Để tránh các trường hợp bất lợi khi áp dụng pháp luật thuế GTGT, cần quy định một số khái niệm tại Luật Thuế GTGT chứ không giao cho Chính phủ hướng dẫn tại nghị định, như các khái niệm sau: Khoáng sản chưa qua chế biến, thanh toán qua ngân hàng...
Trong thực tế đã xảy ra vụ án hành chính về hoàn thuế GTGT đối với hoạt động xuất khẩu quặng sắt, xuất phát từ việc Luật Thuế GTGT không quy định rõ các khái niệm.
Nội dung vụ án như sau:
Công ty TNHH Thương mại Quốc tế (Hải Phòng) thực hiện mua quặng sắt đã qua chế biến nâng cao hàm lượng đạt tiêu chuẩn xuất khẩu (hàm lượng sắt 54%) của Công ty TNHH khai khoáng Bắc Kạn, sau đó xuất khẩu quặng cho Công ty TNHH thương mại Kỳ Duyên, Trung Quốc. Công ty TNHH Thương mại Quốc tế đề nghị hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa là quặng sắt xuất khẩu.
- Điều 4, Luật Thuế GTGT quy định:
+ Đối tượng không chịu thuế bao gồm: Một số sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên khoáng sản khai thác chưa qua chế biến do Chính phủ quy định cụ thể.
+ Hàng hóa, dịch vụ không thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều này không được khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào, trừ trường hợp được áp dụng mức thuế suất 0% quy định tại khoản 1 Điều 8 của Luật này.
+ Sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên khoáng sản khai thác chưa qua chế biến do Chính phủ quy định không được áp dụng thuế suất 0%.
- Thực hiện quyền hướng dẫn Luật do Quốc hội giao, Chính phủ đã có quy định:
Đối tượng thuộc diện không chịu thuế GTGT, bao gồm:
Sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác quy định cụ thể dưới đây:
- Dầu thô;
- Đá phiến, cát, đất hiếm; - Đá quý;
- Quặng măng - gan, quặng thiếc, quặng sắt, quặng crôm-mit, quặng êmênhít, quặng a-pa-tit.
Căn cứ các quy định trên, Cục thuế Thành phố Hải phòng không hoàn thuế đối với trường hợp của Công ty TNHH Thương mại Quốc tế. Công ty đã kiện ra Tòa án Thành phố Hải Phòng. Tại Bản án sơ thẩm số 02/2009/HCST ngày 24/9/2009, Tòa án nhân dân Thành phố Hải Phòng xác định sản phẩm quặng sắt đã qua làm giàu nâng cao hàm lượng là khoáng sản đã qua chế biến, tuyên xử Công ty TNHH Thương mại Quốc tế thắng kiện, được hoàn thuế GTGT đầu vào của quặng sắt xuất khẩu. Căn cứ Tòa án đưa ra là:
- Luật Thuế GTGT quy định: Sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên khoáng sản khai thác chưa qua chế biến là đối tượng không chịu thuế GTGT
- Luật Khoáng sản quy định: Chế biến khoáng sản là hoạt động phân loại, làm giàu khoáng sản, hoạt động khác nhằm làm tăng giá trị khoáng sản đã khai thác.
Như vậy, Tòa án không xem xét đến quy định của Nghị định là sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên khoáng sản phải chế biến thành sản phẩm khác mới được áp dụng thuế suất 0% khi xuất khẩu mà chỉ căn cứ vào Luật Khoáng sản quy định về chế biến khoáng sản để xác định khoáng sản nào được coi là đã qua chế biến.