Đứng đầu Văn phòng Chính phủ là Bộ trưởng, Chủ nhiệm, dưới Bộ trưởng, Chủ nhiệm là các Phó Chủ nhiệm và các Vụ, Cục, đơn vị trực thuộc.
Vụ Theo dõi khiếu nại, tố cáo và Phòng, chống tham nhũng (gọi tắt Vụ I). Vụ Nội chính (gọi tắt là Vụ II).
Vụ Theo dõi phối hợp công tác giữa Chính phủ với Quốc hội, Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, cơ quan Trung ương các đoàn thể nhân dân và Chính quyền địa phương (gọi tắt là Vụ III). Vụ Tổng hợp. Vụ Tổ chức hành chính nhà nước và Công vụ. Vụ Pháp luật. Vụ Quan hệ quốc tế. Vụ Kinh tế ngành. Vụ Kinh tế tổng hợp. Vụ Khoa giáo - Văn xã. Vụ Đổi mới doanh nghiệp. Vụ Thư ký - Biên tập. Vụ Văn thư Hành chính. Vụ Tổ chức cán bộ. Vụ Kế hoạch tài chính. Cục Quản trị. Cục Hành chính - Quản trị II. Trung tâm Tin học.
25
Vụ Theo dõi khiếu nại, tố cáo và Phòng, chống tham nhũng ( gọi tắt là Vụ I có 03 phòng, Vụ Văn thư Hành chính (có 05 phòng), Vụ Tổ chức cán bộ (có 03 phòng),Vụ Kế hoạch tài chính (có 02 phòng). Cục Quản trị có 05 phòng, Cục Hành chính - Quản trị II đơn vị phía nam có 4 phòng
Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ trình Thủ tướng Chính phủ ban hành quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Cổng Thông tin điện tử Chính phủ và danh sách các đơn vị sự nghiệp thuộc Văn phòng Chính phủ.
Có thể chia các đơn vị trực thuộc Văn phòng Chính phủ nói trên thành 2 nhóm: nhóm tham mưu tổng hợp và nhóm công tác nội bộ. Cơ cấu tổ chức có sự khác biệt với cơ cấu tổ chức tại các Bộ, ngành, Văn phòng Chính phủ với chức năng tham mưu như đã nêu ở trên nên tài liệu hình thành trong hoạt động cũng có những điểm khác biệt so với các cơ quan, tổ chức khác.