Trường hợp sử dụng vector mang gen ngoại lai là bacteriophageλ hoặc cosmid để xây dựng thư
viện genome, thì thể tái tổ hợp trần (naked recombinant) của các loại vector này không thể chuyển vào trong vi khuẩn được. Do đó, người ta cần phải đóng gói in vitro DNA của chúng trong một đầu rỗng
của phage λ , rồi sau đó mới cho chúng xâm nhiễm vào các tế bào vi khuẩn.
của phage λ ở hai đầu 5’ và 3’ của các vector tái tổ hợp để đóng gói chúng khi có mặt các đầu rỗng của phage và các protein đóng gói. Phương thức này đòi hỏi các phân tử vector tái tổ hợp phải có chiều dài ít nhất là 38 kb và không được lớn hơn 52 kb. Các đầu phage được đóng gói sẽ hoàn thiện trong các
tiểu thể phage xâm nhiễm in vitro khi có mặt các sản phẩm của các gen W và FII, và các đuôi của
phage. Tất cả protein cần thiết cho đóng gói có thể thu được từ các chủng E. coli BHB2688 và
BHB2690. Các hỗn hợp đóng gói chỉ cần chuẩn bị một lần và có thể bảo quản ở-80oC.
Tùy thuộc vào loại vector mà có thể dùng một lượng thích hợp chủng E. coli cho việc xâm
nhiễm. Các chủng này được cho “đói” (starve) trước khi sử dụng, hoặc bằng cách sinh trưởng trên môi
trường tối thiểu và sau đó xử lý với dung dịch CaCl2 0,1 M, hoặc bằng cách rửa trong dung dịchCaCl2 0,1 M sau khi nhân lên trong môi trường LB1. Phương thức xử lý này cảm ứng sự tổng hợp các λ
receptor (protein lamB) trên bề mặt tế bào và tăng đáng kể sự hấp thụ phage vào các tế bào E. coli. Các
tiểu thể phage xâm nhiễm, thu được khi có mặt các protein phage và các hợp phần của đuôi phage, sẽ được dùng để xâm nhiễm các vi khuẩn mẫn cảm (susceptible bacteria). Các dòng tái tổ hợp được chọn
lọc trên cơ sở tính kháng kháng sinh của chúng và sau đó có thể được khuếch đại tiếp.
Sự xâm nhiễm được thực hiện bằng cách ủ hỗn hợp các tiểu thể phage xâm nhiễm thu được sau khi đóng góiin vitro các phân tử DNA tái tổ hợp với các tế bào mẫn cảm (sensitive cell) của vi khuẩn được tiền xử lý. Tiếp theo bước này là khuếch đại thư viện sau khi đã chuẩn độ (titration) các thể tái tổ
hợp.
Thư viện gen sau khi được xây dựng có thể bảo quản trong một vài năm dưới dạng dịch huyền
phùở 4oC, hoặc lâu hơn trong dung dịch stock có bổ sung glycerol (khoảng 30%) ở-80oC.