Trên địa bàn tỉnh Bắc Ninh có 2 tôn giáo chính, là Công giáo và Phật giáo, với 275 chức sắc, 632 cơ sở thờ tự, với 12.908 tín đồ, chiếm khoảng 11,28% dân cư tỉnh. Nhưng mấy năm gần đây, trên địa bàn tỉnh đã xuất hiện thêm một tôn giáo nữa, đó là đạo Tin Lành và mặc dù tín đồ chưa đông (gần 100 người), nhưng xu hướng phát triển tới đây chắc chắn sẽ rất mạnh.
So với cả nước, các tôn giáo ở Bắc Ninh chiếm tỷ lệ nhỏ về số lượng quy mô tín đồ, chức sắc. Song từ phương diện tầm vai trò, địa tôn giáo thì Bắc Ninh từ hơn một ngàn năm trước đây đã được thừa nhận là cái nôi, trung tâm Phật giáo của Việt Nam. Còn với đạo Công giáo, Bắc Ninh cũng là trung tâm đầu não của Giáo phận Bắc Ninh, với Toà Giám mục nằm giữa TP. Bắc Ninh, cai quản địa bàn giáo dân ở 10 tỉnh trung du, đồng bằng Bắc Bộ.
Hoạt động của các tôn giáo ở Bắc Ninh trong những năm qua cơ bản là ổn định, sinh hoạt tôn giáo và đời sống tín ngưỡng, tôn giáo của tín đồ, chức sắc diễn ra bình thường. Đại bộ phận chức sắc, nhà tu hành và tín đồ các tôn giáo trong tỉnh an tâm và tin tưởng vào sự nghiệp đổi mới do Đảng lãnh đạo và phấn khởi trước những thành tựu phát triển kinh tế - xã hội của địa phương và của đất nước. Tín đồ, chức sắc tích cực tham gia phát triển kinh tế - xã hội làm giàu cho gia đình, quê hương, đồng thời tham gia thường xuyên các hoạt động từ thiện, nhân đạo, xây dựng gia đình văn hoá ở khu dân cư, “sống tốt đời, đẹp đạo” và thực hiện thắng lợi các nhiệm vụ chính trị của địa phương.
Tuy nhiên, tình hình tôn giáo, tín ngưỡng ở tỉnh Bắc Ninh thời gian qua cũng nổi lên một số vấn đề cần quan tâm từ phương diện QLNN. Đó là: hoạt động mê tín, dị đoan ở một số lễ hội tín ngưỡng, tôn giáo còn xảy ra; một số hoạt động tại cơ sở thờ tự của tôn giáo chưa tuân thủ các quy định của Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo, của Luật di sản và các quy định khác của TW và địa phương. Trong xây dựng, sửa chữa cơ sở thờ tự, một số chức sắc tự ý huy động giáo dân triển khai khi hồ sơ xin phép còn thiếu, hoặc chưa được sự đồng ý của các cấp có thẩm quyền.
Trong đạo Phật, việc cư trú, trụ trì của nhiều vị tăng ni tại các cơ sở thờ tự chưa hợp pháp, gây khó khăn cho công tác QLNN. Việc khiếu kiện đòi lại đất đai, cơ sở cũ của các giáo hội còn tiềm ẩn dấu hiệu phức tạp. Đặc biệt, hoạt động truyền đạo Tin lành trái phép và các đạo lạ trên địa bàn tỉnh đã và đang diễn ra vừa công khai, vừa âm ỉ, rất khó kiểm soát từ phương diện công tác tôn giáo của các cơ quan chức năng.