Cơ chế kiểm tra, kiểm soát tài chính đối với các bệnh viện chủ yếu liên quan đến công tác hạch toán kế toán, báo cáo quyết toán và kiểm tra, kiểm toán ở các đơn vị. Trong đó, hạch toán kế toán, báo cáo quyết toán là khoa học thu nhận, xử lý và cung cấp toàn bộ thông tin về tài sản và các hoạt động kinh tế tài chính trong các đơn vị nhằm kiểm tra toàn bộ tài sản và các hoạt động kinh tế tài chính của các đơn vị đó.
Thu nhận, xử lý và cung cấp thông tin đáp ứng nhu cầu sử dụng thông tin của các nhà quản lý, đòi hỏi công tác ghi chép, tính toán, phản ánh số liệu hiện có, tình hình luân chuyển và sử dụng tài sản, quá trình và kết quả hoạt động sử dụng kinh phí của các đơn vị sự nghiệp kịp thời, chính xác.
Thông qua công tác hạch toán kiểm tra tình hình thực hiện kế hoạch chi tài chính, tình hình thu nộp và thanh toán, kiểm tra việc giữ gìn và sử dụng tài sản, sử dụng kinh phí, phát hiện và ngăn ngừa kịp thời những hành động tham ô, lãng phí, xâm
phạm tài sản, vi phạm các chế độ chính sách, thể lệ tài chính, kinh tế của Nhà nước. Thông qua quá trình ghi chép tổng hợp số liệu, hạch toán kế toán cung cấp các số liệu, tài liệu phục vụ cho việc điều hành và quản lý các hoạt động trong các bênh viện kiểm tra phân tích hoạt động kinh tế tài chính, phục vụ công tác lập kế hoạch và theo dõi tình hình thực hiện kế hoạch, phục vụ công tác thống kê và thông tin kinh tế.
Báo cáo và quyết toán NSNN, theo chế độ tài chính kế toán hiện hành, tất cả các khoản thu chi của các bệnh viện đều được theo dõi, ghi chép, phản ánh đầy đủ kịp thời vào sổ sách kế toán của đơn vị theo hệ thống các loại sổ sách, biểu mẫu của Nhà nước quy định. Việc cập nhật thường xuyên kịp thời các nghiệp vụ tài chính phát sinh đặc biệt là các khoản thu, chi nhằm mục đích giúp các đơn vị theo dõi chính xác việc thực hiện dự toán thu, chi đã lập. Hệ thống sổ sách kế toán còn là căn cứ quan trọng, không thể thiếu để lập báo cáo quyết toán hàng năm của các bệnh viện Báo cáo quyết toán hàng năm của các bệnh viện, là cơ sở để cấp chủ quản thẩm định và phê duyệt các khoản thu, chi tại các đơn vị hàng năm. Thông qua việc thẩm định và phê duyệt quyết toán tài chính của các đơn vị sự nghiệp có thu, cơ quan chủ quản và các cơ quan chức năng khác có thể thấy rõ toàn bộ các hoạt động cuả các đơn vị này. Từ đó rút ra những kinh nghiệm cần thiết trong công tác quản lý.