- Trong những năm gần đây tuy trang trại phát triển khá nhanh nhưng chủ yếu là tự phát, mang tính chất phân tán, manh mún.
- Các trang trại hình thành thiếu quy hoạch tổng thể nên trong việc sản xuất còn bất hợp lý, cơ sở vật chất kỹ thuật còn yếu kém, thị trường tiêu thụ còn gặp nhiều khó khăn.
- Nhiều chủ trang trại vẫn quen theo lối sản xuất nhỏ lại chưa qua đào tạo nên hiểu biết về thị trường, khoa học kỹ thuật còn hạn chế, việc quản lý, làm việc theo kinh nghiệm là chính, chưa có hach toán sản xuất kinh doanh rõ ràng gây nên lãng phí, thất thoát trong sản xuất.
- Hiện nay nhu cầu về vốn của cá trang trại là rất lớn nhưng khả năng tự thân của các trang trại còn hạn chế. Việc thiếu vốn làm cho trang trại không thể đầu tư phát triển theo chiều sâu nên tình trạng quảng canh còn phổ biến. Vì thế, hiệu quả sản xuất kinh doanh chưa cao.
- Hình thức tiêu thụ sản phẩm của các trang trại hiện nay chủ yếu là bán cho các thương lái và bán sản phẩm thô chưa qua chế biến. Mặt khác trang trại hoạt động phân tán, thiếu liên kết với nhau trong sản xuất kinh doanh. Vì vậy đã dẫn
đến việc cạnh tranh không lành mạnh, dễ bị tư thương ép giá làm ảnh hưởng không nhỏ đến sản xuất kinh doanh của trang trại.
- Do trong sản xuất nông nghiệp có tính thời vụ nên nó đã gây ra sự biến động về giá cả thị trường, chính giữa mùa với đầu mùa và cuối mùa có sự chênh lệch giá rất lớn. Ngoài ra chất lượng sản phẩm cũng là yếu tố ảnh hưởng đến biến động của giá cả hàng hóa nông sản.
- Hầu hết lao động của trang trại là lao động thủ công chưa qua đào tạo nên hiệu quả làm việc còn chưa cao, đồng thời thiếu những điều kiện cần thiết để đảm bảo an toàn trong khi làm việc.
- Việc ứng dụng các tiến bộ khoa học kỹ thuật của cá trang trại còn thấp. Đa phần các giống cây trồng, vật nuôi được các trang trại sử dụng vẫn chưa tạo được năng suất vượt trội, ổn định, giá của vật tư nông nghiệp, thức ăn gia súc, thuốc bảo vệ thực vật,… các trang trại vẫn phải mua ngoài với giá cao nên đã làm tăng giá thành sản phẩm.
- Hệ thống cơ sở hạ tầng nông thôn ở những vùng có trang trại đang phát triển đa số còn yếu kém, nhất là mạng lưới giao thông và thủy lợi đã làm hạn chế rất nhiều đến sinh hoạt và sản xuất của các trang trại, gây trở ngại trong việc lưu thông vận chuyển hàng hóa, vật tư làm tăng chi phí sản xuất.
- Một số trang trại thực hiện việc sản xuất chưa hợp lý nên dẫn đến thoái hóa đất. - Vấn đề công nghệ sau thu hoạch chưa được các chủ trang trại quan tâm đầu tư thỏa đáng. Thực tế có một ít trang trại làm công tác chế biến nhưng quy mô còn nhỏ lẻ, công cụ còn thô sơ, hiệu quả thấp. Việc bảo quản sản phẩm cũng chưa phát triển. Nhiều trang trại chưa có nhà kho để bảo quản sản phẩm nên làm ảnh hưởng xấu đến chất lượng sản phẩm.