Đối chiếu giao dịch là quá trình so khớp những thông tin chi tiết của giao dịch chứng khoán đã thực hiện giữa các bên tham gia giao dịch. Trước khi tiến hành đối chiếu thì các bên giao dịch phải cung cấp các thông tin chi tiết về các giao dịch đã thực hiện tại Sở giao dịch để tiến hành so sánh giữa các bên. Thông
thường tổ chức thực hiện chức năng bù trừ có vai trò là trung gian xử lý các thông tin giao dịch.
Báo cáo chi tiết các giao dịch nhằm xác nhận đối tác và nghĩa vụ của các bên khi tham gia giao dịch. Quá trình thực hiện thanh toán các giao dịch chứng khoán diễn ra rất phức tạp nên các thông tin giao dịch cần phải được gửi tới tổ chức bù trừ một cách sớm nhất . Khi nhận được các báo cáo giao dịch thì tổ chức bù trừ sẽ tiến hành những công đoạn cần thiết nhằm thực hiện các chức năng trong việc đối chiếu giao dịch.
Những báo cáo giao dịch đủ tiêu chuẩn để có thể thực hiện thanh toán phải đảm bảo nguyên tắc về thời gian báo cáo. Những giao dịch phải đủ tiêu chuẩn mới có thể đưa vào hệ thống thực để thực hiện các khâu thanh toán kế tiếp theo đúng thời gian thanh toán quy định. Tùy theo mức độ phát triển và mở rộng của hệ thống thanh toán bù trừ và thanh toán chứng khoán các thông tin giao dịch có thể được báo cáo theo hình thức thủ công hoặc tự đông.
Ngoài ra, trong quá trình so khớp các thông tin thì các bên giao dịch gửi tới tổ chức bù trừ phải đảm bảo có đầy đủ các thông tin theo một số tiêu chí nhất định như thông tin về các bên tham gia giao dịch, thông tin về loại chứng khoán giao dịch, thông tin về ngày thực hiện giao dịch. Sau khi đã hoàn tất việc thu thập thông tin thì tổ chức bù trừ tiến hành so khớp các chi tiết giao dịch cho các bên báo cáo. Quá trình so khớp gồm các bước đối chiếu dưới hình thức văn bản hoặc đối chiếu thông qua các chi tiết giao dịch được lưu trữ trực tuyến. Cuối cùng thì kết quả so khớp được thông báo cho các thành viên tham gia giao dịch. Đối với những thông tin giao dịch đã so khớp và đã đủ tiêu chuẩn thì tiếp tục thực hiện các bước thanh toán tiếp theo. Đối với những giao dịch phát sinh lôi thì các tổ chức bù trừ phải thông báo cho các thành viên ngay sau khi phát hiện vấn đề để kịp thời thực hiện sửa các lỗi cần thiết. Tổ chức bù trừ có thể đưa ra những cách thức giúp các thành viên có thể sửa lỗi giao dịch và thỏa thuận tiếp trong việc hủy bỏ giao dịch đó hay không.
Xác nhận giao dịch là một trong những nghiệp vụ đối chiếu giao dịch thường được sử dụng đối với những giao dịch mà chủ đầu tư là các tổ chức. Việc xác nhận giao dịch sẽ làm giảm bớt sự trùng lặp công việc của các bên khi thực hiện báo cáo giao dịch. Xác nhận giao dịch là việc gửi báo cáo giao dịch tới tổ chức bù trừ của các bên tham gia. Các cách thức xác nhận được thực hiện tùy thuộc vào mức độ công nghệ của các bên tham gia.