Trường hợp quyết toán thuế khi sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể phá sản có số thuế nộp thừa nên chuyển sang qui định về quyết toán thuế. Điều này vừa mang tính logic vừa phù hợp với bản chất của vấn đề, bởi không phải khi doanh nghiệp được nhà nước trả lại một khoản tiền nhất định thì đều được xếp vào diện hoàn thuế. Trường hợp đối tượng nộp thuế là tổ chức, đơn vị sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản có số thuế GTGT nộp thừa thì cơ quan thuế thực hiện việc thoái thu khi quyết toán thuế và được qui định trong các điều luật về quyết toán thuế mà không nên nằm trong điều khoản về hoàn thuế. Thoái thu thuế khác biệt với hoàn thuế về bản chất, cơ sở pháp lý đồng thời thoái thu khi quyết toán thuế là hiện tượng bình thường trong bất kỳ sắc thuế nào khi số tiền tạm nộp lớn hơn số tiền phải nộp sau khi quyết toán thuế hoặc khi có sự nhầm lẫn.
Trường hợp hoàn thuế theo quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền theo qui định của pháp luật cần đưa ra khỏi diện được hoàn thuế GTGT. Bởi quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan thuế có thẩm quyền là một quyết định quản lý hành chính nhà nước - quyết định này không phải là sự kiện pháp lý làm phát sinh quyền hoàn thuế GTGT; thứ nữa với qui định này dễ dẫn đến tình trạng tùy tiện không đảm bảo nguyên tắc pháp chế trong hoàn thuế.
Những trường hợp hoàn thuế đối với các dự án sử dụng nguồn vốn ODA, các tổ chức sử dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của tổ chức cá nhân nước ngoài để mua hàng hóa dịch vụ tại Việt Nam cũng nên đưa ra khỏi diện được hoàn thuế bởi chế định hoàn thuế trong thuế GTGT không kiêm nhiệm chức năng thực hiện chính sách xã hội, chức năng này được thực hiện thông qua các qui định về thuế suất và các hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT.