Để thực hiện được bước thanh toán tiền và giao chứng khoán thì hệ thống bù trừ và thanh toán phải thực hiện chức năng kiểm tra khả năng thanh toán chngs khoán và khả năng thanh toán tiền của các thành viên tham gia giao dịch căn cứ vào kết quả bù trừ và thanh toán chứng khoán. Khi các thành viên liên quan nhận được kết quả bù trừ thì các nghĩa vụ thanh toán tiền và chứng khoán cũng đồng thời được xác nhận. Căn cứ trên những kết quả đó thì các thành viên sẽ tiến hành việc chuyển giao tiền và chứng khoán cho nhau dựa trên những thỏa thuận về thời gian và những cam kết đảm bảo giao chứng khoán và giao tiền đầy đủ. Nhiều nước đã tiến hành tập trung hóa chứng khoán vào trung tâm lưu ký và việc thanh toán chứng khoán do các tổ chức trung gian đảm nhiệm dưới hình thức bút toán ghi sổ. Tương tự thì việc thanh toán tiền cũng được thực hiện dưới nhiều hình thức khác nhau thông qua việc chuyển khoản từ tài khoản tiền của thành viên này sang thành viên khác. Việc thanh toán chứng khoán sẽ do các trung tâm lưu ký thực hiện nên các thành viên mua bán chỉ phải chuyển giao chứng khoán cho trung tâm lưu ký và thành viên bên mua sẽ nhận chứng khoán từ trung lưu ký.
Việc thực hiện chuyển giao chứng khoán được thực hiện thông qua tài khoản thanh toán bù trừ chứng khoán của các thành viên tham gia giao dịch. Kết quả này được phân bổ vào hai loại tài khoản tự doanh của các thành viên và tài khoản môi giới.
3.4.3.1.Quy trình thanh toán tiền
ngân hàng thanh toán để các trung tâm này đối chiếu số tiền phải trả với số dư trên tài khoản tiền của các thành viên bên mua chứng khoán. Trong trường hợp thiếu tiền thì các thành viên có thể huy động thêm và chuyển vào tài khoản thanh toán tại ngân hàng thanh toán. Thanh toán tiền diễn ra dưới hình thức chuyển khoản qua ngân hàng thanh toán. Các thành viên sẽ phải nộp tiền vào tài khoản thanh toán và thực hiện việc thanh toán cho các đối tác thông qua các tài khoản tiền tửi thanh toán bù trừ của các thành viên tham gia giao dịch. Sau đó ngân hàng thanh toán thực hiện thanh toán và hạch toán giảm tải khoản cho bên mua.
Số lượng chứng khoán nhận được sẽ biểu hiện trên số dư trong tài khoản lưu ký của thành viên bên mua tại Trung tâm lưu ký. Thành viên bên bán sẽ nhận được thông báo số dư tăng trong tài khoản tiền gửi tại ngân hàng thanh toán
Nhìn chung, quá trình thanh toán tiền và chứng khoán chỉ được thực hiện khi trên tài khoản tiền và chứng khoán của các bên giao đã có đủ tiền và chứng khoán theo kết quả bù trừ. Hiện nay nhiều nước đã áp dụng nguyên tắc giao chứng khoán đồng thời với giao tiền nên việc chuyển giao chứng khoán từ phía bên bán chỉ thực hiện khi và chỉ khi có sự xác nhận về việc chuyển tiền từ phía bên mua chứng khoán. Tuy nhiên thực hiện theo nguyên tắc trên đòi hỏi sự đồng bộ hóa các bước thanh toán để đảm bảo việc xác nhận chuyển tiền và chứng khoán được thực hiện tại cùng một thời điểm.