Khu vực vùng hạ lưu sông Đồng Nai có thể được xác định như sau: Sau hồ Trị An, sông Đồng Nai nhận nước từ sông Bé rồi chảy qua các huyện Tân Uyên, tỉnh Bình Dương, Vĩnh Cửu, TP Biên Hòa, Long Thành, Nhơn Trạch – tỉnh Đồng Nai và quận 9, quận 2 TP HCM và hợp lưu với sông Sài Gòn ở Nam Cát Lái tạo thành sông Nhà Bè. Từ cuối Phú Xuân, huyện Nhà Bè, dòng sông chia ra sông Lòng Tàu phía tả
ngạn, sông Nhà Bè đến hết địa phận huyện Nhà Bè có tên gọi sông Soài Rạp, nhận nước sông Vàm cỏ trước khi đổ ra Vịnh Đồng Tranh. Đổ vào vịnh Đồng Tranh còn có sông Đồng Tranh. Sông nối liền các sông rạch nhỏ ở phần tây huyện Cần Giờ. Sông Lòng Tàu cùng với các sông ở phần phía đông huyện Cần Giờ và các huyện Nhơn Trạch, Long Thành, tỉnh Đồng Nai, huyện Tân Thành, tỉnh BR-VT: sông Gò Gia, sông Thị Vải, sông Thêu, sông Cái Mép đổ ra vịnh Ghềnh Rái.
Địa hình của vùng hạ lưu hệ thống sông Đồng Nai với xu thế cao dần về phía Đông Bắc, đặc trưng của một miền duyên hải với các núi sót, các gò đồi thoải và đồng bằng ven biển. Địa hình của khu vực nghiên cứu là đồng bằng thấp sát biển, độ cao 0,2 – 0,6m, thường xuyên ngập triều. Các sông chính thuộc khu vực hạ lưu hệ thống sông Đồng Nai được thể hiện ở Bảng 1.4.
Bảng 1. 4. Các sông chính ở khu vực hạ lưu hệ thống sông Đồng Nai
STT Tên sông Chiều dài (km) Chiều rộng (km) Độ sâu (m)
1 Nhà Bè 29,5 1,67 10-30 2 Soài Rạp 14,5 3,10 10-40 3 Đồng Tranh 12,5 0,50 02-20 4 Lòng Tàu 32,0 0,55 10-25 5 Ngã Bảy 10,0 0,90 10-30 6 Gò Gia 12,0 0,60 10-20 7 Thị Vải 40,0 0,80 12-30
Nguồn: Tổng công ty Hàng hải Việt Nam, 2014
Khu vực hạ lưu hệ thống sông Đồng Nai là vùng cửa sông và biển ven bờ có chế độ thủy văn bán nhật triều không đều. Trong một ngày đêm có 2 lần thủy triền lên xuống. Biên độ triều trung bình là 2m, biên độ triều cường đạt 4m, là một trong những nơi có biên độ triều cao của Việt Nam. Biên độ triều lớn (3,6 – 4,1 m) thường xảy ra trong các tháng từ tháng 9 đến tháng 1 năm sau.
Vùng biển vịnh Gành Rái, Cần Giờ chịu ảnh hưởng của các sông Soài Rạp, Lòng Tàu, sông Cái Mép, sông Dinh và các sông cửa Tiểu, cửa Đại, nhưng dòng chảy chủ yếu vẫn là dòng chảy biển: dòng triều, dòng ven do sóng, dòng gió, dòng mật độ. Dòng triều ở đây mang tính chất bán nhật triều không đều: trong chu kỳ 1 ngày đêm, dòng chảy đổi chiều 4 lần: 2 lần triều lên và 2 lần khi triều xuống.
Hàng năm sông Đồng Nai – Sài Gòn và các phụ lưu đã đổ ra biển qua vịnh Gành Rái và vịnh Đồng Tranh hơn 32 tỷ khối nước và hàng triệu tấn phù sa. Vùng cửa sông tiếp giáp biển là nơi thường xuyên xảy ra hai quá trình tranh chấp mãnh liệt giữa đất liền và biển, bồi tụ và xói lở. Khu vực vịnh Gành Rái, Cần Giờ là khu vực tập trung nhiều tuyến luồng tàu biển vào các luồng trong sông tới các cảng khu vực TP HCM, Đồng Nai, BR-VT. Vùng biển vịnh Gành Rái, Cần Giờ chịu ảnh hưởng của các sông Soài Rạp, Lòng Tàu, sông Cái Mép, sông Dinh và các sông cửa Tiểu, cửa Đại, nhưng dòng chảy chủ yếu vẫn là dòng chảy biển: dòng triều, dòng ven do sóng, dòng gió, dòng mật độ.