Mặc dù công tác quản lý Nhà nớc đối với các doanh nghiệp Du lịch ( chủ yếu là doanh nghiệp khách sạn, doanh nghiệp lữ hành và vận chuyển khách du lịch) đã có nhiều cố gắng song vẫn còn một số hạn chế sau:
- Các văn bản quản lý Nhà nớc đối với hoạt động kinh doanh khách sạn cha phát huy đợc hết hiệu lực trong thực tế. Việc thực hiện các văn bản còn chậm chạp nhất là trong việc thực hiện Quyết định số 317/TTg của Thủ tớng Chính phủ về việc chuyển nhà khách, nhà nghỉ sang kinh doanh khách sạn. Trong trổng số 715 nhà khách, nhà nghỉ trên cả nớc, hiện nay đã có khoảng 496 nhà khách, nhà nghỉ của các Bộ, Ban, Ngành, Đoàn thể trung ơng, Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố đủ điều kiện chuyển sang kinh doanh khách sạn.
trong đó mới chỉ có 325 nhà khách, nhà nghỉ đã thành lập doanh nghiệp hoặc sát nhập vào kinh doanh và đã thực hiện bổ xung nghề kinh doanh khách sạn, còn lại 171 nhà khách, nhà nghỉ đã chuyển sang kinh doanh khách sạn nhng cha thành lập doanh nghiệp hoặc sát nhập vào doanh nghiệp. Nguyên nhân của tồn tại trên là do các Bộ các ngành không quan tâm đúng mức và không có sự chỉ đạo kiên quyết của Chính phủ.
- Chức năng quản lý Nhà nớc về khách sạn còn trồng chéo. Các khách sạn ngoài sự quản lý của Tổng cục du lịch còn phải chịu sự quản lý của nhiều cơ quan chức năng khác nh: Bộ Văn hóa- Thông tin, Bộ Nội vụ, Bộ Xây dựng, Bộ y tế Đặc biệt ở các địa ph… ơng việc phân công chức năng quản lý giữa sở Du lịch và các Sở quản lý chức năng khác cha tốt, nhất là công tác quản lý sự phát triển số lợng các khách sạn hiện nay. Việc cấp giấy phép xây dựng thuộc về Sở xây dựng nhng khi khách sạn xây dựng xong, chủ khách sạn mới đến đăng ký kinh doanh tại Sở du lịch. Do đó sở Du lịch không thể kiểm soát và điều tiết đợc sự phát triển về số lợng của khách sạn. Từ đó ảnh hởng đến hoạt động kinh doanh của các doanh nghiệp khách sạn do cung vợt quá cầu.
- Việc quản lý hoạt động kinh doanh của các khách sạn mới chỉ dừng lại ở việc xếp hạng các khách sạn du lịch. Nhà nớc cha có các chính sách vĩ mô điều tiết các hoạt động kinh doanh cụ thể ch quy định giá sàn cho từng loại khách sạn để tránh sự phá giá do cạnh tranh, gây ra lộn xộn trong kinh doanh - Đối với các doanh nghiệp kinh doanh lữ hành thì sự cạnh tranh giữa các doanh nghiệp trong nớc ngày càng gay gắt, thiếu lành mạnh, môi trờng kinh doanh lộn xộn. Điều này tạo điều kiện cho các hãng lữ hành nớc ngoài lợi dụng ép giá cũng nh can thiệp sâu hơn vào hoạt động của các doanh nghiệp Việt Nam.
- Tình trạng kinh doanh lữ hành trái phép, núp bóng, bán chức năng đang diễn ra ngày càng phức tạp. Một số doanh nghiệp lữ hành quốc tế tự ý hình thành nhiều trung tâm Du lịch mà không đợc phép của cơ quan Nhà nớc có
thẩm quyền, buông lỏng để các trung tâm này hoạt động trái pháp luật gây phá giá, trồn thuế, làm xáo trộn thị trờng du lịch, ảnh hởng nhiều tới hoạt động kinh doanh của các doanh nghiệp làm ăn nghiêm túc.
Nhiều doanh nghiệp lữ hành quốc tế còn thụ động, không chủ động vơn ra thị trờng nớc ngoài để tiếp cận mở rộng thị trờng và tìm kiếm nguồn khác hoạt động, đối tác. Vì vậy, hiệu quả kinh doanh của các doanh nghiệp này còn thấp.
Nguyên nhân là do công tác quản lý, kiểm tra kiểm soát của các cơ quan quản lý Nhà nớc về du lịch nói chung và về lữ hành nói riêng còn bị buông lỏng. Việc xử lý không nghiêm các vi phạm cũng đã tạo điều kiện cho một số doanh nghiệp kinh doanh lữ hành trái phép, coi thờng pháp luật, kỷ c- ơng. Việc áp dụng luật thuế VAT còn nhiều bất cập, một số thuế suất dịch vụ cha phù hợp, gây trở ngại cho các hoạt động của doanh nghiệp. Chính sách thuế, chính sách u đãi về vốn và đầu t đổi mới ngành du lịch còn ít đợc quan tâm. Chính sách tiền lơng còn bất cập, cha khuyến khích đợc các doanh nghiệp, tích luỹ vốn, đổi mới phơng tiện và công nghệ nâng cao đời sống cán bộ công nhân viên.