1. Phương phỏp chọn mẫu:
Trong quỏ trỡnh thu thập bằng chứng kiểm toỏn, Kiểm toỏn viờn phải sử dụng khả năng xột đoỏn nghề nghiệp để đỏnh giỏ rủi ro kiểm toỏn và thiết kế cỏc thủ tục kiểm toỏn để đảm bảo rủi ro kiểm toỏn giảm xuống thấp đến mức cú thể chấp nhận được.Khi thiết kế cỏc thủ tục kiểm toỏn, kiểm toỏn viờn phải xỏc định cỏc phương phỏp thớch hợp để lựa chọn cỏc phần tử kiểm tra trong tổng thể. Cỏc phương phỏp cú thể được lựa chọn là:
a) Chọn toàn bộ (Kiểm tra 100%): Khi xỏc định dự ỏn cú nhiều rủi ro, cú dấu hiệu kiện tụng, tranh chấp, dự ỏn sai phạm nhiều thủ tục đầu tư, chất lượng cụng trỡnh yếu kộm hoặc do yờu cầu của Ban lónh đạo;
b) Chọn phần tử đặc biệt: Khi xỏc định dự ỏn ớt rủi ro, thực hiện nghiờm tỳc thủ tục đầu tư, dự ỏn cú nhiều hạng mục tương tự nhau... thỡ chỉ chọn cỏc phần việc cú giỏ trị lớn, cỏc hạng mục nghi ngờ cú rủi ro hoặc chọn bất kỳ;
c) Lấy mẫu thống kờ hoặc phi thống kờ: được ỏp dụng cho cỏc phần việc ớt cú khả năng sai sút hoặc phần việc tương tự nhau lặp đi lặp lại nhiều lần. Phương phỏp này hiệu quả kinh tế cao nhưng cũng dễ bị rủi ro kiểm toỏn.
2. Phương phỏp phõn tớch: phương phỏp này được thực hiện xuyờn suốt trong quỏ trỡnh kiểm toỏn từ khõu lập kế hoạch cho đến thực hiện kiểm toỏn và bỏo cỏo kiểm toỏn. toỏn từ khõu lập kế hoạch cho đến thực hiện kiểm toỏn và bỏo cỏo kiểm toỏn.
3. Phương phỏp kiểm tra, đối chiếu trực tiếp: Việc phõn tớch trong nhiều trường hợp khụng phản ỏnh được toàn bộ vấn đề do vậy trong quỏ trỡnh kiểm toỏn hoạt động xõy dựng cơ bản khụng thể thiếu việc ỏnh được toàn bộ vấn đề do vậy trong quỏ trỡnh kiểm toỏn hoạt động xõy dựng cơ bản khụng thể thiếu việc kiểm tra, đối chiếu trực tiếp. Việc này nhằm xem xột cụ thể nội dung của từng vấn đề. Kiểm tra cỏc tài liệu, chứng từ cần tập trung vào 3 vấn đề: về hỡnh thức, về nội dung và về thẩm quyền của người ký, người lập cỏc tài liệu chứng từ đú. Động tỏc đối chiếu được thực hiện nhằm kiểm tra xem cỏc số liệu, sự việc cú được cỏc cỏ nhõn, bộ phận khỏc nhau ghi chộp, theo dừi, bỏo cỏo đồng nhất hay khụng.