Một là, về tốc độ tăng trưởng, hiện nay cách hiểu của chúng ta về GDP còn khá đơn giản, chỉ quan tâm đến con số ngày càng tăng nhưng lại chưa chú ý đầy đủ đến cái quyết định cho cuộc sống tốt đẹp phải là chất lượng của con số đó. Lượng cao là tốt, Hồng Kông, Đài Loan, Hàn Quốc, Singapore trước đây
liên tục tăng trưởng 10%, nhưng sẽ là tốt hơn nếu mức tăng trưởng cao đó không gây ra nhiều vấn đề xã hội và môi trường.
Thời gian qua, tốc độ tăng trưởng kinh tế của chúng ta năm sau cao hơn năm trước, đạt 7-8%/năm. Tuy nhiên, nếu tính chất lượng như công bằng trong phân phối lợi ích tăng trưởng thì lại có vấn đề. Nó không đều nên dẫn đến chênh lệch thu nhập thấp: chênh lệch giữa mức sống thành thị và nông thôn, giữa các vùng miền gia tăng. Thực tế, tốc độ tăng trưởng của vùng, từng ngành thì cao nhưng ở nơi khác lại thấp. Nên chất lượng tăng trưởng còn ở chỗ ngoài tăng thu chung cho nền kinh tế, thì thu nhập của người dân cũng phải tăng. Vấn đề thứ ba của chất lượng tăng trưởng là cơ cấu kinh tế, bao gồm cơ cấu ngành và cơ cấu lao động.
Chuyển dịch cơ cấu kinh tế còn chậm, hiệu quả thấp. Công nghiệp hoá, hiện đại hoá nông nghiệp và nông thôn triển khai chậm, còn lúng tong, thiếu tính bền vững; tỷ trọng công nghiệp gia tăng, lắp ráp còn lớn, tốc độ đổi mới công nghệ còn chậm. Chất lượng tăng trưởng còn nằm ở giá trị công nghệ mới. Ấn Độ có 4% GDP do công nghệ cao tạo ra, trong khi đó ở nước ta chưa đầy 1%. Điều này cho thấy sự phát triển của nước ta chưa tốt.
Hai là, chính sách thuế còn thiếu ổn định, còn nhiều điểm chưa phù hợp với thông lệ quốc tế, bảo hộ sản xuất thông qua thuế chưa hợp lý, còn lồng ghép nhiều chính sách xã hội nên đã ảnh hưởng tới hoạt động huy động vốn cho tăng trưởng kinh tế.
Hệ thống thuế giai đoạn 2001-2005 tuy đã có những cải cách mạnh song chưa bao quát được các khoản thu nhập từ đất đai, chuyển nhượng cổ phần, lãi cho vay vốn…, chưa có thuế bảo vệ môi trường để điều tiết các đối tượng gây ô nhiễm. Chính sách thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt còn nặng về bảo hộ sản xuất, bảo hộ trên diện rộng nên chưa tạo được áp lực nâng cao cạnh tranh. Thêm vào đó còn lồng ghép nhiều chính sách xã hội nên làm giảm tính hiệu quả của chính sách thuế. Cụ thể, trong Luật thuế tiêu thụ đặc biệt còn có nhiều điểm thể hiện sự bất bình đẳng, thể hiện ở thuế suất đánh vào ô tô, thuốc lá điếu, bia, rượu
và giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt. Ô tô sản xuất trong nước có thuế suất thấp hơn khá nhiều so với xe nhập khẩu. Ô tô sản xuất trong nước từ 5 chỗ trở xuống là 40%, xe từ 6 đến 15 chỗ là 25% và xe từ 16 đến 24 chỗ là 12,5%, trong khi đó xe nhập khẩu phải chịu mức thuế tương ứng là 80%, 50% và 30%. Tình trạng tương tự cũng xảy ra với mặt hàng rượu, hay như giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt rượu, bia sản xuất trong nước được trừ vỏ chai khi tính thuế, nhưng sản phẩm tương tự nhập khẩu thì không được đối xử như vậy.
Mặt khác, do nội dung các sắc thuế còn khá phức tạp, năng lực trình độ quản lý thuế còn hạn chế nên đã ảnh hưởng đến hoạt động thu thuế. Việc thanh tra, kiểm tra thuế chưa dựa trên cơ sở phân loại đối tượng đối tượng nộp theo mức độ tuân thủ pháp luật. Chính những nguyên nhân này đã đang tạo ra những lỗ hổng trong quản lý, gây thất thoát nguồn thu cho NSNN, ảnh hưởng tới số thu vào NSNN.
Ba là, tính bao cấp trong ngân sách chưa được xoá bỏ triệt để; chi tiêu hành chính còn lãng phí, thiếu hiệu quả. Tình trạng chi tiêu lãng phí, vượt định mức khá phổ biến, đặc biệt là các khoản chi hành chính, tiếp khách, hội nghi, mua xe ô tô, điện thoại, xây trụ sở, mua và lắp đặt điều hoà…. Các thủ tục hành chính trong chi tiêu ngân sách vẫn chậm được cải tiến, quy trình còn phức tạp, rườm rà. Các định mức chi tiêu vẫn trong tình trạng thiếu, không đồng bộ và không phù hợp với thực tiễn. Việc triển khai thực hiện nhiệm vụ chi ngân sách, giao kế hoạch của nhiều bộ, ngành và địa phương cho các đơn vị cơ sở còn chậm,
Một vấn đề quan trọng cần phải đề cập ở đây đó chính là hiệu quả của chi đầu tư không cao. Như chúng ta đã biết, nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản đóng góp rất lớn vào tốc độ tăng trưởng nhưng tình trạng thất thoát vốn xảy ra ngày càng nhiều, mặc dù vậy những công trình này vẫn được tính vào GDP. Ở đây chúng ta phải tính đến chất lượng của nguồn vốn đầu tư. Có cái chúng ta làm sai và bị thất thoát, song có những cái làm thật, tiêu tiền thật nhưng làm xong lại hỏng. Điều này đã tạo ra một vấn đề mới, đó là tăng trưởng thì có
nhưng tiền có được từ tăng trưởng lại đem đầu tư không hiệu quả thì sẽ không tạo được tiền đề cho sự tăng trưởng mạnh hơn, như tượng đài Điện Biên vừa xây xong đã hỏng, năm sau lại bỏ tiền vào xây. Vậy cái khoản sửa chữa hỏng hóc đó cũng được tính vào tăng GDP nhưng thực chất nó không có đóng góp gì. Hay như kế hoạch phát triển đàn bò sữa của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn (MARD) thu hút sự tham gia của hơn một nửa số tỉnh thành trong cả nước gần như bị phá sản. Cũng như nhiều chương trình khác, chủ trương phát triển ngành bò sữa không sai nhưng chính cách thực hiện ồ ạt theo kiểu phong trào đã khiến các chương trình bị thất bại. Cách đây mấy năm, khi ngành dầu khí triển khai một dự án trị giá hàng trăm triệu đô la Mỹ ở Cà Mau, đến khi bắt tay vào xây dựng người ta mới phát hiện nhiều nội dung trong báo cáo địa chất và đánh giá tác động của môi trường đã được sao chép từ một dự án khác ở Bà Rịa-Vũng Tàu. Điều đáng nói ở đây là kinh nghiệm thất bại thì không thiếu nhưng dường như không ai chịu học. Đã đến lúc chúng ta phải xem xét lại vấn đề quản lý và sử dụng vốn đầu tư từ NSNN.
Bốn là, nợ tiềm ẩn quốc gia vẫn còn là thách thức lớn, công tác quản lý nợ nước ngoài còn nhiều bất cập. Mặc dù chỉ số nợ chính thức nằm trong các giới hạn an toàn nhưng nợ tiềm ẩn của Nhà nước là một vấn đề không nhỏ. Các nghĩa vụ nợ của Quỹ hỗ trợ đầu tư phát triển cũng cần được tính đến vì quy mô, tính chất và đặc biệt là chất lượng tín dụng của Quỹ. Quản lý nợ nước ngoài còn phân tán ở các cơ quan khác nhau, hệ thống thông tin báo cáo giữa các cơ quan tổng hợp hoặc từ các dự án cho các cơ quan tổng hợp còn không kịp thời, không đầy đủ và không chính xác; chưa xây dựng được cơ chế giám sát, phân tích rủi ro để đảm bảo an toàn và bền vững về nợ nước ngoài của quốc gia.