Biết những cái gì mà hệ thống thứ bậc không đưa ra là quan trọng. Đây là sự tổng kết đơn giản nhất chỉ ra rằng NVivo cung cấp không chỉ nút cây mà còn cho những nút tự do, mô hình và những tập hợp, vì chúng hình thành dữ liệu theo những cách khác nhau.
Một cây nút không phải là một mô hình hoặc sơ đồ của những kết nối mà nhà nghiên cứu làm giữa những khái niệm trên cơ sở giải thích dữ liệu. Nó rất hiếm khi thậm chí chỉ ra những kết nối đó. Việc sử dụng cách đó sẽ có những hiệu ứng procrustean về dữ liệu và hoàn toàn không khuyến khích.
Ví dụ : nhà nhân chủng học học nghiên cứu quan hệ của một dân tộc vtới môi trường của họ khám phá ra họ có nhiều từ để chi nước. Trong NVivo, Nhà nghiên cứu có thể tạo ra những nút cho mỗi từ, mã hoá những cách sử dung khác nhau và đặt chúng như nhánh con của một nút cây “những từ chỉ nước'. Người quan sát hệ thống nút này không phát hiện gì về tại sao cần phải là nhiều từ như vậy để chỉ một cái gì đó mà trong tiếng Anh chỉ mô tả bằng một từ. Để khám phá những cách sử dụng từ khác nhau, chúng ta phải đi đằng sau hệ thống nút, để phục hồi dữ liệu mã hoá ở tại mỗi nút, và những bản ghi nhớ viết về từng nút, đọc và phản ánh về những nút đó. Để giải thích tại sao có nhiều từ khác nhau như vậy, chúng ta cần thăm dò những ý nghĩa này trong ngữ cảnh. Để lập luận về sự thích hợp của nhiều từ chỉ nước trong quan hệ với nền văn hoá và môi trường, đòi hỏi phải phản ánh và nghiên cứu nhiều hơn. Để thể hiện lý thuyết đang tăng lên một cách trực quan, đòi hỏi một mô hình liên quan đến nhiều khái niệm. Những khái niệm mới này có thể cũng được cất giữ ở tại những nút trong hệ thống nút, nhưng chắc chắn sẽ
không được định vị như những phạm trù thứ cấp của nút về "Những từ chỉ nước".
Một cây nút cũng không làm những gì mà tập hợp làm. Trong một hệ thống nút hữu ích, một khi mỗi nút là bộ phận của từ vựng của những khái niệm, mỗi nút có một chỗ ( Điều đó dĩ nhiên giống như một nút tự do hoặc một nút cây có tên gọi là “Nơi địa ngục làm những điều đó? ") Trái lại, một nút hoặc tài liệu ( ví dụ, Bí danh của nó) có thể xuất hiện trong nhiều tập hợp, vì những tập hợp không phải là một hệ thống kho phân loại mà là một cách bó lại các thứ để suy nghĩ và làm việc vè nó