Phương pháp sinh học phân tử được áp dụng rộng rãi để nhận diện các loài
A.flavus. Phần lớn thường sử dụng trình tự DNA mục tiêu là một trong những phức rDNA, thường là vùng ITS1 and ITS2 bên trong vùng phiên mã và vùng thay đổi ở đầu 5’ vùng D1-D2 của 28S rRNA.
Tuy nhiên, các loài thuộc nhóm A. flavus rất khó phân biệt dựa vào trình tự gen. Các loài A. flavus, A.parasiticus, A. oryzae and A. sojae có trình tự tương đồng cao và kích thước cũng tương tự nhau, trình tự DNA của chúng tương đồng từ 91 đếm 100%. Nhưng, kỹ thuật phân tích Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) có thể phân biệt được 2 loài A. parasiticus and A. sojae.
Do đó, để nghiên cứu A. flavus, hoặc để so sánh A. flavus với các loài
nhiều vùng phức hợp rDNA và các gen liên quan đến quá trình sản sinh Aflatoxin đã được thử nghiệm dùng làm markers với những mức độ thành công khác nhau. Một số nghiên cứu dựa trên kỹ thuật Polymerase Chain Reaction (PCR) dùng để phân tích sự khác biệt trên trình tựđược khuếch đại. Nhưng sự khuếch đại trình tự mục tiêu của PCR phải được thực hiện thêm bằng kỹ thuật Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP), Single-Strand Conformation Polymorphisms (SSCP) thì mới dễ dàng phân biệt A. flavus với các loài khác dựa trên đoạn 600bp tương ứng với vùng khuếch đại ITS1/5.8S/ITS2 với cặp mồi ITS1-ITS4. Một số tác giả cho rằng khi sử dụng trình tự khuếch đại lớn kết hợp với phân tích PCR-SSCP có thể loại bỏ được khó khăn lớn khi có sự thay đổi về mặt chủng loại. Tuy nhiên, những phân tích này không phân biệt được những chủng có sinh Aflatoxin và không sinh Aflatoxin. Chang và cộng sự (1995) đã tìm thấy gen aflR để có thể nhận biết chủng A. flavus và A. parasiticus, nhưng Somashekar và công sự (2004) có thể phân biệt được riêng biệt 2 chủng A. flavus và A. parasiticus dựa trên kỹ thuật RFLP bằng cách dùng enzyme cắt giới hạn PvuII. Multiplex PCR, sử dụng nhiều cặp mồi để nhận diện vùng mục tiêu là bước tiến nhằm phân biệt các loài này và đã thành công khi sử dụng aflR, ver-1, omt-1 and nor-1 genes. Nhưng phương pháp này không phân biệt được những chủng sinh độc tố hay không sinh độc tố Aflatoxin.
Để phân biệt được những chủng sinh độc tố hay không sinh độc tố Aflatoxin phải sử dụng phương pháp reverse transcription PCR (RT-PCR) để xem sự biểu hiện của gen sản sinh Aflatoxin dựa vào các gen liên quan đến quá trình điều hòa và gen cấu trúc trong quá trình sinh tổng hợp Aflatoxin. Scherm và cộng sự (2005) đã nghiên cứu trên 13 chủng ở cả 2 loài A. flavus và A. parasiticus và tìm thấy 3 gen (aflD, aflO [syn. dmtA=omtB] and aflP [syn. omtA]) có thể sử dụng để phát hiện khả năng sinh Aflatoxin và được sử dụng làm marker để nhận diện chúng.
Do đó, thật khó để phân biệt được chủng A. flavus với các loài tương tự như
A. nomius and A. parasiticus. Người ta thường phải kết hợp nhiều phương pháp khác nhau mới có thể nhận diện và phân biệt chính xác các loài có khả năng sinh Aflatoxin.