Trong thời gian qua, Nhà nước đã thực hiện nhiều biện pháp trợ giúp DNNN như: miễn giảm thuế, cho vay ưu đãi, vay không phải thế chấp, khoanh nợ, giãn nợ, chuyển nợ thành vốn ngân sách cấp, được trúng thầu hoặc giao thầu nhiều công trình do Nhà nước đầu tư… Tuy vậy, những yếu kém của DNNN vẫn còn rất nghiêm trọng, đó là: năng lực cạnh tranh thấp do chất lượng kém, giá thành của nhiều sản phẩm còn cao, nhiều mặt hàng có giá cao hơn mặt hàng cùng loại nhập khẩu (như sắt thép, phân bón, xi măng, đường); công nợ quá lớn, nợ quá hạn, nợ khó đòi ngày càng tăng, quy mô doanh nghiệp quá nhỏ; công nghệ lạc hậu, có những doanh nghiệp còn làm ăn thua lỗ kéo dài. Trước tình hình đó, việc cải cách DNNN đã trở nên hết sức cấp bách, nhất là trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế và khu vực, bởi nhiều DNNN đang cung ứng những hàng hóa, dịch vụ chủ yếu là chi phí đầu vào của các doanh nghiệp khác trong nền kinh tế. Yêu cầu đặt ra là, điều chỉnh để DNNN có cơ cấu hợp lý, tập trung vào những ngành, lĩnh vực then chốt và địa bàn quan
trọng; đa dạng hóa sở hữu, chuyển từ chế độ sở hữu duy nhất là Nhà nước sang đa sở hữu, kể cả sở hữu tư nhân, với mục tiêu sử dụng có hiệu quả lực lượng lao động và cơ sở vật chất kỹ thuật, phát triển sản xuất kinh doanh. Nghị quyết Trung ương 3, khóa IX đã quyết định đến năm 2005, hoàn thành cơ bản việc sắp xếp, điều chỉnh cơ cấu DNNN hiện có (khoảng 5.175 doanh nghiệp vào cuối năm 2002), bằng các hình thức như cổ phần hóa, chuyển một số doanh nghiệp hoặc doanh nghiệp trực thuộc các tổ chức chính trị, tổ chức chính trị xã hội sang loại hình công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên, sáp nhập, giải thể, phá sản, giao, bán, khoán kinh doanh, cho thuê.
Vấn đề hiệu quả của DNNN là đặc biệt quan trọng, vì đã là doanh nghiệp kinh doanh đương nhiên phải có hiệu quả thì mới tồn tại, phát triển. Việc xem xét, đánh giá hiệu quả của DNNN cần có quan điểm toàn diện cả về kinh tế, chính trị, xã hội; trong đó lấy suất sinh lời trên vốn làm một trong những tiêu chuẩn chủ yếu để đánh giá hiệu quả của doanh nghiệp kinh doanh, lấy kết quả thực hiện các chính sách xã hội làm tiêu chuẩn chủ yếu để đánh giá hiệu quả của DNCI.
Các đơn vị công lập chiếm tỷ trọng lớn trong các lĩnh vực giáo dục, y tế, khoa học công nghệ, văn hóa, thể dục thể thao, phần lớn hoạt động theo cơ chế sự nghiệp công ích, với nguồn kinh phí chủ yếu dựa vào ngân sách Nhà nước. Việc duy trì cơ chế này dẫn tới tình trạng vừa bất cập, vừa không hợp lý trong hoạt động dịch vụ và là một nguyên nhân khiến cho lĩnh vực văn hóa xã hội phát triển chậm hơn lĩnh vực kinh tế. Nguồn kinh phí từ ngân sách cho hoạt động sự nghiệp dù có tăng nhanh hơn các lĩnh vực khác cũng rất hạn chế, không đảm bảo được chi phí cần thiết của đơn vị sự nghiệp, trước hết là không đủ trả lương thỏa đáng cho thầy giáo, thầy thuốc và cán bộ, nhân viên, càng không đáp ứng được yêu cầu phát triển. Trong khi đó, nhu cầu của nhân dân về các lĩnh vực này đang tăng lên nhanh chóng với đòi hỏi cao hơn về chất lượng khi mức sống ngày một cải thiện. Người đi học, đi khám, chữa bệnh ở các cơ sở công lập hiện nay, ngoài mức chi phí chính thức, thường phải chi nhiều khoản khác một cách không minh bạch, dẫn tới nhiều hiện tượng tiêu cực trái với đạo đức nghề nghiệp mà xã hội đã lên án gay gắt. Trong khi thu nhập trong xã hội đã có sự phân tầng rõ nét, việc duy trì chế độ thu phí thấp không đủ trang trải chi phí cần thiết đối với người sử dụng dịch vụ là dùng ngân sách trợ cấp đồng đều cho mọi người, không phân biệt thu nhập; trong đó không có điều kiện chăm lo tốt hơn cho
người nghèo, vùng nghèo. Các đơn vị sự nghiệp công lập chịu sự quản lý của cơ quan chủ quản tương tự như đơn vị hành chính, không phát huy được tính tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong hoạt động và trong sự phát triển của mình. Chế độ chúng ta luôn coi trọng yêu cầu nâng cao các phúc lợi cơ bản của nhân dân. Song việc thực hiện yêu cầu đó không thể chỉ dựa vào ngân sách Nhà nước, duy trì bao cấp tràn lan mà phải chuyển sang cơ chế dịch vụ phù hợp với KTTT định hướng XHCN.
Nhằm đáp ứng những yêu cầu nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh của DNCI, phát huy vai trò chủ đạo của kinh tế nhà nước trong nền KTTT định hướng XHCN. Yêu cầu tạo lập cơ chế sử dụng tài sản sở hữu toàn dân có hiệu quả trên cơ sở gắn lợi ích, trách nhiệm của cá nhân người lao động và lãnh đạo doanh nghiệp với hiệu quả phục vụ cộng đồng. Yêu cầu nâng cao hiệu quả vai trò chỉ đạo, điều tiết của Nhà nước trong nền KTTT thông qua đặt hàng, đấu thầu cung cấp các SP, DVCI. Yêu cầu xã hội hóa các SP, DVCI trên cơ sở sử dụng có hiệu quả ngân sách Nhà nước và huy động của các thành phần kinh tế tham gia cung cấp các SP, DVCI mà xã hội cần nhưng Nhà nước không cấm là những vấn đề cấp thiết đang đặt ra.
Trong suốt quá trình hình thành và phát triển, DNCI là một bộ phận của DNNN, do đó cũng phải đặt chung trong chỉnh thể của quá trình đổi mới quản lý đối với khu vực kinh tế nhà nước. Yêu cầu đổi mới DNNN nhằm tạo lập môi trường và hành lang pháp lý thuận lợi cho các doanh nghiệp phát huy cao độ quyền tự chủ, năng động trong sản xuất kinh doanh. Thúc đẩy và định hướng các hoạt động kinh tế của khu vực kinh tế nhà nước theo cơ chế thị trường định hướng XHCN. Có chính sách và cơ chế giải quyết đúng đắn mối quan hệ về lợi ích giữa Nhà nước - doanh nghiệp - người lao động; quản lý bằng hệ thống pháp luật và điều chỉnh thông qua hệ thống các đòn bẩy kinh tế.
Ngày nay, vai trò của Nhà nước đang thay đổi nhanh chóng ở hầu hết các nước đang phát triển. Vai trò của Nhà nước với tư cách là chủ sở hữu các tư liệu sản xuất chủ yếu, là người sản xuất và phân phối hàng hóa, dịch vụ thiết yếu đang là vấn đề được xem xét lại trong nhiều lĩnh vực. Có ý kiến cho rằng, Nhà nước đã và đang thực hiện các nhiệm vụ mà nó không có đủ chuyên môn để thực hiện các nhiệm vụ này, kết quả là các nguồn lực được đầu tư vào các hoạt động đã không được khai thác tối đa. Cụ thể như:
- Sự điều hành kém hiệu quả của Nhà nước đối với hệ thống cơ sở hạ tầng thường dẫn đến sự thiếu hụt trầm trọng các dịch vụ công ích được cung cấp. Điều này cản trở sự tiến bộ về mặt kinh tế và xã hội của các nước đang phát triển. Việc cung cấp gián đoạn điện, nước và hệ thống đường nông thôn yếu kém đã làm tăng các chi phí của hoạt động thương mại và công nghiệp. Đặc biệt, các doanh nghiệp thường là người gánh chịu điều này do họ không thể có sự lựa chọn nào khác về cơ sở hạ tầng công cộng.
- Tại nhiều nước đang phát triển, sự thua lỗ của các DNNN đã vắt kiệt các nguồn lực cần thiết cho các dịch vụ công cộng khác. Tuy nhiên, với sự điều hành tốt, nhiều quốc gia trong số các nước đang phát triển đã có thể tạo ra một nguồn lợi nhuận đáng kể đầu tư từ nguồn ngân sách. Các công ty Nhà nước có chi phí cao, không tương xứng các nguồn lực của thị trường vốn trong nước. Thay vào đó, nếu các công ty này tạo ra lợi nhuận thì họ có thể góp phần tăng nguồn vốn huy động trong nước và thu hút vốn nước ngoài.
- Nhà nước đưa ra hàng loạt các quy định nhằm bảo hộ các DNCI không hiệu quả khỏi sự cạnh tranh đã ảnh hưởng tiêu cực tới xã hội thông qua nhiều hình thức như tăng chi phí đầu vào...Cùng với xu thế chung và những yêu cầu về đổi mới mô hình quản lý tài chính và các chính sách tài chính đi kèm như chính sách về vốn, bảo toàn vốn, chi phí, giá thành và doanh thu, chính sách về lợi nhuận và phân phối lợi nhuận đối với các DNNN thì DNCI cũng đòi hỏi phải được đổi mới tương ứng. Để khuyến khích các doanh nghiệp không ngừng cải tiến công tác quản lý nhằm giảm chi phí, phấn đấu kinh doanh có lãi, tạo môi trường cạnh tranh lành mạnh, Nhà nước cần có những chính sách nhằm tạo điều kiện cho các doanh nghiệp này chủ động hơn trong sản xuất kinh doanh, có khả năng chủ động về tài chính, có mức lợi nhuận thỏa đáng cho từng loại hình doanh nghiệp, trong từng lĩnh vực cụ thể. Có thể thấy, DNCI cũng là một DNNN, vì vậy ngoài những nghĩa vụ và quyền lợi của DNNN, DNCI vẫn cần thực hiện các hoạt động kinh doanh khác như Luật Doanh nghiệp đã quy định như một doanh nghiệp kinh doanh đơn thuần.