Ngay sau khi nước ta giành được độc lập, ngày 13/9/1945, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 32 bãi bỏ các ngạch quan lại tư pháp, trong đó có ngạch Thẩm phán, công tố viên cũ và Sắc lệnh số 33c thành lập Tòa án quân sự cách mạng. Chức năng công tố, nhân danh nhà nước truy tố người phạm tội ra xét xử trước Tòa án quân sự được giao cho ủy viên quân sự hoặc ủy viên của Ban trinh sát có thẩm quyền truy tố đối với tất cả những người có hành vi xâm hại đến nền độc lập của nước Việt Nam dân chủ cộng hòa và thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự. Ngày 26/9/1945, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 37 về thẩm quyền theo lãnh thổ của Tòa án quân sự. Ngày 29/9/1945, Sắc lệnh số 40 được ban hành qui định về việc thành lập thêm Tòa án quân sự ở Nha Trang. Ngày 14/2/1946, Sắc lệnh số 21 được ban hành, thay thế các Sắc lệnh số 33c, Sắc lệnh số 37, Sắc lệnh 40, theo đó qui định Tòa án quân sự được thành lập ở những nơi cần thiết và bổ sung thẩm quyền của Tòa án quân sự được xét xử tất cả các tội phạm xảy ra trước hoặc sau ngày 19/8/1945 xâm hại đến nền độc lập của nước Việt Nam dân chủ cộng hòa, trừ những tội phạm do binh sĩ thực hiện thì do Tòa án binh xét xử.
Thi hành các Sắc lệnh nói trên bộ máy tổ chức Tòa án quân sự và tương ứng là tổ chức Công tố trong Tòa án quân sự được thành lập tại Hà Nội, Hải Phòng, Thái Nguyên, Ninh Bình, Vinh, Huế, Quảng Ngãi, Sài Gòn, Mỹ Tho, Nha Trang, các Tòa án quân sự này có quản hạt gồm nhiều tỉnh. Thành phần Hội đồng xét xử của Tòa án quân sự có Chánh án và hai Hội thẩm, buộc tội là một ủy viên quân sự hay một ủy viên của Ban trinh sát. Đến khi Sắc lệnh số 21 được ban hành thì chức danh thực hiện việc buộc tội được gọi là Công cáo ủy viên. ở Bắc kỳ, Bộ trưởng Bộ Tư pháp và Bộ trưởng Bộ Nội vụ chỉ định Công cáo ủy viên, ở Trung kỳ và Nam kỳ thì do Chưởng lý Tòa thượng thẩm hoặc Chủ tịch ủy ban hành chính chỉ định ủy viên Chính phủ làm Công cáo ủy viên. ủy viên Chính phủ làm Công cáo ủy viên có thể lấy trong quân đội, trong Ban trinh sát hay trong các Thẩm phán chuyên nghiệp. Các Công cáo ủy viên trực tiếp đặt dưới quyền giám sát của Bộ trưởng Bộ Tư pháp và Bộ trưởng Bộ Nội vụ, ở Trung kỳ và Nam kỳ thì do Chưởng lý Tòa thượng thẩm và Chủ tịch ủy ban hành chính giám sát.
Ngày 17/11/1950, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 155 thay thế các sắc lệnh về Tòa án quân sự được ban hành từ 13/ 9/1945 đến thời điểm này. Sắc lệnh qui định tất cả các Tòa án quân sự hiện hành không tổ chức theo Sắc lệnh này đều bãi bỏ và thành lập Tòa án quân sự liên khu tại mỗi Liên khu. Thực hành quyền công tố tại Tòa án quân sự liên khu do Công tố ủy viên hoặc Phó Công tố ủy viên đảm nhiệm. Thẩm quyền của Tòa án quân sự liên khu vẫn theo các sắc lệnh trước đây về thẩm quyền của Tòa án quân sự. Một thời gian sau, thẩm quyền của Tòa án quân sự được chuyển giao cho Tòa án binh và Tòa án nhân dân. Năm 1960, Tòa án binh được đổi thành Tòa án quân sự. Từ năm 1960 đến nay ởnước ta tồn tại hai hệ thống Tòa án là Tòa án nhân dân và Tòa án quân sự.