- Đây là lĩnh vực mới, chúng ta chưa có nhiều kinh nghiệm. Không ít cấp ủy chưa nhận thức đầy đủ về mục đích, yêu cầu của công tác phát triển đảng viên mới trong công nhân các DNNQD, nên chưa có những biện pháp cụ thể, tích cực để tăng cường sự lãnh đạo, chỉ đạo trong tổ chức thực hiện. Việc bố trí cán bộ chủ chốt của tổ chức đảng, đoàn thể trong các công ty liên doanh với nước ngoài chưa tương xứng với yêu cầu nhiệm vụ; chưa làm tốt công tác tuyên truyền, vận động cán bộ, đảng viên, quần chúng và chủ doanh nghiệp.
- Công tác quy hoạch phát triển đảng viên mới ở nhiều doanh nghiệp còn lúng túng, chắp vá, tùy tiện, chạy theo thành tích, thiếu trách nhiệm. Việc tạo nguồn thường khoán trắng cho công đoàn và đoàn thanh niên. Nguyên tắc, thủ tục trong công tác kết nạp đảng viên mới chưa đảm bảo dẫn đến tình trạng phải sửa sai, làm lại nhiều lần.
- Đầu tư kinh phí và thời gian cho công tác này còn thấp. Một số tổ chức đảng tự tạo kinh phí hoạt động, song vẫn rất khó khăn. Thời gian học đối tượng đảng cũng như các lớp đảng viên mới của công nhân sắp xếp chưa hợp lý làm ảnh hưởng đến tiến độ sản xuất của công ty làm cho quần chúng e ngại việc phấn đấu vào Đảng.
- Sự phối hợp, kết hợp giữa cấp ủy đảng, chính quyền và các đoàn thể trong việc tuyên truyền, vận động thuyết phục nhà đầu tư hiểu chủ trương của Đảng còn hạn chế. Còn nhà đầu tư chưa hiểu, chưa đồng tình, còn né tránh việc xây dựng thành lập tổ chức đảng cũng như phát triển Đảng trong doanh nghiệp. Mặt khác, tâm lý của nhà đầu tư chỉ quan tâm đến sản xuất kinh doanh, đến lợi nhuận, chấp hành những gì pháp luật
Việt Nam quy định; ít quan tâm đến các tổ chức chính trị, nhất là những tổ chức chính trị mà luật pháp, không điều chỉnh như: tổ chức đảng, Đoàn TNCS Hồ Chí Minh, Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam... Đây là một trong những nguyên nhân phổ biến làm hạn chế đến việc phát triển Đảng và hoạt động của các tổ chức trong hệ thống chính trị ở doanh nghiệp, nhất là tổ chức đảng, Đoàn Thanh niên, Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam.
- Số công nhân làm việc tại các DNNQD không ổn định, luôn thay đổi nên việc giáo dục chính trị tư tưởng còn hạn chế, tự do bán sức lao động theo kinh tế thị trường, tư tưởng thiếu an tâm, gắn bó với doanh nghiệp. Một số trường hợp là công nhân đang làm việc tại công ty, xí nghiệp sinh hoạt đoàn thể rất năng nổ, nhiệt tình nhưng không thiết tha vào Đảng, vì họ sợ bị ràng buộc thêm về trách nhiệm và thời gian.
- Trong quá trình thực hiện xây dựng và phát triển đảng viên trong các DNNQD, chưa có điều luật qui định việc lập các tổ chức đảng trong DNNQD. Do đó, không có cơ sở pháp lý để ràng buộc trách nhiệm giới chủ tạo điều kiện phát triển đảng viên, xây dựng tổ chức đảng trong doanh nghiệp.
- Nhiều DNTN nơi đây có số lượng công nhân ít nên chưa thành lập được tổ chức đoàn thể, hầu hết thanh niên phải sinh hoạt đoàn tại địa phương. Mặt khác, khi chưa có Luật Thanh niên nên các DNCVĐTNN, doanh nghiệp 100% VĐTNN không quan tâm đến công tác này. Do đó, phát triển Đảng trong các DNTN còn rất ít.
- Chất lượng của đội ngũ công nhân hiện nay còn thấp, nhìn chung xuất thân từ học sinh phổ thông và CNLĐ từ nông nghiệp là chủ yếu: trình độ tiểu học chiếm 3,48%, trung học cơ sở chiếm 30,74%, trung học phổ thông chiếm 65,78%; chưa qua lớp bồi dưỡng chính trị chiếm 80,43%, có trình độ lý luận chính trị chỉ có 16,76% (trong đó, sơ cấp 13,03%, trung cấp 2,82%, cao cấp 1,45, cử nhân 0,09); không có trình độ chuyên môn kỹ thuật chiếm 66,54%, lao động phổ thông chiếm 43%, lao động có tay nghề nhưng không có bằng cấp chiếm 27%, tỷ lệ có tay nghề cao còn thấp (bậc thợ 7/7 chiếm 0.95%), không xác định tay nghề 4,23% [1, tr. 28]. Do hạn chế về trình độ nên việc lựa chọn đối tượng phát triển Đảng ở một số cơ sở có những khó khăn.
- Nhiều tổ chức đảng trong doanh nghiệp chưa thực hiện được vai trò, chức năng là hạt nhân chính trị ở cơ sở. Có chi bộ (Chi bộ Công ty cổ phần Hưng Thịnh) gồm những đảng viên toàn là bảo vệ và tài xế xe, trình độ và chức năng nhiệm vụ lại có hạn nên nội dung sinh hoạt đảng rất đơn điệu, sinh hoạt chủ yếu phổ biến nghị quyết, chỉ thị, thông tin do cấp ủy cung cấp. Khi tiếp xúc với chủ doanh nghiệp, cấp ủy còn nhiều vướng mắc trong việc xây dựng các mối quan hệ công tác; vai trò tiền phong, gương mẫu của đội ngũ đảng viên chưa ngang tầm. Nhiều chi bộ sinh hoạt đảng không đều, lúng túng về nội dung, chất lượng và hiệu quả thấp, nhất là các tổ chức đảng trong doanh nghiệp liên doanh với nước ngoài và DNTN, doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài. Từ đó ảnh hưởng đến chất lượng công tác phát triển Đảng, gây nhiều khó khăn trong công tác từ khâu đào tạo nguồn, bồi dưỡng, theo dõi để phát triển.