Ngoài những thành tựu cơ bản đã đạt được trên đây, công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động tôn giáo trên địa bàn tỉnh Lạng Sơn trong những năm qua cũng không tránh khỏi những hạn chế, tồn tại nhất định và cần được khắc phục kịp thời. Sau đây là một số hạn chế:
- Về mặt nhận thức còn nhiều hạn chế bất cập:
Mặc dù có nhiều cố gắng trong công tác tuyên truyền chủ trương chính sách đối với tôn giáo của Đảng và Nhà nước ta, nhưng hiện nay trên địa bàn tỉnh vẫn còn một số tổ chức đảng, chính quyền, Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể, và một bộ phận cán bộ, đảng viên chưa nhận thức đầy đủ và thống nhất về vấn đề tôn giáo và công tác tôn giáo.
Trên thực tế ở một số nơi có một bộ phận cán bộ đảng viên vẫn có tư tưởng bảo thủ hẹp hòi, cứng nhắc và còn mang nặng định kiến, mặc cảm với tín đồ, chức sắc các tôn giáo. Bên cạnh đó, có nơi vẫn còn tồn tại tình trạng lơ là, buông lỏng quản lý, mất cảnh giác tạo sơ hở và bị lợi dụng. Đơn cử như trường hợp của Ông Lý Tiến Lưu, dân tộc Dao, tín đồ theo đạo Tin lành thuộc Hội thánh Tin lành Bắc Sơn, do sơ hở trong công tác quản lý, năm 1988 khi đang là Trưởng ban trị sự Hội thánh Tin lành Bắc Sơn, ông Lý Tiến Lưu đã theo học lớp giảng sư của trường Kinh Thánh ở Hà Nội. Khi địa phương phát hiện việc đi học trái phép của ông Lý Tiến Lưu như: Không xin phép địa phương, trình độ văn hóa thấp (học hết lớp 7/ 10), đã quá tuổi qui định, chưa hoàn thành nghĩa vụ quân sự,…Trong quá trình học tập ông Lưu bị Công an thành phố Hà Nội trục xuất về nhiều lần, nhưng ông Lý Tiến Lưu vẫn cố tình theo học. Đến tháng 6/1993 sau khi học song ông Lý Tiến Lưu nhiều lần gửi đơn lên các cấp chính quyền đề nghị công nhận là giảng sư nhưng không được chấp nhận, từ đó ông Lý Tiến Lưu tỏ thái độ bất bình với chính quyền và tiến hành nhiều hoạt động tôn giáo trái phép [62, tr.2].
Chính những nguyên nhân nói trên đã dẫn đến việc xử lý các vấn đề nảy sinh trong các tôn giáo còn nhiều lúng túng, bị động, thiếu tính nhất quán, để vụ việc kéo dài làm cho vấn đề trở nên phức tạp thêm, tạo cơ hội cho các phần tử cực đoan lợi dụng lôi kéo quần chúng, dẫn đến làm mất ổn định tình hình chính trị, trật tự xã hội ở địa phương.
- Công tác vận động quần chúng và công tác xây dựng lực lượng chính trị trong các vùng có đông tín đồ các tôn giáo còn nhiều yếu kém:
Quan điểm chỉ đạo của Đảng là: Cốt lõi của công tác tôn giáo là công tác vận động quần chúng. Trong những năm qua mặc dù các cấp chính quyền, các đoàn thể chính trị xã hội đã có nhiều cố gắng trong công tác vận động quần chúng tín đồ, nhưng hiệu quả đạt được còn thấp. Chương trình hoạt động của các tổ chức đoàn thể còn sơ sài, đơn điệu, ít có địa phương tạo ra cách thức hoạt động phù hợp với điều kiện mới. Việc tập hợp hội viên, đoàn viên và công tác tuyên truyền, giáo dục còn kém hiệu quả.
Bên cạnh đó hoạt động của các tôn giáo lại rất sôi động, nhiều nơi có phần lấn át cả các đoàn thể quần chúng, trong đó phải kể đến hoạt động của Hội thánh Tin lành Bắc Sơn. Hội thánh Tin lành Bắc Sơn có 12 Hội nhánh, trong đó mỗi hội nhánh đều thành lập Ban tráng niên họp tối thứ bảy hàng tuần, Ban thanh niên họp tối thứ sáu, Ban thiếu niên họp tối thứ năm, Ban thiếu nhi họp vào tối chủ nhật, mỗi hội nhánh họp chung vào tối thứ tư và và sáng chủ nhật hàng tuần. Nội dung của các buổi nhóm lễ gồm cầu nguyện, hát Thánh ca và tập hát Thánh ca và nhiều hoạt động khác, ngoài ra các hội nhánh đều thành lập Ban thăm viếng từ thiện. Như vậy trong một tuần lễ, các giới, các thành phần tín đồ Tin lành trong hội thánh dành quá nhiều thời gian cho việc sinh hoạt đạo, làm ảnh hưởng lớn đến thời gian học tập, lao động sản xuất và thời gian tham gia sinh hoạt cũng như các hoạt động do chính quyền và các đoàn thể tổ chức.
Cùng với đó là các hoạt động mê tín dị đoan, hiện tượng thương mại hóa tôn giáo… có xu hướng ngày càng tăng, có nguy cơ xâm nhập ngày càng sâu vào các hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo tại một số cơ sở thờ tự, nhất là các đình, chùa. Điều đó gây ảnh hưởng xấu đến đời sống sinh hoạt tín ngưỡng, tôn giáo lành mạnh của quần chúng nhân dân trên địa bàn.
Công tác xây dựng cơ sở chính trị trong vùng giáo còn gặp nhiều khó khăn. Mặc dù Qui định số 123-QĐ/TW ngày 28/9/2004 của Ban chấp hành Trung ương Đảng qui định
Một số điểm về kết nạp đảng viên đối với người có đạo và đảng viên có đạo tham gia sinh hoạt tôn giáo đã ban hành và đưa vào thực hiện được gần hai năm nhưng kết quả công tác phát triển đảng trong vùng tôn giáo còn chưa cao.
Công tác giáo dục nhận thức về chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước cho quần chúng tín đồ các tôn giáo nhiều nơi còn chưa được quan tâm đúng mức. Trên mặt trận văn hóa- tư tưởng hầu như còn bỏ ngỏ, các phương tiện thông tin đại chúng của tỉnh còn có xu hướng e dè, ít đề cập đến vấn đề tôn giáo. Đài phát thanh - truyền hình Lạng Sơn phát 30 phút chương trình phát thanh bằng tiếng dân tộc trong một ngày và một tháng có 02 chương trình truyền hình dân tộc bằng tiếng Dao, tuy nhiên diện phủ sóng còn hạn hẹp, hiệu quả tuyên truyền đến với đồng bào còn hạn chế. Trong khi đó hàng ngày Đài phát thanh “Nguồn sống” (Cơ quan ngôn luận của Giáo hội Tin lành châu á, phát sóng tại Philippin) và Đài VERITAR (đài phát thanh tiếng Dao của Thái Lan) liên tục phát sóng các buổi giảng Kinh Thánh và hát Thánh ca bằng tiếng Dao, tiếng Mông...
Ngoài ra công tác tranh thủ, xây dựng lực lượng cốt cán trong chức sắc, tín đồ các tôn giáo còn nhiều hạn chế. Với những hạn chế trên đây đã ảnh hưởng trực tiếp đến công tác vận động quần chúng tín đồ các tôn giáo và công tác xây dựng lực lượng chính trị trong vùng tôn giáo tập trung của tỉnh Lạng Sơn.
- Công tác quản lý nhà nước đối với các hoạt động tôn giáo của một số ngành và một số địa phương còn nhiều sơ hở, buông lỏng và hạn chế:
Hạn chế này dẫn đến việc xử lý các vấn đề có liên quan đến tôn giáo còn thụ động, lúng túng, kém hiệu quả, có nhiều vụ việc do làm chưa chưa thấu đáo, kém tính thuyết phục, gây ra tâm lý phản cảm nên quần chúng tín đồ chưa đồng tình ủng hộ. Trong quản lý các hoạt động tôn giáo vẫn còn tình trạng chưa có sự phân công trách nhiệm hợp lý giữa các cấp, các ngành, các đoàn thể trong hệ thống chính trị, do đó dẫn đến nhiều khi giải quyết vụ việc còn buông lỏng hoặc chồng chéo giữa các cơ quan.
- Đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo vừa thiếu về số lượng lại vừa yếu về chuyên môn nghiệp vụ:
Trong những năm gần đây, mặc dù Lạng Sơn đã quan tâm đến công tác đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo, nhưng nhìn chung vẫn chưa đáp ứng được với yêu cầu thực tiễn đặt ra. Điều đó được thể qua đội ngũ cán bộ đang làm công tác tôn giáo. Hiện nay số lượng cán bộ làm công tác quản lý nhà nước về tôn giáo của tỉnh là 173 cán bộ, cụ thể: Phòng Tôn giáo thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh có 02 cán bộ; Phòng Tôn
giáo các huyện và thành phố Lạng Sơn có 32 cán bộ (trong đó chỉ có 22 đồng chí có trình độ Đại học) và 139 cán bộ chuyên trách ở các xã, thị trấn. Trong số trên không có cán bộ nào được đào tạo chuyên ngành về tôn giáo, chỉ có một số đồng chí được tập huấn qua các lớp bồi dưỡng ngắn hạn về tôn giáo và công tác tôn giáo.
Điều bất cập hiện nay là ở đội ngũ cán bộ chuyên trách làm công tác tôn giáo ở các xã, phường, thị trấn. Đây là những người trực tiếp làm công tác tôn giáo vận ở cơ sở nhưng họ chưa được đào tạo qua nghiệp vụ công tác tôn giáo, đặc biệt ở những xã vùng sâu vùng xa đội ngũ cán bộ này nhiều người có trình độ học vấn thấp, chỉ học hết lớp 7/10, điều đó cũng hạn chế đến kết quả công tác quản lý nhà nước đối với các hoạt động tôn giáo trên địa bàn.