồn lực bằng cách liên hệ các hoạt động tài chính với các mục tiêu chính sách (hiệu quả) và sử dụng nguồn lực (tần suất) của đơn vị đề ra, để việc sử dụng các kết quả đánh giá không chỉ mang tính khắc phục, điều chỉnh mà còn mang tính phát triển tích cực, dự báo và định hướng.
- Nhà nước và các cơ quan hữu quan nên nghiên cứu hợp nhất các hệ thống kế toán Nhà nước hiện hành theo hướng phù hợp với chuẩn mực kế toán công quốc
tế và các hệ thống kế toán khác của Việt Nam.