+ Khu kinh tế mở là mô hình kinh tế mới, lần đầu tiên đợc thực hiện thí điểm ở Viêt nam, trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, trình độ chuyên môn nghiệp vụ và quản lý điều hành khu kinh tế cha đáp ứng, điều kiện
hạ tầng còn yếu kém, các yếu tố của kinh tế thị trờng còn trong tình trạng sơ khai. Nên các khó khăn phức tạp, những yếu kém tồn tại là điều khó có thể tránh khỏi.
+ Các bộ ngành TW cha thật sự vào cuộc, cha coi việc xây dựng khu kinh tế mở là của mình, mà đó là việc của địa phơng, Không những thế lại có mặt chủ quan là cho ra đời hàng loạt các khu kinh tế ven biển và cửa khẩu có cùng nội dung hoạt động tơng tự trong khi cha có tổng kết đánh giá về hoạt động của khu kinh tế, nhất là KKTM Chu Lai - khu kinh tế đợc hình thành đầu tiên ở Việt Nam vào năm 2003.
+ Nhiều chính sách, luật mới ban hành sau khi KKTM Chu Lai ra đời có nhiều tiến bộ hơn so với các quy định của Chính phủ về cơ chế u đãi cho khu kinh tế mở Chu Lai, làm cho cơ chế u đãi của Chu Lai không còn tính chất vợt trội nữa, nh các luật về thuế xuất nhập khẩu, luật thơng mại, luật hải quan, luật đất đai, đầu t, luật doanh nghiệp... Trong khi đó các quy định về u đãi đầu t tại Chu Lai lại đợc quy định bởi một quyết định cá biệt của Chính phủ nên gặp khó khăn trong việc áp dụng các quy định này, tồn tại này đến tháng 11-2006 mới đợc giải quyết bằng việc ban hành Quyết định số 253/QĐ-TTg ngày 6/11/2006 sửa đổi các quy định nói trên. Bên cạnh đó, các khu kinh tế ra đời sau khu kinh tế mở Chu Lai lại có lợi thế hơn do đợc quy định theo các luật này.
+ Định hớng phát triển khu kinh tế cha rõ, cha xác định đợc tiêu chí để xây dựng khu kinh tế:
Hiện nay nớc ta cha xây dựng đợc tiêu chí thành lập khu kinh tế. Vì vậy, khi thành lập khu KTM Chu Lai, từ khi có chủ trơng đến khi có quyết định thành lập phải mất đến gần 5 năm, làm mất đi nhiều cơ hội đầu t.
Đến nay vẫn cha có quy hoạch phát triển và phân bố các KKT trên phạm vi cả nớc, nên gây khó khăn trong việc định hớng đầu t và phát triển, đặc biệt là xác định nhiệm vụ chính cho từng khu kinh tế gắn với các điều kiện kinh tế- xã
hội và lợi thế riêng có của mình. Khu kinh tế Dung Quất mặt dù ra đời sau nhng đợc kế thừa và xây dựng trên nền tảng của khu công nghiệp lọc dầu Dung Quất nên thuận lợi trong phát triển. Trong khi đó KTTM Chu Lai khi thành lập,mục tiêu hàng đầu là áp dụng các cơ chế chính sách vợt trội và các mô hình động lực mới để thu hút đầu t, rút kinh nghiệm cho hội nhập. Nhng trên thực tế các u đãi đầu t ấy cha đợc triển khai bao nhiêu thì sự ra đời hàng loạt các khu kinh tế khác đã phủ định cơ chế u đãi đầu t vợt trội của KKTM Chu Lai.