Ngày 3/9/1999, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã ban hành Nghị quyết số 90/NQ-UBTVQH10 về việc sửa đổi, bổ sung một số danh mục hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và thuế suất GTGT đối với một số hàng hóa, dịch vụ (có hiệu lực từ 1/10/1999) cụ thể như sau:
- Bổ sung vào diện không chịu thuế GTGT đối với: vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được, cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp; máy bay, dàn khoan, tàu thủy thuê của nước ngoài loại trong nước chưa sản xuất được dùng cho sản xuất, kinh doanh; nhập khẩu phim nhựa; nhập khẩu báo, tạp chí, bản tin chuyên ngành, sách chính trị, sách giáo khoa, giáo trình, sách văn bản pháp luật, sách in bằng tiếng dân tộc thiểu số; tranh, ảnh, áp phích tuyên truyền cổ động; hàng hóa bán cho tổ chức quốc tế, người nước ngoài để viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại cho Việt Nam;
- Chuyển các mặt hàng than đá, sản phẩm cơ khí (trừ sản phẩm cơ khí tiêu dùng), hóa chất cơ bản thuộc diện mức thuế suất 10% sang nhóm thuế suất 5%.
- Chuyển các dịch vụ khách sạn, du lịch, ăn uống thuộc nhóm thuế suất 20% sang nhóm thuế suất 10%.
2. Lần thứ 2
Ngày 27/10/2000, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã ban hành Nghị quyết số 240/NQ-UBTVQH10 về việc sửa đổi, bổ sung một số danh mục
hàng hóa , dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và thuế suất thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ (có hiệu lực 01/01/2000), cụ thể như sau:
- Bổ sung vào diện không chịu thuế GTGT đối với: thiết bị, máy móc, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng và vật tư cần nhập khẩu để tiến hành tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí mà trong nước chưa sản xuất được; dịch vụ tín dụng, quỹ đầu tư, hoạt động kinh doanh chứng khoán; quà biếu, quà tặng cho cá nhân ở Việt Nam theo mức quy định của chính phủ; hàng hóa, dịch vụ cung ứng trực tiếp cho vận tải quốc tế và các đối tượng tiêu dùng ngoài Việt Nam, trừ sửa chữa máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải cho nước ngoài và dịch vụ xuất khẩu lao động; chuyển giao công nghệ, phần mềm máy tính, trừ phần mềm máy tính xuất khẩu
- Bổ sung vào diện áp dụng mức thuế suất 0% đối với hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt xuất khẩu; phần mềm máy tính xuất khẩu; sửa chữa máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải cho nước ngoài và dịch vụ xuất khẩu lao động.
- Chuyển một số hàng hóa, dịch vụ áp dụng mức thuế suất 10% sang áp dụng mức thuế suất 5%, bao gồm: sản phẩm luyện, cán, kéo kim loại đen, kim loại màu, kim loại quý, trừ vàng nhập khẩu quy định tại khoản 24 Điều 4 của Luật Thuế GTGT; khuôn đúc các loại; dây cáp điện sử dụng cho điện áp từ 600V trở lên; máy vi tính, cụm linh kiện máy vi tính; vật liệu nổ; que hàn; đá mài; giấy in báo; bình bơm thuốc trừ sâu; mủ cao su sơ chế; ván ép nhân tạo; đất, đá, cát, sỏi; lốp và bộ săm lốp cỡ từ 900-20 trở lên; sản phẩm hóa dược, dược liệu là nguyên liệu sản xuất thuốc chữa bệnh, thuốc phòng bệnh; ống thủy tinh trung tính; chân giả, tay giả; nạng, xe lăn và dụng cụ chuyên dùng khác dùng cho người tàn tật; loại hàng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt ở khâu kinh doanh thương mại nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế; lưới, dây giềng và sợi để đan lưới đánh cá; xây dựng; lắp đặt; duy tu, sửa chữa, phục chế di tích lịch sử, văn hóa, bảo tàng, trừ hoạt động quy định tại khoản 15 Điều 4 của Luật Thuế GTGT; nạo vét luồng, lạch, cảng sông, cảng biển; hoạt động trục vớt, cứu hộ; vận tải, bốc xếp; sách thuộc đối tượng chịu thuế GTGT; băng, từ, đĩa đã ghi hoặc chưa ghi chương trình; phát hành và chiếu phim vi-đi-ô.
3. Lần thứ 3
Ngày 29/11/2001, Quốc hội khóa X, kỳ họp thứ 10 có nghị quyết số 50/2001/QH10 về Dự toán ngân sách Nhà nước năm 2002, trong đó có qui định về việc đổi danh mục hàng hóa không chịu thuế GTGT, thuế suất, khấu trừ và hoàn thuế GTGT (có hiệu lực 1/10/2002), cụ thể như sau:
- Bổ sung vào diện không chịu thuế GTGT đối với đồ dùng của người Việt Nam sống ở nước ngoài mang theo khi về nước; các dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại.
- Bổ sung vào diện thuế suất 0% đối với: hàng gia công xuất khẩu, hoạt động xây dựng, lắp đặt ở nước ngoài và cho doanh nghiệp chế xuất. Với điều kiện tiền hàng hóa, xuất khẩu phải thanh toán qua ngân hàng.
- Thống nhất một tỉ lệ chung về khấu trừ thuế GTGT đầu vào (1% trên doanh số mua vào) áp dụng đối với doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ mua hàng hóa, dịch vụ của cơ sở kinh doanh không có hóa đơn GTGT (trước đây có nhiều tỷ lệ khấu trừ khác nhau áp dụng đối với các đối tượng mua vào khác nhau)
- Bổ sung đối tượng được hoàn thuế GTGT đối với người được hưởng ưu đãi miến trừ ngoại giao theo quy định của Pháp lệnh về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn lại số thuế GTGT đã trả ghi trên hóa đơn GTGT.
4. Lần thứ 4
Ngày 28/11/2002 của Quốc hội khóa XI, kỳ họp thứ 2 đã ban hành Nghị quyết số 09/2002/QH11 về Dự toán ngân sách Nhà nước năm 2003 (có hiệu lực thi hành từ ngày 1/10/2003), trong đó có bãi bỏ việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo tỉ lệ (%) tính trên giá hàng hóa, dịch vụ mua vào do các cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ mua hàng hóa, dịch vụ từ các cơ sở kinh doanh không có hóa đơn GTGT.
5. Lần thứ 5
Quốc hội khóa XI kỳ họp thứ 3 (3/5/2003-18/6/2003) đã thông qua Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT (có hiệu lực từ 1/1/2004) với những nội dung sửa đổi chủ yếu là:
- Bổ sung vào diện không chịu thuế GTGT đối vơi: vận tải quốc tế, dịch vụ tái bảo hiểm ra nước ngoài, sản phẩm là bộ phận nhân tạo của người dùng cho người bệnh, nạng, xe lăn và dụng cụ dành cho người tàn tật.
- Chuyển từ diện không chịu thuế sang diện chịu thuế GTGT với thuế suất 10% đối với: hàng hóa, dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt ở khâu chịu thuế tiêu thụ đặc biệt; in báo, tạp chí, sách giáo khoa, sách băn bản pháp luật, tranh áp phích tuyên truyền sang nhóm hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT với thuế suất 10%.
- Chuyển mặt hàng đường từ diện áp dụng chịu thuế 10% sang diện áp dụng thuế suất 5%. Nâng thuế suất của các mặt hàng dây cáp điện dùng cho điện áp 600V trở lên, que hàn, xây dựng, lắp đặt từ 5% lên 10%.
- Bổ sung điều kiện về hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu; bổ sung các quy định về quản lý hóa đơn, chứng từ làm căn cứ trong khấu trừ, hoàn thuế.
- Bỏ mức thuế suất 20% và chuyển các hàng hóa, dịch vụ đang áp dụng mức thuế suất 20% sang diện áp dụng thuế suất 10%.
- Bỏ quy định về thông báo nộp thuế của cơ quan thuế đối với đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
- Xóa bỏ quy định về miễn, giảm thuế GTGT đối với cơ sở sản xuất, xây dựng trong 3 năm đầu do áp dụng mức thuế suất GTGT mà bị lỗ.
- Bỏ quy định thẩm quyền của UBTVQH sửa đổi danh mục hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT và thuế suất thuế GTGT.
6. Lần thứ 6
Ngày 29/11/2005, Quốc hội khóa XI kỳ họp thứ 8 đã thông qua Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuê tiêu thụ đặc biệt và Luật Thuế GTGT (có hiệu lực từ ngày 1/1/2006) nhằm điều chỉnh 2 quy định chưa phù hợp với nguyên tắc đối xử quốc gia để phục vụ đàm phán gia nhập Tổ chức Thương mại Thế giới. Nội dung sửa đổi là: bổ sung sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu nhập khẩu vào diện không chịu thuế GTGT; thống nhất mức thuế suất (5%) áp dụng đối với bông sơ chế, không phân biệt bông sơ chế từ bông trồng trong nước và bông sơ chế nhập khẩu.
7. Lần thứ 7
Ngày 3/6/2008, Luật Thuế GTGT đã được Quốc hội Quốc hội khóa XII, kỳ họp thứ 3 thông qua và có hiệu lực áp dụng từ ngày 1/1/2009. Điểm mới cơ bản của Luật Thuế GTGT 2008 so với trước đây là thu hẹp diện đối tượng không chịu thuế và diện áp dụng thuế suất 5%, bổ sung qui định điều kiện khấu trừ đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên phải thanh toán qua ngân hàng, bỏ các phần qui định liên quan đến quản lý thuế.