Sau khi các thông tin về giao dịch đã qua quá trình đối chiếu và xác nhận giữa các bên tham gia giao dịch thì tổ chức bù trừ sẽ bắt đầu thực hiện bù trừ các kết quả giao dịch. Thông thường việc bù trừ các giao dịch chứng khoán sẽ không chi tiết đối với từng nhà đầu tư, từng chi nhánh của các thành viên và chỉ dừng lại ở thành viên tham gia giao dịch trên Sở giao dịch.
Tùy hình thức và khối lượng giao dịch mà các phương thức thanh toán sẽ được áp dụng. Đối với một số quốc gia thì những giao dịch lớn sẽ áp dụng phương thức bù trừ đa phương. Sau khi các kết quả giao dịch đủ tiêu chuẩn thực hiện bù trừ thì kết quả đó được chuyển sang cho các tổ chức bù trừ khác và tổ chức này sẽ tiến hành bù trừ nhằm xác nhận số lượng chứng khoán và số lượng tiền ròng cuối cùng trên cơ sở bù trừ theo phương thức bù trừ. Một kết quả bù trừ và thanh toán chứng khoán sẽ bao gồm kết quả bù trừ tiền và bù trừ chứng khoán theo từng thành viên lưu ký.
Tùy theo mức độ hiện đại của hệ thống bù trừ cũng như quy mô giao dịch của từng thị trường thì hệ thống bù trừ có thể thực hiện các hình thức tự động hoặc bán tự động. Trong môi trường bán tự động thì việc bù trừ và lập các kết quả bù trừ thông qua hệ thống phần mềm có chức năng thực hiện bù trừ các kết quả giao dịch một cách tự động. Sau khi thông tin giao dịch đã được so khớp và chuyển sang thực hiện bù trừ thì các thành viên lưu ký sẽ nhận được kết quả bù trừ tại tổ chức bù trừ thanh toán tiền và chứng khoán dưới hình thức văn
bản hoặc thông qua mạng. Trong môi trường công nghệ tự động như hiện nay thì hầu hết các thành viên đều có nối mạng trực tiếp đối với tổ chức lưu ký và các tổ chức trung gian khác do vậy kết quả bù trừ sẽ được truyền ngay tới các bên liên quan.