Để công tác QLNN đối với tôn giáo có hiệu lực và hiệu quả, Ban tôn giáo tỉnh luôn quan tâm đến công tác phối hợp với các ban, ngành, đoàn thể để triển khai công việc. Theo đó đã phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường khảo sát, lập hồ sơ đất các cơ sở thờ tự tôn giáo để cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất. Đến nay UBND tỉnh đã cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho 446 cơ sở, trong đó có 17 cơ sở là nhà thờ của đạo Công giáo và 429 cơ sở của đạo Phật.
Ban Tôn giáo tỉnh phối hợp với Ủy ban MTTQ, các đoàn thể nhân dân và UBND các huyện, thị tổ chức truyền đạt nội dung Nghị quyết TW 7 (phần 2) về công tác tôn giáo cho các vị chức sắc, nhà tu hành và tín đồ tôn giáo. Cũng vậy, đã tổ chức quán triệt, triển khai thực hiện các chủ trương, nhiệm vụ công tác tôn giáo đến các cán bộ làm công tác tôn giáo ở các cấp, nhất là cán bộ chủ chốt cấp cơ sở, trưởng thôn, khu phố, đại diện người cao tuổi. Đồng
thời tổ chức tập huấn nghiệp vụ chuyên môn cho cán bộ trực tiếp làm công tác tôn giáo.
Phối hợp với Sở Văn hoá, thông tin chỉ đạo các huyện, thành phố hướng dẫn để các cơ sở tôn giáo tổ chức các lẽ hội đảm bảo theo đúng quy định của Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo và Quy chế lễ hội, bài trừ mê tín dị đoan, đảm bảo tiết kiệm, chống lãng phí; chú trọng những nội dung có ý nghĩa giáo dục truyền thống cho cộng đồng dân cư.
Phối hợp với Sở Lao động- Thương binh và Xã hội và UBND các huyện, thị xã rà soát việc thực hiện chính sách xóa đói giảm nghèo theo mục tiêu chung của tỉnh ở vùng có đông tín đồ tôn giáo để có hướng giải quyết phù hợp.
Phối hợp với Ban dân vận Tỉnh ủy, Ủy ban MTTQ tỉnh và các đoàn thể hướng dẫn, vận động, giúp đỡ các chức sắc, tín đồ tôn giáo hoạt động theo đúng chính sách, pháp luật của Đảng và Nhà nước.
Phối hợp với Sở Văn hóa- Thông tin, với Ủy ban MTTQ tỉnh và các đoàn thể nhân dân đẩy mạnh cuộc vận động “Toàn dân xây dựng đời sống văn hóa”, vận động tín đồ tôn giáo sống “Tốt đời- đẹp đạo”; xây dựng qui ước thôn, làng, khu phố gắn với nội dung giữ gìn và phát huy truyền thống thờ cúng tổ tiên, tôn vinh người có công với quê hương, đất nước; chủ động nắm, phát hiện và có biện pháp đối với tệ nạn mê tín dị đoan và các hủ tục.
Phối hợp Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Văn hóa và UBND các huyện, thị xã thống kê, lập bản đồ địa chính và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các cơ sở tôn giáo, tín ngưỡng theo qui định của pháp luật.
Phối hợp với Sở Tài chính xây dựng dự toán, định mức kinh phí thường xuyên và có khoản kinh phí đặc thù đảm bảo cho công tác tôn giáo; hướng dẫn về quản lý, sử dụng tài chính ở các cơ sở tôn giáo, các dự án liên quan đến tôn giáo đảm bảo đúng mục đích và đoàn kết ở cơ sở.
Phối hợp với Công an tỉnh và MTTQ tỉnh đẩy mạnh phát động phong trào quần chúng bảo vệ an ninh Tổ quốc; xây dựng phương án phòng ngừa, đấu tranh, ngăn chặn các phần tử xấu lợi dụng vấn đề tôn giáo, tín ngưỡng phá hoại khối đại đoàn kết toàn dân tộc, xâm hại an ninh quốc gia, gây mất trật tự xã hội.
Ban Tôn giáo đã phối hợp chặt chẽ với các đoàn thể: Đoàn thanh niên cộng sản Hồ Chí Minh, Hội Phụ nữ, Hội Nông dân, Hội Cựu chiến binh tỉnh phổ biến lồng ghép hoặc tổ chức quán triệt chuyên đề riêng về Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo.
Ban Tôn giáo còn phối hợp với đài phát thanh, truyền hình tỉnh, báo Bắc Ninh, tuyên truyền, phổ biến Pháp lệnh và Nghị định hướng dẫn vào những thời điểm có các ngày lễ của các tôn giáo; xuất bản Bản tin tôn giáo Bắc Ninh, coi đây là phương tiện quan trọng để tuyên truyền, phổ biến Pháp lệnh và Nghị định tới các cơ sở. Các hình thức tuyên truyền trên đã có tác dụng rất sâu rộng tới chức sắc, chức việc, tín đồ các tôn giáo.
Ban Tôn giáo tỉnh phối hợp với Thường trực Uỷ ban đoàn kết Công giáo tỉnh Bắc Ninh tổ chức đợt học tập làm theo tấm gương đạo đức của Chủ tịch Hồ Chí Minh cho các vị Uỷ viên UBĐK Công giáo tỉnh, Uỷ viên Ban đoàn kết Công giáo huyện, các vị Ban hành giáo, lãnh đạo các hội đoàn các xứ, họ đạo và lãnh đạo các đoàn thể quần chúng xã hội ở 8 xứ, họ đạo Công giáo trên địa bàn huyện Lương Tài, với 114 đại biểu tham gia.
Ban Tôn giáo tỉnh phối hợp với Trung tâm trợ giúp pháp lý tỉnh tổ chức Hội nghị phổ biến các văn bản về tín ngưỡng, tôn giáo, trợ giúp pháp lý cho thôn Công giáo toàn tòng Đồng Nhân, xã Hoà Tiến, Yên Phong
Phối hợp với các ban, ngành thăm hỏi, tặng quà cho các chức sắc, chức việc, tín đồ tiêu biểu, gia đình chính sách, người có công với cách mạng nhân các ngày lễ của dân tộc, các ngày lễ trọng của các tôn giáo.
Ký kết chương trình phối hợp với Sở Tư pháp về phổ biến giáo dục pháp luật cho những người làm công tác tôn giáo và đồng bào có đạo.
Tuy nhiên vẫn có thể thấy là, sự phối hợp giữa các ban, ngành trong công tác tôn giáo vẫn còn thiếu chặt chẽ, còn xảy ra tình trạng trốn tránh trách nhiệm và đùn đẩy công việc cho nhau. Hơn nữa, công tác vận động quần chúng và xây dựng lực lượng cốt cán trong vùng đồng bào có đạo còn nhiều yếu kém. Một số cơ quan chưa chú trọng công tác vận động quần chúng, làm thiếu thường xuyên, liên tục, chưa đi sâu nắm bắt tâm tư nguyện vọng của đồng bào các tín đồ.
Ngoài ra phải kể đến là, chế độ thông tin, báo cáo của một số đơn vị còn chậm so với thời gian qui định, nội dung báo cáo còn sơ sài, chưa kịp thời, làm ảnh hưởng tới việc chỉ đạo điều hành, công tác tham mưu, đề xuất, tổng hợp báo cáo tình hình. Cá biệt, có đơn vị còn không thực hiện chế độ báo cáo.
Về nguyên nhân của thành tựu trong công tác QLNN đối với tôn giáo trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh, đó là:
Thứ nhất: Do Đảng và Nhà nước ta có chủ trương, chính sách đúng đắn, tạo điều kiện cho giáo dân sống “tốt đời, đẹp đạo ”; có đường lối phát
triển kinh tế- xã hội đúng đắn, hợp lòng dân. Còn các cấp ủy đảng ở Bắc Ninh đã quan tâm chỉ đạo, xây dựng, củng cố lực lượng chính trị trong vùng tôn giáo, thực hiện tốt công tác vận động tín đồ, chức sắc tôn giáo; tạo điều kiện thuận lợi cho công tác QLNN đối với tôn giáo.
Thứ hai: Công tác tuyên truyền, phổ biến chính sách pháp luật về tôn giáo cho cán bộ, chức sắc và tín đồ các tôn giáo được tổ chức tốt. Qua đó thống nhất nhận thức và tạo cơ sở pháp lý bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng của công dân, nâng cao hiệu lực, hiệu quả công tác QLNN về tôn giáo.
Thứ ba: Ban Tôn giáo đã kịp thời tham mưu cho UBND tỉnh quản lý các hoạt động tôn giáo trên địa bàn; kiện toàn tổ chức bộ máy, cán bộ theo tinh thần mới; hướng về cơ sở, tích cực chỉ đạo giải quyết những vụ việc nảy sinh.
Thứ tư: Do đã giải quyết đúng pháp luật những vi phạm chính sách tự do tín ngưỡng, tôn giáo. Trong giải quyết, cán bộ Ban Tôn giáo luôn có phương pháp mềm mỏng, nhưng giữ vững nguyên tắc, được tín đồ, chức sắc tôn giáo và tin tưởng.
Còn nguyên nhân của những hạn chế là:
Một, Hệ thống văn bản quy định về hoạt động tôn giáo của Nhà nước còn chưa hoàn thiện, chưa đáp ứng với yêu cầu thực tiễn phát triển của đất nước trong quá trình hội nhập quốc tế, đang đặt ra không ít vấn đề mới về tôn giáo.
Hai, Do hệ thống tổ chức bộ máy QLNN về tôn giáo từ TW đến cơ sở chưa có sự thống nhất, nơi thì giao cho MTTQ, nơi thì giao cho cơ quan văn hóa, có nơi lại giao cho Văn phòng…
Ba, Trình độ cán bộ cũng như trang bị cơ sở vật chất và điều kiện làm việc của cơ quan làm công tác QLNN đối với tôn giáo còn bất cập. Đại đa số cán bộ làm công tác này là trái ngành, trái nghề, lại chưa được đào tạo cơ bản, chuyên sâu về công tác tôn giáo.