Căn cứ Luật khiếu nại, tố cáo; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật khiếu nại, tố cáo, những năm qua, Ban Tôn giáo tỉnh phối hợp với các cơ quan hữu quan và UBND các huyện, thị xã giải quyết có hiệu quả một số vụ khiếu kiện về đất đai của đạo Công giáo và đơn tố cáo của tín đồ Phật tử đối với một vài tăng ni vi phạm giới luật. Đó là, mâu thuẫn giữa nhà sư Thích Đàm Thuận với một bộ phận nhân dân trong thôn Thượng Thôn, xã Đông Tiến; mâu thuẫn giữa nhà sư Thích Đàm Khang, chùa Mẫn Xá, xã Long Châu, Yên Phong, với một bộ phận nhân dân trong thôn; mâu thuẫn giữa nhà sư Thích Đàm Khôi chùa Phù Lưu với công ty Kim Long và Công ty Phúc Anh, xã Tân Hồng, Từ Sơn. Giải quyết việc họ giáo Ngọc Khám, xã Gia Đông, Thuận Thành; Nguyệt Cầu, xã Tam Giang, Yên Phong khiếu nại
về đất đai nhà thờ; đơn của ông Trần Thanh Lịch, phường Ninh Xá, TP.Bắc Ninh về việc đề nghị linh mục Trần Đăng Can trả số tiền vay để xây dựng nhà thờ Tử Nê.
Năm 2009, Ban Tôn giáo đã tiếp nhận 04 đơn thư khiếu nại tố cáo, trong đó có 02 đơn về đất đai và 02 về sinh hoạt tôn giáo. Ban Tôn giáo phối hợp với UBND, Phòng Nội vụ các huyện xem xét, giải quyết các khiếu kiện, như sư trụ trì chùa Lương Đống, xã Dực Vi; mâu thuẫn nội bộ Giáo hội Công giáo và một số kiến nghị của giáo dân thuộc xứ Tử Nê, xã Tân Lãng, Lương Tài…
Về hạn chế của nội dung quản lý này, đáng kể nhất là ở công tác tuyên truyền phổ biến, triển khai các văn bản pháp luật liên quan đến tín ngưỡng, tôn giáo, còn chưa thường xuyên, chưa sâu rộng tới các tầng lớp nhân dân, nhất là tín đồ, chức sắc tôn giáo. Hầu hết các huyện, thị xã, thành phố triển khai Quyết định số 11, ngày 22/1/2009, của UBND tỉnh, hướng dẫn số 101 của Sở Nội vụ về một số việc thuộc lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo chỉ triển khai bằng văn bản, mà không tổ chức Hội nghị quán triệt, phổ biến. Đây là một trong những nguyên nhân dẫn đến việc khiếu kiện, khiếu nại, xây dựng, sửa chữa, thuyên chuyển hoạt động của chức sắc tôn giáo không đúng qui định của pháp luật.