Xét về góc độ tổ chức và quản lý hành chính tư pháp thì Viện công tố và Tòa án đều do Bộ trưởng Bộ Tư pháp nắm quyền. Tuy nhiên sự lãnh đạo, chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tư pháp cũng chỉ dừng lại đối với Tổng công tố trưởng. Và sự lãnh đạo, chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tư pháp cũng chỉ mang tính chất chỉ đạo chung, mang tính quản lý hành chính tư pháp, không can thiệp vào công việc chuyên môn của Viện công tố. Bộ trưởng Bộ Tư pháp không có quyền chỉ đạo trực tiếp đối với công tố viên cấp dưới.
Viện công tố hoạt động hoàn toàn độc lập với Tòa án, với các cơ quan chính quyền địa phương. Viện công tố được tổ chức theo nguyên tắc tập trung thống nhất lãnh đạo trong ngành. Tổng công tố trưởng của bang có toàn quyền lãnh đạo, chỉ đạo các cán bộ, công tố viên vùng và khu vực. Các cán bộ, công tố viên chịu sự lãnh đạo của công tố viên cấp trên trực tiếp và thống nhất chịu sự lãnh đạo của Tổng công tố trưởng của bang.
Nhà nước Đức là một nhà nước liên bang, do đó tổ chức bộ máy nhà nước nói chung và của Viện công tố nói riêng cũng khác với các nhà nước đơn nhất. Hệ thống công tố của Đức được tổ chức không theo địa giới hành chính mà được tổ chức theo từng vùng và khu vực. Một vùng có thể bao gồm một tỉnh hoặc nhiều tỉnh, một khu vực có thể là một huyện hoặc nhiều huyện (quận). Tùy theo số lượng công việc cụ thể của từng nơi mà Bộ trưởng Bộ Tư pháp bố trí Viện công tố cho phù hợp. Ví dụ, ở những nơi có ít tội phạm xảy ra thì có thể tổ chức một Viện công tố khu vực có thẩm quyền theo lãnh thổ rộng hơn các Viện công tố khu vực nơi có nhiều tội phạm xảy ra. Khi có tội phạm xảy ra thì công tố viên cấp vùng đó thực hành quyền công tố ở khu vực đó. Đây là cách thức tổ chức rất linh hoạt của Đức nhằm giảm thiểu gánh nặng về tài chính cho nhà nước, vì có khu vực một năm chỉ có một vài vụ án xảy ra mà cũng tổ chức một Viện công tố ở đó thì rất lãng phí. Tổ chức của Tòa án thì lại hoàn toàn khác với Viện công tố, vì ngoài án hình sự ra, Tòa án còn phải giải quyết nhiều loại án khác nữa như án dân sự, kinh tế, lao động… Do đó, tuy về mặt nguyên tắc thì luật qui định, Viện công tố được tổ chức song song với Tòa án, ở đâu có Tòa án thì ở đó có Viện công tố, nhưng trong thực tiễn, Tòa án và Viện công tố được tổ chức không thống nhất ở cấp bang. Viện công tố Đức được tổ chức theo ngành dọc, độc lập với cơ quan chính quyền với nguyên tắc hoạt động là tập
trung thống nhất, công tố viên cấp dưới chịu sự lãnh đạo của công tố viên cấp trên và thống nhất chịu sự chỉ đạo của Tổng công tố bang.
Tóm lại, mô hình tổ chức và hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân và Viện công tố của các nước khác nhau cũng có sự khác nhau dựa trên cách thức tổ chức và thực hiện quyền lực nhà nước cũng như các điều kiện kinh tế - xã hội, các yếu tố lịch sử, truyền thống pháp lý của mỗi nước. Do đó, việc vận dụng mô hình tổ chức và hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân và Viện công tố các nước trên thế giới để áp dụng trong việc đổi mới tổ chức và hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân Việt Nam là một việc làm không đơn giản, đòi hỏi phải được nghiên cứu, khảo sát, đánh giá và chọn lọc cho phù hợp với điều kiện và hoàn cảnh ở nước ta.
Chương 2
Thực trạng về tổ chức và quá trình đổi mới tổ chức Viện kiểm sát nhân dân