Thuế GTGT mang bản chất liên hoàn, vì vậy, thuế GTGT đã được nộp ở giai đoạn trước sẽ được khấu trừ ở giai đoạn sau thông qua cơ chế giá cả khi thực hiện hành vi mua bán trao đổi sản phẩm hàng hóa, dịch vụ. Việc khấu trừ thuế đã nộp ở giai đoạn trước được gọi là khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Thuế GTGT đầu vào là tổng số thuế GTGT trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế GTGT của hàng hóa nhập khẩu (Điều 10 Luật Thuế GTGT).
Về nguyên tắc, không phải mọi khoản thuế GTGT đầu vào đều được khấu trừ mà chỉ có thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT mới được khấu trừ. Nhưng pháp luật thuế GTGT hiện hành đang tồn tại nhiều qui định ngoại lệ trái nguyên tắc.
Một là, pháp luật cho phép đối với tài sản cố định sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì được khấu trừ toàn bộ. Qui định này xuất phát từ việc tài sản cố định là tài sản được sử dụng trong một thời gian dài, nếu phải phân bổ số thuế GTGT được khấu trừ và không được khấu trừ theo tỉ lệ doanh số bán ra của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế của một tháng thì cũng không phản ánh chính xác bao nhiêu phần trăm giá trị tài sản cố định đã sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và bao nhiêu phần trăm giá trị tài sản cố
định sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế vì doanh thu của hai loại sản phẩm ở các tháng là khác nhau. Còn nếu đợi đến hết thời gian sử dụng của tài sản mới được khấu trừ thì lại thiệt thòi cho người nộp thuế. Nhưng việc cho phép khấu trừ toàn bộ thuế GTGT của tài sản cố định dùng chung thể hiện sự thiếu công bằng so với các doanh nghiệp chỉ có hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế và cũng dẫn đến thực trạng để được tận dụng số thuế GTGT đầu vào nhiều doanh nghiệp chủ yếu là sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế, doanh thu cũng phần lớn là từ hoạt động này nhưng cố gắng sản xuất kinh doanh một ít sản phẩm chịu thuế bằng tài sản cố định dùng để sản xuất hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế.
Hai là, pháp luật qui định các hàng hóa, dịch vụ sau không thuộc diện
chịu thuế nhưng thuế GTGT đầu vào vẫn được khấu trừ, bao gồm:
- Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh mua vào để sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại.
Đây là hàng hóa thuộc diện không chịu thuế nên nếu không cho phép khấu trừ thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế. Nhưng do hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của các đơn vị sản xuất, kinh doanh phát sinh không thường xuyên nên việc hạch toán là rất khó khăn.
- Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí.
Việc cho phép khấu trừ trong trường hợp này là nhằm hỗ trợ chi phí cho các đơn vị có hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí.
Theo chúng tôi, dù vì lý do không tìm ra được cơ chế điều chỉnh thích hợp và thuận lợi hay vì mục tiêu chính trị - xã hội, các ngoại lệ này là
không nên có vì chúng phá vỡ tính chất của thuế GTGT và làm rối loạn các nguyên tắc.
Một vấn đề nữa đối với khấu trừ thuế GTGT là do Luật Thuế GTGT ở nước ta hiện nay xác định "đối tượng không thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng" quá rộng và dựa trên nhóm hàng và mục đích sử dụng để xác định nên phát sinh nhiều khó khăn trong quá trình thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Bởi lẽ nếu dựa trên tiêu chí mục đích sử dụng thì sẽ có nhiều mặt hàng có thể có những mục đích sử dụng khác nhau nên rất khó trong việc xác định có phải là đối tượng chịu thuế hay không.
Về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, pháp luật thuế GTGT hiện hành bổ sung thêm điều kiện đối với hàng hóa, dịch vụ từng lần theo hóa đơn từ hai mươi triệu đồng trở lên (theo giá đã có thuế GTGT) phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Đây là một qui định rất kịp thời của nhà nước nhằm góp phần thúc đẩy việc thanh toán không dùng tiền mặt, hạn chế việc mua bán hóa đơn khống và các gian lận trong các giao dịch kinh tế, tạo môi trường kinh doanh bình đẳng, lành mạnh. Tuy nhiên, do không qui định rõ thế nào là thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trong quá trình thực hiện đã nảy sinh nhiều vấn đề, gây khó khăn, phiền toái cho doanh nghiệp khi thực hiện các giao dịch kinh tế của mình, làm ảnh hưởng không nhỏ đến quá trình sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
Hiện nay, chỉ có Công văn số 10220/BTC-TCT của Bộ Tài chính giải thích về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT ngày 20/07/2009 (hơn 7 tháng sau khi các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT có hiệu lực). Theo đó, điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp
với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, thẻ ngân hàng và các hình thức thanh toán khác theo quy định. Chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán không được coi là chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Đối chiếu với pháp luật ngân hàng, theo qui định tại Quyết định số 1092/2002/QĐ-NHNN thì các dịch vụ thanh toán qua hệ thống ngân hàng bao gồm:
- Thanh toán bằng lệnh chi (hoặc ủy nhiệm chi); - Thanh toán bằng Séc;
- Thanh toán bằng nhờ thu hoặc ủy nhiệm thu; - Thanh toán bằng thẻ ngân hàng;
- Thanh toán bằng thư tín dụng;
- Các dịch vụ thanh toán trong nước khác theo qui định của pháp luật. Theo qui định tại Quyết định số 448/2000/QĐ-NHHH2 do Ngân hàng nhà nước ban hành ngày 20/10/2000 thì: Dịch vụ thanh toán qua Ngân hàng (gọi tắt là dịch vụ thanh toán ) là công việc do Ngân hàng thực hiện theo yêu cầu của khách hàng , nhằm phục vụ trực tiếp cho viê ̣c thanh toán và chuyển tiền của khách hàng qua Ngân hàng theo qui đi ̣nh hiê ̣n h ành của Ngân hàng Nhà nước.
Căn cứ các qui định trên thì việc doanh nghiệp thực hiện việc nộp tiền vào tài khoản của nhà cung cấp tại một ngân hàng cũng phải được hiểu là dịch vụ thanh toán qua ngân hàng và điều này là không hề vi phạm pháp luật vì đây là các dịch vụ mà các ngân hàng được phép thực hiện.
Như vậy, ngoài việc chưa qui định tại các văn bản qui phạm pháp luật thì việc giải thích bằng công văn của Bộ Tài chính cũng không có sự phù hợp với qui định của pháp luật ngân hàng.
Luật Thuế GTGT quy định thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung; thời gian để kê khai, bổ sung tối đa là sáu tháng, kể từ thời điểm phát sinh sai sót. Quy định này nhằm thúc đẩy các cơ sở kinh doanh kê khai nhanh chóng, kịp thời các hóa đơn, chứng từ đầu vào phát sinh. Nếu quá sáu tháng kể từ thời điểm phát sinh hóa đơn, chứng từ mà đơn vị chưa kê khai thì không được khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn, chứng từ này. Thực tế thì có nhiều trường hợp đơn vị kê khai chậm quá thời hạn quy định vì những nguyên nhân khách quan chứ không phải do cố ý như cán bộ kế toán kê khai thuế nghỉ ốm, nghỉ việc nhưng không bàn giao đầy đủ hóa đơn, chứng từ cho người làm thay nên việc kê khai thuế có trường hợp để sót; hóa đơn nộp cơ quan chức năng để đăng ký tài sản...Việc không cho khấu trừ đối với các trường hợp này thể hiện Luật Thuế GTGT hơi "khắt khe".
2.3.2.4. Hoàn thuế
Luật Thuế GTGT hiện hành qui định các trường hợp được hoàn thuế giá trị gia tăng gồm:
- Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được xét hoàn thuế nếu trong ba tháng liên tục trở lên có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đầu tư mới đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, trong thời gian ba tháng liên tục trở lên mà có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu trở lên thì được hoàn thuế.
- Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hóa xuất khẩu nếu có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu trở lên thì được hoàn thuế theo tháng.
- Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế khi chuyển đổi sở hữu, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế nộp thừa hoặc số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết;
- Quyết định hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo qui định của pháp luật và các trường hợp hoàn thuế theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
Qui định trên chưa thật sự chuẩn xác trong vấn đề xác định diện được hoàn thuế GTGT. Bởi lẽ, những sự kiện pháp lý làm phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT phải là những sự kiện mang tính chất khách quan mà cụ thể đó là hoạt động chuyển giao hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ. Vì vậy, những đối tượng được hoàn thuế GTGT phải là những đối tượng thực hiện các hoạt động chịu thuế GTGT tức phải thực hiện hoạt động chuyển giao hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ mà khi thực hiện những hoạt động này luôn có thuế đầu vào cao hơn thuế đầu ra. Còn những trường hợp cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi sáp nhập, hợp nhất, chia tách giải thể, phá sản có số thuế GTGT nộp thừa, hoặc trường hợp quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan thuế có thẩm quyền theo qui định của pháp luật không nằm trong diện hoàn thuế GTGT.
Qui định về hoàn thuế của pháp luật thuế GTGT hiện nay còn tồn tại việc mở rộng qui định của Thông tư so với Luật. Luật Thuế GTGT qui định 4 trường hợp như đã nêu trên nhưng Thông tư 129/2008/TT-BTC thêm vào 2 trường hợp:
1- Hoàn thuế GTGT đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo.
2- Đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo qui định của Pháp lệnh về Ưu đãi miền trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam
để sử dụng được hoàn thuế GTGT đã trả ghi trên hóa đơn GTGT hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế GTGT.
Việc thêm vào này là trái thẩm quyền một cách nghiêm trọng vì thông tư chỉ được hướng dẫn nghị định chứ tuyệt đối không được mở rộng diện hoàn thuế. Đây cũng là biểu hiện của hiện tượng các văn bản dưới luật hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT ngày càng xa bản thân Luật Thuế GTGT, làm biến dạng Luật Thuế GTGT và tạo điều kiện cho các hành vi gian lận trong hoàn thuế.