Sau hòa bình lập lại, miền Bắc bước vào thời kỳ quá độ tiến lên xây dựng cơ sở vật chất của chủ nghĩa xã hội. Trước tình hình đó, vào đầu năm 1958 đã diễn ra cuộc cải cách tư pháp lần thứ hai với nội dung từng bước kiện toàn tổ chức bộ máy của các cơ quan tư pháp, trong đó, có tổ chức của cơ quan Công tố. Ngày 29/4/1958, Quốc hội đã thông qua đề án của Hội đồng Chính phủ nhằm tăng cường thêm một bước của Chính phủ và bộ máy nhà nước ở cấp trung ương; thành lập Viện công tố trung ương và hệ thống Viện công tố. Viện công tố trung ương có quyền hạn và trách nhiệm ngang một bộ và trực thuộc Hội đồng Chính phủ.
Thi hành Nghị quyết của Quốc hội, ngày 1/7/1958, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 256-TTg qui định về chức năng, nhiệm vụ và tổ chức của Viện công tố. Theo đó, Viện công tố có chức năng: Điều tra và truy tố trước Tòa án những kẻ phạm pháp về hình sự; giám sát việc chấp hành luật pháp trong công tác điều tra của cơ quan điều tra; giám sát việc chấp hành luật pháp trong việc xét xử của các Tòa án; giám sát việc chấp hành pháp luật trong việc thi hành các bản án về hình sự, dân sự và trong hoạt động của cơ quan giam giữ và cải tạo; khởi tố và tham gia tố tụng trong những vụ án dân sự quan trọng có liên quan đến lợi ích của nhà nước và của công dân. Nhiệm vụ của Viện công tố là: giám sát việc tuân thủ và chấp hành pháp luật của nhà nước; truy tố theo pháp luật hình sự những người phạm tội để bảo vệ chế độ dân chủ nhân dân; giữ gìn trật tự an ninh; bảo vệ tài sản công, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của công dân; đảm bảo cho công cuộc kiến thiết và cải tạo xã hội chủ nghĩa tiến hành thuận lợi. Tổ chức bộ máy của Viện công tố gồm có: Viện công tố trung ương, Viện công tố địa phương các cấp, Viện công tố quân sự các cấp. Sau khi Chính phủ ban hành Nghị định số 256, Viện trưởng Viện công tố trung ương ban hành Thông tư số 601-TCCB, ngày 06/8/1959, giải thích và hướng dẫn thi hành Nghị định số 256 của Chính phủ, qui định về nguyên tắc tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Viện công tố làm cơ sở cho việc xây dựng bộ máy tổ chức và hoạt động của Viện công tố các cấp.
Về hệ thống tổ chức, cơ quan Công tố tách khỏi Bộ Tư pháp và Tòa án. ở trung ương, Viện công tố trung ương có trách nhiệm, quyền hạn như một bộ. ở địa phương, Viện công tố là một cơ quan chuyên môn chịu sự lãnh đạo trực tiếp của ủy ban hành chính cùng cấp, đồng thời cũng chịu sự lãnh đạo của Viện công tố trung ương. Hệ thống
Viện công tố gồm có: Viện công tố trung ương; Viện công tố phúc thẩm Hà Nội, Hải Phòng, Vinh, quản hạt từng Viện do nghị định của Thủ tướng Chính phủ ấn định và bao gồm những tỉnh ở những nơi cấp khu đã giải thể; Viện công tố tỉnh, thành phố, khu đặc biệt Hồng Quảng và khu đặc biệt Vĩnh Linh; Viện công tố huyện, thị trấn lớn và cấp tương đương với huyện; ở miền Trung Châu, nơi ủy ban hành chính Liên khu đã giải thể từng bước giao cho cấp huyện và cấp tương đương với huyện nhiệm vụ sơ thẩm, cấp tỉnh phúc thẩm, bỏ cấp phúc thẩm khu. Trong giai đoạn quá độ các Viện công tố phúc thẩm khu 3, khu 4, tả ngạn, Hà Nội, Hải Phòng, Hồng Quảng, 7 tỉnh sẽ dồn lại thành 3 Viện công tố phúc thẩm đặt tại Hà Nội, Hải Phòng, Vinh, với nhiệm vụ chủ yếu là phúc thẩm và kháng cáo những vụ án xử sơ thẩm bị kháng cáo; ở Khu tự trị Việt Bắc và Khu tự trị Thái - Mèo vẫn giữ nguyên hiện trạng. Cấp huyện lúc này được xác định là địa bàn có vai trò quan trọng, nên được tăng cường ngay một Công tố ủy viên làm công tác điều tra, giám sát xét xử, giám sát thi hành án, ngăn ngừa và trấn áp kịp thời những hành động phản ứng nhỏ của bọn phá hoại; giáo dục, điều giải những xích mích va chạm trong nội bộ nhân dân, giải quyết những phạm pháp nhỏ; hướng dẫn, đôn đốc tư pháp xã làm một số việc có liên quan đến công tác công tố.
Về chế độ làm việc, từ trung ương tới các tỉnh, thành, Viện trưởng, Phó Viện trưởng và Công tố ủy viên lập thành ủy ban công tố, dưới sự lãnh đạo của Viện trưởng. ủy ban công tố làm việc theo nguyên tắc tập thể lãnh đạo, cá nhân phụ trách. Những việc quan trọng đều phải do ủy ban công tố thảo luận và quyết định. Về quan hệ với ủy ban hành chính cùng cấp và Viện công tố cấp trên, các Viện công tố tỉnh, thành phố, khu tự trị, khu đặc biệt, chịu sự lãnh đạo của ủy ban hành chính cùng cấp, đồng thời chịu sự lãnh đạo của Viện công tố trung ương. Viện công tố các huyện, châu, thị xã lớn chịu sự lãnh đạo của ủy ban hành chính cùng cấp, đồng thời chịu sự lãnh đạo về nghiệp vụ của Viện công tố cấp trên. Trường hợp giữa ủy ban hành chính tỉnh, thành phố, khu với Viện công tố trung ương có ý kiến khác nhau, thì cần báo cáo lên Thủ tướng Chính phủ quyết định. Nếu ý kiến khác nhau giữa ủy ban hành chính huyện, châu, thị xã với Viện công tố tỉnh thì báo cáo lên ủy ban hành chính tỉnh xét và quyết định. Trong trường hợp cấp bách, Viện công tố vẫn phải chấp hành theo ý kiến của ủy ban hành chính cùng cấp, một mặt báo cáo lên Viện công tố cấp trên biết. Để đảm bảo Viện công tố trung ương có thể nắm
được tình hình chung và làm nhiệm vụ chỉ đạo chính sách được tốt, các Viện công tố tỉnh, thành phố, khu phải chấp hành nghiêm chỉnh chế độ báo cáo, thỉnh thị trong mọi mặt công tác. Về mối quan hệ với cấp ủy Đảng cùng cấp, Ban bí thư Trung ương nhất trí việc Viện trưởng Viện công tố các cấp cần tham gia cấp ủy, tạo điều kiện cho Viện trưởng Viện công tố nắm chắc chủ trương, trọng tâm công tác của địa phương và làm cho vị trí, vai trò công tác công tố được nâng cao.
Trên thực tế, hệ thống Viện công tố được tổ chức ở 4 cấp, bao gồm: Viện công tố trung ương; Viện công tố phúc thẩm theo các khu vực (mỗi khu vực gồm nhiều tỉnh), Hà Nội, Hải Phòng, Vinh, Khu tự trị Việt Bắc, Khu tự trị Thái Mèo; Viện công tố cấp tỉnh bao gồm: Viện công tố thành phố Hà Nội, Viện công tố thành phố Hải Phòng, Viện công tố Khu Hồng Quảng, Viện công tố khu vực Vĩnh Linh và Viện công tố các tỉnh khác của miền Bắc; Viện công tố huyện, thị trấn lớn và cấp tương đương. Hệ thống Viện công tố quân sự cũng được thành lập trong quân đội và đi vào hoạt động. Cơ cấu bộ máy tổ chức của Viện công tố trung ương được thành lập với các đơn vị trực thuộc gồm: Vụ giám sát điều tra, Vụ giám sát xét xử, Vụ giám sát giam giữ, cải tạo; Văn phòng; các phòng nghiệp vụ (Phòng điều tra thẩm cứu, Phòng tổ chức cán bộ).
Viện công tố được tổ chức theo nguyên tắc Viện trưởng Viện công tố trung ương là thành viên Chính phủ, chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Chính phủ. Viện trưởng Viện công tố cấp tỉnh chịu sự lãnh đạo của Viện trưởng Viện công tố trung ương, đồng thời chịu sự lãnh đạo trực tiếp của ủy ban hành chính cùng cấp. Riêng Viện công tố phúc thẩm vì tổ chức theo khu vực nên không có ủy ban hành chính đồng cấp lãnh đạo, mà chịu sự lãnh đạo của Viện trưởng Viện công tố trung ương. Đối với Viện công tố cấp huyện vì theo qui định của Nghị định số 321-TTg ngày 27/8/1959 của Thủ tướng Chính phủ thì Viện công tố cấp huyện không có Viện trưởng mà chỉ có một Công tố ủy viên phụ trách và cán bộ giúp việc nên chính Công tố ủy viên chịu sự lãnh đạo của Viện trưởng Viện công tố cấp trên và ủy ban hành chính cùng cấp. Đứng đầu Viện công tố các cấp (trừ cấp huyện) là Viện trưởng, có thể có Phó Viện trưởng giúp Viện trưởng làm nhiệm vụ. ủy ban công tố cũng được thành lập ở Viện công tố trung ương và Viện công tố cấp tỉnh, với thành phần gồm Viện trưởng, Phó Viện trưởng và các ủy viên công tố, dưới sự lãnh đạo của Viện trưởng.
Trên thực tế lúc đó do chưa thành lập đủ được ngay bộ máy Viện công tố các cấp, nhất là Viện công tố cấp huyện như tinh thần của Nghị định của Chính phủ mặt khác do chưa có các văn bản pháp luật về tố tụng qui định thẩm quyền của Viện công tố các cấp nên trong thời gian đầu mới thành lập, thẩm quyền của Viện công tố tạm thời được ấn định như sau:
- Thẩm quyền tố tụng chủ yếu của Viện công tố trung ương: Viện công tố trung ương giám sát, hướng dẫn đường lối truy tố đối với Viện công tố cấp dưới; trực tiếp điều tra đối với những vụ án phức tạp, quan trọng xét thấy cần trực tiếp điều tra; giám sát điều tra đối với những vụ án do Cơ quan điều tra của Bộ công an điều tra; tham gia các phiên tòa do Tòa án nhân dân tối cao xét xử sơ thẩm, phúc thẩm, chung thẩm, giám đốc thẩm, tái thẩm theo thẩm quyền của Tòa án nhân dân tối cao; chỉ đạo và trực tiếp giám sát việc giam giữ, cải tạo, việc thi hành án v.v...
- Thẩm quyền tố tụng chủ yếu của Viện công tố phúc thẩm: Viện công tố phúc thẩm là một cấp trong hệ thống công tố. Viện công tố phúc thẩm duy trì để bảo đảm nguyên tắc hai cấp xét xử. Viện công tố phúc thẩm có quyền theo dõi, hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc về công tác đối với Viện công tố cấp tỉnh, theo nguyên tắc, Viện công tố cấp tỉnh có nhiệm vụ báo cáo thỉnh thị Viện công tố phúc thẩm. Những việc phải thỉnh thị Viện công tố Trung ương, Viện công tố cấp tỉnh cũng phải báo cáo cho Viện công tố phúc thẩm. Viện công tố phúc thẩm chủ yếu tham gia xét xử phúc thẩm những vụ án sơ thẩm bị kháng cáo, kháng nghị, tương ứng với thẩm quyền xét xử của Tòa phúc thẩm; phụ trách theo luật định việc gia hạn giam cứu lần thứ hai và theo dõi việc gia hạn giam cứu lần thứ nhất của Viện công tố cấp tỉnh.
- Thẩm quyền chủ yếu của Viện công tố cấp tỉnh: Vì Viện công tố cấp huyện chưa được thành lập nên thẩm quyền sơ thẩm chủ yếu vẫn do Viện công tố cấp tỉnh đảm nhiệm. Viện công tố cấp tỉnh trực tiếp điều tra đối với những vụ án xét thấy cần trực tiếp điều tra; giám sát điều tra đối với những vụ án do cơ quan Công an cùng cấp và cấp dưới điều tra; tham gia thực hành quyền công tố tại các phiên tòa do Tòa án nhân dân cấp tỉnh xét xử theo thẩm quyền; giám sát việc giam giữ, cải tạo; việc thi hành án v.v...
Tiếp sau đó, khi Viện công tố cấp huyện được thành lập ở một số nơi thì thẩm quyền tố tụng chủ yếu của Viện công tố các cấp được ấn định như sau:
- Thẩm quyền chủ yếu của Viện công tố huyện và cấp tương đương: Vì không thể lập công tố huyện và cấp tương đương tất cả các nơi cùng một lúc mà phải căn cứ vào tình hình thực tế nơi nào nhiều việc thì thành lập trước, nơi nào ít việc và chưa có cán bộ thì thành lập sau. Những nơi chưa lập được thì Tòa án cấp huyện phải làm nhiệm vụ chung của Tòa án và của cả Công tố. Chỉ những cấp huyện và tương đương có thành lập Tòa án mới thành lập Viện công tố. Những nơi khác, kể cả những nơi có cơ quan Công an như khu phố, khu đặc biệt có quận Công an mà không có Tòa án và Công tố cấp tương đương thì do Viện công tố cấp tỉnh đảm nhiệm.
Viện công tố cấp huyện và cấp tương đương có thẩm quyền: Điều tra việc hình sự thường bị bắt quả tang trong địa bàn, lập hồ sơ đề nghị Viện công tố tỉnh truy tố. Viện công tố cấp huyện tiến hành điều tra, truy tố trước Tòa án huyện những vụ án hình sự thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án huyện; giải quyết những vụ phạm pháp quả tang, trừ những vụ phạm pháp quả tang về chính trị và hình sự quan trọng thì phối hợp với Công an xử lý; giám sát việc xử lý về dân sự ở Tòa án cấp huyện và việc thi hành các bản án trong huyện; giải quyết đơn từ khiếu nại của nhân dân về các việc vi phạm pháp luật; phối hợp với Tòa án huyện tuyên truyền pháp luật, xây dựng tư pháp xã, hướng dẫn cho cấp xã bảo vệ trật tự trị an, bảo vệ chế độ nhà nước. Viện công tố huyện và cấp tương đương có trách nhiệm liên hệ chặt chẽ với các đoàn thể ở xã để giáo dục nhân dân về ý thức tuân theo pháp luật và đấu tranh ngăn ngừa chống các việc phạm pháp.
Giữa Viện công tố với Công an huyện và cấp tương đương theo nguyên tắc phối hợp và chế ước lẫn nhau, Viện công tố huyện và cấp tương đương không phê chuẩn việc bắt người của Công an cùng cấp, vì Công an cùng cấp chỉ bắt người trường hợp khẩn cấp. Viện công tố chỉ can thiệp trường hợp Công an tạm giữ quá 3 ngày hoặc trong 3 ngày đó mà có tài liệu chứng tỏ Công an vi phạm pháp luật trong việc điều tra, hỏi cung người bị bắt giữ thì cũng có quyền can thiệp. Viện công tố phụ trách giải quyết tất cả các vụ phạm pháp quả tang, trừ việc quả tang về chính trị và hình sự quan trọng thì Viện công tố và Công an phối hợp giải quyết. Công an phụ trách điều tra tất cả các vụ án chính trị cần điều tra và tất cả các vụ hình sự thường không quả tang. Nhưng nếu là việc hình sự thường không quả tang không phức tạp và không đòi hỏi phải có kỹ thuật và phương tiện điều tra chuyên môn thì Viện công tố cũng có thể đảm nhiệm. Đối với cơ quan nhà nước,
tổ chức kinh tế, tổ chức xã hội nếu vi phạm pháp luật thì Viện công tố có quyền can thiệp và báo cáo lên ủy ban hành chính cùng cấp và Viện công tố cấp trên để giải quyết. Về vấn đề huyện ủy viên phụ trách Công tố ủy viên cấp huyện, theo quy định của Đảng tại thời điểm này thì Công tố ủy viên cấp huyện phải do một huyện ủy viên phụ trách để có đủ uy tín, khả năng về chuyên môn nghiệp vụ và trong quan hệ với các ngành và các cấp. Ngoài các thẩm quyền nói trên, Viện công tố cấp huyện còn thực hiện các quyền hạn khác theo quy định.
- Thẩm quyền tố tụng chủ yếu của Viện công tố cấp tỉnh vừa đảm nhiệm thực hành quyền công tố đối với các vụ án sơ thẩm không thuộc thẩm quyền của cấp huyện và thực hành quyền công tố tại phiên toà phúc thẩm đối với những bản án của cấp sơ thẩm bị kháng cáo, kháng nghị và các quyền hạn khác. Thẩm quyền của Viện công tố phúc thẩm vẫn được giữ như cũ cho đến khi giải thể. Thẩm quyền của Viện công tố trung ương vẫn giữ như cũ.
Tóm lại, mô hình tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan Công tố thời kỳ này còn mang tính chất sơ khai, chưa ổn định và chưa được hoàn chỉnh, chủ yếu phục vụ những nhiệm vụ cách mạng vào thời điểm lúc bấy giờ. Tuy nhiên, những ưu điểm của cơ quan Công tố của giai đoạn này đã được kế thừa vận dụng vào việc xây dựng