Ngày 24/01/1946, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 13 ấn định việc tổ chức các Tòa án và các ngạch Thẩm phán trong nước Việt Nam dân chủ cộng hòa. Ngày 17/4/1946, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 51 ấn định thẩm quyền các Tòa án và sự phân công nhiệm vụ giữa các nhân viên trong Tòa án. Ngày 20/7/1946, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 131 bổ sung Sắc lệnh số 51, theo đó, chức năng công tố, nhân danh nhà nước truy tố người phạm tội ra trước Tòa án thường để xét xử được giao cho Biện lý, Phó Biện lý ở Tòa án đệ nhị cấp; giao cho Chưởng lý, Phó Chưởng lý, Tham lý đảm nhiệm ở
Tòa thượng thẩm. Các chức danh này được gọi chung là Thẩm phán buộc tội. Theo Sắc lệnh số 13, hệ thống tổ chức các Tòa án thường gồm có: Tòa sơ cấp, Tòa đệ nhị cấp, Tòa thượng thẩm.
Tòa sơ cấp được thành lập ở mỗi phủ, huyện, châu. Tòa sơ cấp có một Thẩm phán, một Lục sự và Thư ký. Không có Biện lý hay đại diện của cơ quan Công tố vì thẩm quyền của Tòa sơ cấp rất hạn chế, trong lĩnh vực hình sự chỉ xét xử những vụ việc có tính chất vi cảnh; khi có vụ việc phạm tội tiểu hình hay đại hình xảy ra trên địa bàn thì Tòa sơ cấp phải báo ngay cho cơ quan Công tố cấp tỉnh, đồng thời trực tiếp thực hiện việc điều tra vì Thẩm phán Tòa sơ cấp đồng thời kiêm nhiệm là Tư pháp Công an.
Tòa đệ nhị cấp có một Chánh án, một Biện lý thực hiện quyền công tố, một Dự thẩm, một Chánh Lục sự và Thư ký giúp việc. Tòa đệ nhị cấp được thành lập ở các tỉnh, thành phố Hà Nội, Hải Phòng, Sài Gòn, Chợ Lớn. Những nơi thiếu cán bộ thì Biện lý kiêm nhiệm luôn cả việc dự thẩm.
Tòa thượng thẩm được thành lập ở Bắc kỳ, Trung kỳ, Nam kỳ; Bắc kỳ đặt ở Hà Nội, Trung kỳ đặt ở Thuận Hóa (Huế), Nam kỳ đặt ở Sài Gòn. Tòa thượng thẩm có một Chánh nhất, các Chánh án phòng, các Hội thẩm, một Chưởng lý, một hay nhiều Phó Chưởng lý, những Tham lý, một Chánh lục sự, các Lục sự, những Tham tá và Thư ký. Số lượng cụ thể các Phó Chưởng lý, Tham lý do Bộ trưởng Bộ Tư pháp ấn định. Chưởng lý, Phó Chưởng lý, Tham lý ngồi ghế công tố thực hành quyền công tố nhà nước, truy tố bị can ra Tòa bằng bản cáo trạng.
Các ngạch Thẩm phán được chia làm hai loại: ngạch sơ cấp và ngạch đệ nhị cấp, ngạch sơ cấp làm việc ở Tòa sơ cấp, ngạch đệ nhị cấp làm việc ở Tòa đệ nhị cấp và Tòa thượng thẩm. Thẩm phán ngạch đệ nhị cấp chia làm hai chức danh: Thẩm phán xét xử do Chánh nhất Tòa thượng thẩm đứng đầu và Thẩm phán buộc tội thuộc tổ chức Công tố do Chưởng lý đứng đầu.
Các Thẩm phán buộc tội của Tòa thượng thẩm hợp thành một đoàn thể độc lập đối với các Thẩm phán xét xử và đặt dưới quyền của Chưởng lý. Các Thẩm phán buộc tội hành động theo sự ủy quyền của Chưởng lý. Bộ trưởng Bộ Tư pháp có thể ra lệnh cho
Chưởng lý hành động hay không hành động, nhưng không thay thế Chưởng lý mà hành động.
Như vậy, cơ quan Công tố thực hành quyền công tố tại Tòa án thường trong thời kỳ này nằm trong hệ thống Tòa án ở hai cấp Tòa đệ nhị cấp và Tòa thượng thẩm. Tuy nhiên, hoạt động của các công tố viên khi đó hoàn toàn độc lập đối với hệ thống Tòa án. Đến ngày 22/5/1950, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 85 về cải cách tư pháp thì Tòa án thường được đổi thành Tòa án nhân dân.