Để đưa toàn bộ các gen của genome vào một thư viện, trước hết genome phải được cắt bởi enzyme hạn chế thànhcác đoạn DNAcó kích thướcthích hợp tùy thuộc vào loại vector nhận chúng. Genomic DNA thường được cắt bằng enzymehạn chế có trình tựnhận biết 4 bp, ví dụ nhưMboI nhận biếttrình tự5’-GATC-3’. Tuy nhiên, khôngphải dễ dàng thu được một gen nguyênvẹn nằm trên một
đoạn DNA. Trong thực tế, một gen thường bị cắt thành nhiều đoạn DNA do vị trí nhận biết của enzyme nằm ngay trong gen.
Hình 5.1. Xây dựng thư viện genomic DNA. Các giai đoạn trong xây dựng thư viện DNA trong vector bacteriophage l . a, b, c và d trình bày sự khác nhau (nhưng chồng lên nhau) của các đoạn DNA trong genome, được hợp nhất trong các vector riêng rẽ và đại diện như là các dòng riêng biệt trong một thư viện.
Thông thường, mộtphảnứng cắt từng phần genomic DNA được tiến hành bằngcáchdùng một lượng tối thiểu enzyme và ủtrong một thời gian ngắn sao chomọivị trí nhận biết khôngbị cắt đồng thời . Do các vị trícắt được phân bố ngẫu nhiên nên một gen vẫn có thể được bảo toàn nguyênvẹn ngay khinóchứa vị trí nhận biết trong gen.DNA sau đó được phân đoạn và chỉ có các đoạncó kích thước nằm trongphạm vi mong muốn được chọn lọc.Các đoạn DNA được đưa vào vectorthích hợp. Tập hợp các vector chứa các đoạn genomic DNA tạo thành thư viện genomic DNA. Mỗi đoạn DNA chứa trong vectorcủa thư viện được gọilà mộtdòng (clone). Tùy thuộc vào kích thướccủa các đoạn DNA mà chọn vector là phage (có thể chứa đoạn DNA dài từ 15-23 kb), cosmid (45 kb) hay BAC (>100 kb).
Cóthể sử dụng DNA tách từ các mô khác nhau đểxây dựng thư viện genomic DNA. Các thư
viện genomic DNA của một cơ thể chỉ chứa các đoạn DNA dài ngắn khác nhau nhưng thông tin di
truyền không thay đổi. Ngược lại, thư viện cDNA được xây dựng từ các mRNA. Trong cơ thể có
những genchỉ hoạt động trong nhữngloại tế bào nhất định, do đógiữa các môkhác nhau cóthể thu
được các phân tửmRNAkhác nhau. Vìvậy, một cơ thể cónhiều thư viện cDNAkhác nhau đặc trưng
cho từngloại tổchức chuyênhóa (xem chương 6).