Trong giai đoạn thực hiện Kế hoạch Dõn tộc thiểu số, tất cả cỏc nhúm dõn tộc cú liờn quan trong chương trỡnh sẽ cú quyền đưa khiếu nại trờn cơ sở phỏp luật Việt Nam về “Khiếu nại và tố cỏo” được Quốc Hội Việt Nam thụng qua năm 1998 và sửa đổi năm 2004. Cỏc thủ tục tố tụng như sau:
1. Quyền được khiếu nại về một quyết định hành chớ nh là 90 ngày kể từ ngày ban hành quyết định đú.
2. Nếu cỏc nhúm dõn tộc cú liờn quan trong chương trỡnh khụng đồng ý với bất kỳ quyết định nào trong việc thực hiện Kế hoạch Dõn tộc thiểu số cựng với Khung chớnh sỏch Dõn tộc thiểu số của chương trỡnh SEQAP, họ sẽ cú quyền được khiếu nại lờn ban giỏm hiệu trường hoặc UBND xĩ. Ban giỏm hiệu và UBND xĩ cú trỏch nhiệm cựng làm việc với cỏc cơ quan cú liờn quan để giải quyết khiếu nại trong vũng 30 đến 45 ngày tựy
theo mức độ phức tạp của vấn đề. Tại cỏc vựng xa xụi, hẻo lỏnh, khú đến giới hạn thời gian giải quyết khiếu nại khụng vượt quỏ 60 ngày.
3. Nếu người khiếu nại khụng đồng ý với quyết định của ban giỏm hiệu trường hay UBND xĩ, cú thể khiếu nại ra tũa ỏn hành chớnh dựa theo cỏc thủ tục tố tụng luật phỏp.
4. Nếu người khiếu nại khụng muốn xuất hiện trước Tũa, cú quyền khiếu nại lờn Phũng Giỏo dục trong thời gian 30 ngày kể từ ngày nhận được quyết định. Tại Phũng Giỏo dục, khiếu nại sẽ được giải quyết trong vũng 30 ngày kể từ ngày nhận được khiếu nại. Tại cỏc vựng xa xụi, hẻo lỏnh, khú đến giới hạn thời gian giải quyết khiếu nại cú thể lờn tới 45 ngày. 5. Nếu người khiếu nại khụng đồng ý với quyết định do Phũng Giỏo dục
đưa ra hay nếu Phũng Giỏo dục khụng hồi đỏp sau thời gian quy định, người khiếu nại cú quyền khiếu nại lờn Sở Giỏo dục. Sở Giỏo dục cú trỏch nhiệm giải quyết khiếu nại trong vũng 30 ngày. Tại cỏc vựng xa xụi, hẻo lỏnh, khú đến giới hạn thời gian giải quyết khiếu nại cú thể lờn tới 45 ngày.
6. Nếu người khiếu nại khụng đồng ý với quyết định do Sở Giỏo dục đưa ra, cú thể khiếu nại lờn Tũa ỏn Hành chớnh theo cỏc thủ tục phỏp luật. Tất cả cỏc tài liệu liờn quan đến khiếu nại và quyết định chớnh thức giải quyết khiếu nại sẽ được lưu giữ tại văn phũng trường. Người khiếu nại được miễn mọi chi phớ hành chớnh liờn quan đến khiếu nại và bồi thường.