Tuy có những ưu điểm như đã phân tích ở mục 2.2.2.1. nhưng thực trạng pháp luật CBCC ở nước ta hiện nay vẫn chưa thực sự đáp ứng được yêu cầu là cơ sở pháp lý vững chắc cho việc hình thành đội ngũ CBCC vững mạnh, cũng như cơ sở pháp lý bảo đảm cho hoạt động của đội ngũ CBCC và BMNN hướng tới tính hiệu lực, hiệu quả.
Hệ thống VBQPPL về CBCC chưa tạo được sự đồng bộ, còn nhiều chồng chéo thiếu sự thống nhất, các chế định chưa được lượng hoá cụ thể nên trong quá trình triển khai thực hiện còn nhiều vướng mắc, khó khăn tạo nên sự không nhất quán khi xem xét giải quyết.
Pháp lệnh CBCC 1998 dù đã được sửa đổi, bổ sung nhiều lần nhưng vẫn còn tản mạn, chắp vá cho nên vẫn còn nhiều hạn chế, bất cập thể hiện ở những điểm sau:
Một hạn chế dễ nhận thấy nhất là trong pháp lệnh và các nghị định, thông tư hướng dẫn thi hành chưa đưa ra được khái niệm chuẩn về "công chức" cho nên chưa có sự phân định rành mạch giữa đội ngũ công chức HCNN với tư cách là lực lượng thừa hành quyền lực nhà nước, hoạt động công vụ, có tính chuyên môn, thường xuyên liên tục và tương đối ổn định so với các đối tượng khác nên chưa xây dựng được một khung pháp lý riêng cho đội ngũ công chức này. Do đó, tính toàn diện của hệ thống VBQPPL về CBCC chưa được đáp ứng. Mặc dù, chúng ta có pháp lệnh CBCC nhưng còn thiếu các quy định về công vụ, thanh tra công vụ, quy chế hoạt động công vụ, đạo đức công vụ…Đây là các vấn đề mà các nước trên thế giới xây dựng từ lâu. Có thể khẳng định đây là một khiếm khuyết lớn trong xây dựng và hoàn thiện pháp luật CBCC đem đến hậu quả là hoạt động của CBCC chưa được đảm bảo về mặt pháp lý.
Trong một số lĩnh vực pháp luật CBCC còn thể hiện sự bất cập giữa các quy định của pháp luật với đòi hỏi của thực tế cuộc sống. Số lượng VBQPPL ban hành khá nhiều nhưng tính ổn định của các văn bản không cao, phải qua nhiều lần sửa đổi bổ sung nhưng vẫn chưa được coi là hoàn thiện. Có một số các quy định của pháp luật chưa đáp ứng được đòi hỏi của thực tế như: Các tiêu chuẩn chức danh công chức đã ban hành không còn phù hợp với sự thay đổi của công cuộc cải cách hành chính; quy chế thi nâng ngạch khó áp dụng đối với tất cả các trường hợp. Chế độ thi nâng ngạch cho CBCC trong thực tế áp dụng đối với nhiều đối tượng CBCC mà chưa tính hết các đặc điểm riêng của CBCC ở từng ngành và lĩnh vực khác nhau. Việc thi nâng ngạch không căn cứ vào nhu cầu, vị trí công tác mà chủ yếu là căn cứ vào thâm niên công tác dẫn tới một thực tế việc thi nâng ngạch thực chất là giải quyết vấn đề tiền lương. Cơ chế thi tuyển cũng chưa phát huy được tính tích cực trong việc lựa chọn nhân tài. Việc đánh giá CBCC chủ yếu bằng phưng pháp
nhận xét mang tính ước lệ bị chi phối bởi yếu tố tình cảm đã tỏ ra không còn phù hợp với tình hình thực tiễn hiện nay. Pháp lệnh CBCC đã qua hai lần sửa đổi bổ sung kèm theo đó là các nghị định, thông tư hướng dẫn thi hành nhưng vẫn còn một số các quy định chưa phù hợp cần phải tiếp tục hoàn thiện.
Các quy định về đại ngỗ CBCC còn nhiều bất hợp lý chưa trở thành động lực để khuyến khích đội ngũ CBCC, không có ý nghĩa là đòn bẩy kích thích CBCC tích cực làm việc, chưa bảo đảm tính cạnh tranh và thu hút. Chưa có các quy định cụ thể về chế độ chính sách nên rất chậm được điều chỉnh theo mức tăng của lạm phát và mức tăng của thu nhập xã hội. Hiện tượng "chảy máu chất xám" tại chỗ ở nước ta cho thấy sự chưa tương xứng giữa chính sách tiền lương và năng lực làm việc của một bộ phận CBCC. Cho nên, số CBCC nhảy ra khỏi khu vực nhà nước hoặc là vi phạm pháp luật, tham nhũng không phải là ít.
Trong thực hiện chính sách tiền lương chưa có sự kết hợp tốt giữa chính sách thưởng cho CBCC có thành tích xuất sắc hàng năm cũng như qua từng công vụ. ở các nước trên thế giới chính sách thưởng là động lực cạnh tranh, khuyến khích, thúc đẩy CBCC lao động và sáng tạo. Chính sách tiền lương của nước ta hiện nay chưa đạt mục tiêu: Lương thật sự là thu nhập chủ yếu, chính đáng của CBCC, phản ánh giá trị sức lao động của CBCC đủ để họ tái sản xuất sức lao động, yên tâm phục vụ; đồng thời để cho họ nâng cao tinh thần trách nhiệm và hiệu quả công tác, góp phần chống quan liêu, tham nhũng làm trong sạch BMNN.
Pháp luật CBCC hiện chưa có quy định về kiểm tra, thanh tra chuyên ngành, thường xuyên đối với hoạt động thực thi nhiệm vụ, công vụ của CBCC mà công tác này chủ yếu thuộc cơ quan và thủ trưởng cơ quan chủ quản. Điều này dẫn tới kết quả trong thực thi nhiệm vụ, công vụ của CBCC dễ bị buông xuôi một cách tuỳ tiện, làm giảm tính hiệu quả trong hoạt động của CBCC. Chương 5 Điều 33 Khoản 10 của pháp lệnh chỉ quy định chung chung về công tác thanh tra kiểm tra việc thi hành các quyết định của CBCC.
Trên đây là những hạn chế, tồn tại của pháp luật CBCC, là một trong những yếu tố làm giảm chất lượng của đội ngũ CBCC và làm giảm tính hiệu lực, hiệu quả trong hoạt động của BMNN.