- Hiện nay, các DNSXDP có sử dụng kế toán máy vẫn sử dụng hệ thống các chứng từ do Bộ Tài Chính phát hành. Tuy nhiên, việc xây dựng các chứng từ hớng dẫn tùy thuộc điều kiện cụ thể của DN nên thiếu tính thống nhất chung trong hệ thống các DNSXDP.
- Việc tổ chức luân chuyển chứng từ qua nhiều khâu vừa mất thời gian, vừa dễ ách tắc và gây ra hiện tợng ghi sổ kế toán trùng lắp thông tin. Khi áp dụng kế toán máy, phải tổ chức lại quá trình luân chuyển chứng từ nhằm mục đích khử thông tin trùng lắp về một nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Việc khử trùng hiện nay ở các DN còn rất khác nhau và nói chung còn lúng túng, có DN thì khử trùng bằng phơng pháp thủ công, nghĩa là dùng con ngời để loại bỏ các chứng từ trùng nhau, chỉ giữ lấy một loại chứng từ để vào máy hoặc quy định với một loại chứng từ nào đó thì chỉ do một
bộ phận kế toán duy nhất nhập vào máy, còn các bộ phận khác thì không nhập. Bên cạnh đó, có những DN đã có kỹ thuật khử trùng tự động bằng chơng trình viết vào máy, tuy nhiên còn rất hạn chế, mà chủ yếu là ở khâu tổ chức mã hóa thông tin trớc khi nhập chứng từ.
- Việc xác lập các nội dung trên chứng từ cha phản ánh hết các yếu tố liên quan đến các nghiệp vụ kinh tế đã phát sinh. Mặt khác, việc lập chứng từ còn có hiện tợng ghi sót thông tin hoặc mã hóa thông tin trên chứng từ tùy tiện. Điều này là tối kỵ với việc xử lý chứng từ bằng kế toán máy bởi vì bản thân máy tính chỉ nhận dạng đối t- ợng qua các từ mã.