L ời cam đoan
4.1.3 Xây dựng mối tương quan di truyền giữa các chủng vi khuẩn đông tụ
dựa trên trình tự 16S rRNA và định danh vi khuẩn đông tụ
Sản phẩm PCR được điện di trên agarose nồng độ 0,8%, kết quả chọn được
32 chủng phân lập đều có band tại vị trí 1.500 bp ở cặp mồi 8F và 1492R, khi so sánh với thang chuẩn DNA là 100 bp plus (Hình 4.4).
Hình 4.4: Phổ điện di sản phẩm PCR, 18 chủng vi khuẩn trên gel agarose 0,8%
Ghi chú: (0) thang chuẩn 100 bp plus, (1) TG09,(2) BL01,(3) CM03, (4) CT03, (5) HG10, (6) LA04,(7) ST02, (8) CM01, (9) VL01, (10) TV06, (11) VL05, (12) KG05, (13) AG07,(14) AG08,
(15) BT05, (ĐC) đối chứng âm, (16) DT07, (17) BT02, (18) TG02 - Chụp gel ngày: 31/01/2013
1.500 bp
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 ĐC 0 16 17 18
Trong số 32 sản phẩm PCR sau khi giải trình tự DNA, chọn được 18 trình tự
chuỗi nucleotide có tần số bit ổn định lớn hơn 1.000 nucleotide (Bảng 4.3) gồm các
chủng TG02, TG09 (tỉnh Tiền Giang), BL01 (tỉnh Bạc Liêu), CM01, CM03 (tỉnh Cà Mau), CT03 (thành phố Cần Thơ), HG10 (tỉnh Hậu Giang), LA04 (tỉnh Long An),
ST02 (tỉnh Sóc Trăng), VL01, VL05 (tỉnh Vĩnh Long), TV06 (tỉnh Trà Vinh), KG05 (tỉnh Kiên Giang), AG07, AG08 (tỉnh An Giang), BT02, BT05 (tỉnh Bến Tre), DT07
(tỉnh Đồng Tháp). Kết quả Blast N cho thấy, trình tự chuỗi 16S rRNA của 18 chủng vi
khuẩn đông tụ có tỷ lệ tương đồng cao với các trình tự chuỗi 16S rRNA của vi khuẩn
có trong Genbank. Từ 18 trình tự chuỗi nuclotide của chủng vi khuẩn đông tụ đã chọn được 36 trình tự chuỗi nuclotide của vi khuẩn trong Genbank có tỷ lệ tương đồng
>97% (mỗi chủng vi khuẩn đông tụ, chọn hai chủng vi khuẩn trong Genbank) điều
này cho thấy 54 trình tự chuỗi 16S rRNA có mối quan hệ loài gần gũi nhau. Theo
Rowland và Taber (1996), khi công cụ Blast N so sánh cặp đoạn gen 16S rRNA với đoạn gen 16S rRNA có trong Genbank. Nếu tỷ lệ tương đồng trên 99% có thể kết luận
rằng hai trình tự chuỗi 16S rRNA của hai chủng được so sánh thuộc về cùng một loài, tỷ lệ tương đồng từ 97% đến 99% thì hai chủng được so sánh là cùng một giống hoặc
cùng một họ và nếu tỷ lệ tương đồng của trình tự chuỗi 16S rRNA của hai chủng so
sánh nhỏ hơn 97% thì các chủng thuộc về hai loài khác nhau.
Cây phát sinh loài (Hình 4.5) thể hiện mối tương quan di truyền được xây dựng
dựa trên 54 trình tự 16S rRNA của vi khuẩn bằng chương trình MEGA 5.2 dạng
Neighbor-joining 1000 lần lặp lại (bootstrap). Kết quả cho thấy 54 chủng vi khuẩn có trong cây phát sinh loài rất đa dạng về chủng loài nhưng phần lớn thuộc lớp Bacilli, họ
Bacillaceae, chi Bacillus gồm các chủng: Bacillus aryabhattai, Bacillus megaterium, Bacillus subtilis, Bacillus cereus, Bacillus thuringiensis, Bacillus sp.. Ngoài ra, trong cây phát sinh loài còn hiện diện các chi Serratia, Stenotrophomonas, Enterobacter, Pasteurella thuộc lớp Gammaproteobacteria, họ Enterobacteriaceae. Cây phát sinh loài phân ra 2 nhánh lớn (cluster) tạm gọi nhánh A và nhánh B mỗi nhánh lớn có
nhiều nhánh nhỏ hơn: nhánh A1 có 24 chủng, trong đó có 07 chủng vi khuẩn đông tụ: CM01, LA04, TG02, HG10, TV06, AG07, ST02 có quan hệ gần gũi với vi khuẩn
thuộc lớp bacilli, chi Bacillus gồm các chủng Bacillus megaterium, Bacillus aryabhattai, Bacillus subtilis; nhánh A2 có 15 chủng vi khuẩn trong đó có 06 chủng
vi khuẩn đông tụ: DT07, CM03, CT03, TG09, BT05 và AG08, có 05 chủng có mối
quan hệ gần gũi với lớp bacilli, chi Bacillus gồm các chủng Bacillus megaterium, Bacillus aryabhattai, Bacillus cereus và Bacillus sp., chỉ có 01 chủng DT07 quan hệ
gần gũi với lớp Gammaproteobacteria thuộc chi Enterobacter; nhánh B1 có 7 chủng, trong đó có 2 chủng vi khuẩn đông tụ là KG05 và BL01; nhánh B2 có 8 chủng, trong
đó có 3 chủng vi khuẩn đông tụ là VL01, VL05 và BT02 cả hai nhánh B1 và B2 các chủng vi khuẩn phân lập đều có quan hệ gần gũi với lớp bacilli, chi Bacillus gồm các chủng Bacillus cereus, Bacillus thuringiensis, Bacillus sp., Bacillus megaterium.
Bảng 4.3: Kết quả mối tương quan trình tự 16S rRNA 18 chủng vi khuẩn đông tụ với các chủng vi khuẩn có trong NCBI
Các chủng vi khuẩn phân lập Chiều dài (bp)
Đại diện loài có quan hệ gần gũi Mã số
Tỷ lệ tương đồng
(%)
KG05 1408 Bacillus cereus strain YAP6
Bacillus thuringiensis strain ASK13
JX203254 KC527056
99 99 VL05 1192 Bacillus aryabhattai strain +Y49
Bacillus megaterium strain IARI-BC-13
JX094945 JX312585
98 98 VL01 1238 Bacillus subtilis strain B7
Bacillus thuringiensis strain B62
JQ086378 JX010983
99 99 ST02 1390 Bacillus aryabhattai strain ST1C
Bacillus megaterium strain KUDC1728
JX524506 KC414707
99 98 TG09 1346 Bacillus megaterium strain CCMM B583
Bacillus aryabhattai strain MDSR14
JN208059 JF792521
99 99 BL01 1426 Bacillus megaterium strain SigaKolBm1
Bacillus aryabhattai strain ITBHU02
JX987047 JQ673559
98 98 CM03 1271 Bacillus megaterium strain KU1
Pasteurellapneumotropica strain ZFJ-3
JF683607 EU931558
98 98 CT03 1420 Bacillus megaterium strain KUDC1728
Bacillus aryabhattai strain ST1C
KC414707 JX524506
99 99 HG10 1408 Bacillus megaterium strain SZ-3
Bacillus aryabhattai strain KT10-17
HM061611 JF460759
99 99 LA04 1383 Bacillus megaterium strain ASNF3
Bacillus megaterium strain OsR-3
KC527057 JF894162
98 98 CM01 1302 Bacillus megaterium strain SigaKolBm7
Bacillus megaterium strain PXL-1
JX987050 JQ956520
99 99 TV06 1297 Bacillus megaterium strain LFS23
Bacillus aryabhattai strain KIIT BE1
JF682064 KC610087
99 99 AG07 1203 Bacillus sp. 385
Bacillus cereus strain SP31
JQ599065 JX317637
99 99 AG08 1027 Bacillus sp. HM03
Bacillus cereus strain C1E4
JN811624 JX501679
99 99 BT05 1029 Bacillus sp. HM03
Bacillus cereus strain C1E4
JN811624 JX501679
98 98 DT07 1343 Enterobacter hormaechei strain RB3
Enterobacter sp. BOD-2
KC431781 JN565979
99 99 BT02 1179 Serratia liquefaciens strain 2-3
Serratia sp. clone CTL-78 GU586145 JQ798996 99 99 TG02 1418 Stenotrophomonas sp.P9
Stenotrophomonas maltophilia strain YPA 1
GU113079 JQ308611
99 98
JQ956520_Bacillus_megaterium_strain_PXL-1 GU113079_Stenotrophomonas_sp._P9 JQ308611_Stenotrophomonas_maltophilia_strain_YPA_1-1 JQ086378_Bacillus_subtilis_strain_(CHINA) CM.01 LA.04 KC527057_Bacillus_megaterium_strain_ASNF3 JF894162_Bacillus_megaterium_strain_OsR-3 TG.02 JF460759_Bacillus_aryabhattai_strain_Kt10-17 JX094945_Bacillus_aryabhattai_strain_+Y49 HG.10 HM061611_Bacillus_megaterium_strain_SZ-3 GU586145_Serratia_liquefaciens_strain_2-3 TV.06 JF682064_Bacillus_megaterium_strain_LFS23 JF792521_Bacillus_aryabhattai_strain_MDSR14 KC610087_Bacillus_aryabhattai_strain_KIIT_BE1 AG.07 ST.02 JX524506_Bacillus_aryabhattai_strain_ST1C(2) KC414707_Bacillus_megaterium_strain_KUDC1728(2) JQ798996_Serratia_sp._clone_CTL-78 JN208059_Bacillus_megaterium_strain_CCMM_B583 DT.07 KC431781_Enterobacter_hormaechei_strain_RB3 JN565979_Enterobacter_sp._BOD-2 JQ673559_Bacillus_aryabhattai_strain_ITBHU02 CT.03 KC414707_Bacillus_megaterium_strain_KUDC1728 JX524506_Bacillus_aryabhattai_strain_ST1C JX317637_Bacillus_cereus_strain_SP31 CM.03 TG.09 BT.05 AG.08 JQ599065_Bacillus_sp._385 JX501679_Bacillus_cereus_strain_C1E4 JX501679_Bacillus_cereus_strain_C1E4(2) KC527056_Bacillus_thuringiensis_strain_ASK13 JX203254_Bacillus_cereus_strain_YAP6 KG.05 EU931558_Pasteurella_pneumotropica_strain_ZFJ-3 JX312585_Bacillus_megaterium_strain_IARI-BC-13 JX010983_Bacillus_thuringiensis_strain_B62 BL.01 JN811624_Bacillus_sp._HM03 JN811624_Bacillus_sp._HM03(2) VL.05 JF683607_Bacillus_megaterium_strain_KU1 VL.01 BT.02 JX987047_Bacillus_megaterium_strain_SigaKolBm1 JX987050_Bacillus_megaterium_strain_SigaKolBm7 100 99 99 65 100 69 100 99 99 100 99 97 98 95 98 99 99 98 99 99 20 18 52 11 98 70 99 99 99 65 40 47 31 32 25 21 11 6 13 17 2 9 1 2 1 0 0 4 1 0 0 5
Hình 4.5: Cây phát sinh loài của 18 chủng vi khuẩn đông tụ với 36 chủng vi khuẩn trong ngân hàng dữ liệu NCBI
(A1) có 07 chủng VK phân lập đều có quan hệ gần gũi với chi Bacillus (A2) có 06 chủng VK phân lập có quan hệ gần gũi với (05 chủng Bacillus; 01 chủng Enterobacter) (B1) có 02 chủng VK phân lập đều có quan hệ gần gũi với chi Bacillus (B2) có 03 chủng VK phân lập đều có quan hệ gần gũi với chi Bacillus B2 B1 A2 A1 A B
Từ kết quả Bảng 4.3 và Hình 4.5 làm cơ sở để phân loại các chủng vi khuẩn đông tụ phân lập trong nước thải chăn nuôi heo sau biogas ở vùng ĐBSCL bằng phương pháp sinh học phân tử. Kết quả cho thấy, trình tự đoạn gen 16S rRNA của
các chủng vi khuẩn đông tụ phần lớn có mối tương quan gần gũi với trình tự đoạn
gen 16S rRNA của vi khuẩn thuộc chi Bacillus. Từ đó định danhđược 18 chủng vi
khuẩn đông tụ trong nước thải chăn nuôi heo sau biogas ở vùng ĐBSCL là:
Bacillus cereus KG05, Bacillus cereus CM03, Bacillus thuringiensis BL01, Bacillus
megaterium BT02, Bacillus megaterium VL01, Bacillus megaterium CT03, Bacillus
megaterium AG07, Bacillus megaterium LA04, Bacillus megaterium TV06,
Bacillus megaterium HG10, Bacillus subtilis CM01, Bacillus aryabhattai TG02,
Bacillus aryabhattai ST02, Bacillus sp. VL05, Bacillus sp. TG09, Bacillus sp. AG08, Bacillus sp. BT05, Enterobacter DT07. Các trình tự gen 16S rRNA của 18
chủng vi khuẩn đông tụ cũng được xây dựng cây phát sinh loài, tương quan di truyền đặc trưng của các chủng vi khuẩn đông tụ trong nước thải chăn nuôi heo ở ĐBSCL (Hình 4.6). Bacillus_cereus_KG.05 Bacillus_thuringiensis_BL.01 Bacillus_megaterium_BT.02 Bacillus_megaterium_VL.01 Bacillus_sp._VL.05 Enterobacter_sp._DT.07 Bacillus_cereus_CM.03 Bacillus_megaterium_CT.03 Bacillus_sp._TG.09 Bacillus_sp._AG.08 Bacillus_sp._BT.05 Bacillus_megaterium_AG.07 Bacillus_aryabhattai_ST.02 Bacillus_megaterium_LA.04 Bacillus_megaterium_TV.06 Bacillus_megaterium_HG.10 Bacillus_subtilis_CM.01 Bacillus_aryabhattai_TG.02 100 100 99 93 82 64 31 37 26 42 27 16 21 9 7 0.2
Hình 4.6: Cây phát sinh loài dựa trên trình tự 16S rRNA của 18 chủng vi khuẩn đông tụ
Cây phát sinh loài (Hình 4.6) thể hiện mối tương quan di truyền được xây
dựng dựa trên trình tự 16S rRNA của 18 chủng vi khuẩn đông tụ ở ĐBSCL, bằng
B2 B1
A2 A1
chương trình MEGA 5.2 dạng Neighbor-joining 1.000 lần lặp lại (bootstrap). Kết
quả cho thấy, 18 chủng vi khuẩn đông tụ bản địa cũng phân thành 2 nhánh lớn và nhiều nhánh nhỏ bao gồm các chủng: 01 chủng B.subtilis (5,6%) là B. subtilis
CM01; 01 chủng B. thuringiensis (5,6%) là B. thuringiensis BL01; 02 chủng
B. aryabhattai (11,1%) là B. aryabhattai ST02, B. aryabhattai TG02; 02 chủng B. cereus (11,1%) là B. cereus KG05, B. cereus CM03; 04 chủng Bacillus sp.
(22,2%) là Bacillus sp. TG09, Bacillus sp. BT05, Bacillus sp. AG08, Bacillus sp. VL05; 07 chủng B. megaterium (38,8%) là B. megaterium BT02, B. megaterium
VL01, B. megaterium CT03, B. megaterium AG07, B. megaterium LA04,
B. megaterium TV06, B. megaterium HG10 và một chủng Enterobacter sp. DT07 (5,6%) thuộc lớp Gammaproteobacteria. Như vậy, các chủng vi khuẩn đông tụ
phân lập được trong nước thải chăn nuôi heo sau biogas ở khu vực ĐBSCL thuộc
chi Bacillus và chi Enterobacter. Trong đó chi Bacillus chiếm ưu thế hơn gồm
17/18 chủng, chiếm 94%, chỉ có 01 chủng thuộc chi Enterobacter chiếm 6% (Hình 4.7A). Vi khuẩn đông tụ còn có đặc tính hiếu khí, thích nghi nhiệt độ từ 30 – 34 oC phù hợp với khí hậu vùng ĐBSCL, với những đặc trưng này giúp các chủng vi
khuẩn hoạt động tối ưu trong môi trường để tham gia vào quá trình làm sạch nước
thải, kết quả nghiên cứu phù hợp với kết quả của Lương Đức Phẩm (2009) cho rằng có nhiều chủng vi khuẩn chi Bacillus tham gia vào quá trình hình thành màng sinh học, hay bùn hoạt tính để thực hiện quá trình xử lý nước thải.
Khi phân loại các chủng vi khuẩn theo vùng sinh thái nước ngọt và nuớc mặn
trong khu vực ĐBSCL kết quả cho thấy, sự phân bố vi khuẩn đông tụ thích nghi vùng sinh thái nước mặn chiếm 56% (10/18 chủng) gồm các loài B. aryabhattai,
B. subtilis, B. megaterium, B. cereus, B. thuringiensis và Bacillus sp., thuộc các
tỉnh Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre, Tiền Giang và Kiên Giang.
Ở vùng sinh thái nước ngọt vi khuẩn đông tụ chiếm 44%, gồm các loài
B. megaterium; B. cereus, Bacillus sp.; và Enterobacter thuộc các tỉnh/thành Hậu
Giang, Cần Thơ, Vĩnh Long, An Giang, Đồng Tháp, và Long An (Hình 4.7B).
Hình 4.7: Vi khuẩn đông tụ trong nước thải chăn nuôi sau biogas ở ĐBSCL
(A) phân theo chủng loài, (B) phân theo vùng sinh thái
Tuy nhiên, vi khuẩn đông tụ còn thích nghi trong môi trường nước lợ là nơi
tiếp giáp giữa các vùng sinh thái nước ngọt và mặn. Như vậy, môi trường nước
ngọt, mặn hay lợ vi khuẩn đông tụ đều thích nghi tồn tại trong môi trường sống,
đặc biệt rất đa dạng về loài. Kết quả cho thấy tương đồng với kết quả Cao Ngọc Điệp (2012) nghiên cứu về vi sinh môi trường xử lý nước thải.
Kết quả nhuộm bào tử 18 chủng vi khuẩn đông tụ cho thấy, 17/18 chủng có
tạo bào tử, được biểu hiện bắt màu xanh của thuốc nhuộm Malachite Green và thành tế bào vi khuẩn bắt màu hồng của Safranin (Bảng 4.4 và Hình 4.8A). Kết
quả phân tích còn cho thấy thời gian nuôi vi khuẩn càng lâu thì bào tử hình thành càng nhiều. Các chủng vi khuẩn đông tụ cũng được kiểm tra khả năng sản sinh
catalase, kết quả cho thấy 17/18 chủng vi khuẩn đông tụ dương tính với catalase
biểu hiện sủi bọt khí với H2O2 ở nồng độ 3% (Bảng 4.4 và Hình 4.8B). Kết quả này tương đồng với kết quả của Banwart (2000), đặc trưng của vi khuẩn chi
Bacillus ngoài những đặc điểm cơ bản biểu hiện ở khóa phân loại của Bergey là hình que, Gram dương, hiếu khí và tạo bào tử, vi khuẩn Bacillus còn biểu hiện dương tính với catalase.
Bảng 4.4: Đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa 18 chủng vi khuẩn đông tụ
STT vi khuẩn Chủng Hình dạng Chuyển động Hiếu khí Nhuộm Gram Bào tử Catalase
1 KG05 / + + + + + 2 BL01 / + + + + + 3 BT02 / + + + + + 4 VL01 / + + + + + 5 VL05 / + + + + + 6 DT07 / + + - - - 7 CM03 / + + + + + 8 CT03 / + + + + + 9 TG09 / + + + + + 10 AG08 / + + + + + 11 BT05 / + + + + + 12 AG07 / + + + + + 13 ST02 / + + + + + 14 LA04 / + + + + + 15 TG06 / + + + + + 16 HG10 / + + + + + 17 CM01 / + + + + + 18 TG02 / + + + + +
Ghi chú: (/) hình que; (+): chuyển động; hiếu khí; Gram dương; tạo bào tử, catalase dương
Hình 4.8: Đặc điểm sinh hóa của chủng vi khuẩn đông tụ KG05
(A) nhuộm bào tử; (B) phản ứng dương tính với catalase – Ngày chụp hình:15/11/2014
Từ kết quả nghiên cứu về hình thái, sinh lý, sinh hóa và sinh học phân tử cho thấy, 18 chủng vi khuẩn đông tụ phân lập trong nước thải trại chăn nuôi heo sau
biogas ở ĐBSCL, hầu hết các chủng vi khuẩn có đặc tính di truyền tương đồng nhau, trong đó có 17 chủng thuộc chi Bacillus và duy nhất 01 chủng Enterobacter
sp. DT07. Tuy nhiên, do tính đặc trưng của vi khuẩn là luôn biến đổi cấu trúc di
truyền để thích nghi cao với sự thay đổi điều kiện của môi trường sống, đây là yếu
tố tác động làm cho các chủng vi khuẩn đông tụ trong cộng đồng vi khuẩn ngày
càng được đa dạng hơn về loài. Trong có 17 chủng vi khuẩn thuộc chi Bacillus đã
định danh được bao gồm 6 loài khác nhau thích nghi với từng môi trường sống
khác nhau trong mỗi vùng sinh thái khác nhau (Hình 4.9). Đây yếu tố đặc trưng
của vi khuẩn đông tụ giúp chúng thích nghi, tồn tại được với môi trường sống đặc trưng ở vùng ĐBSCL.
40%
12%
6% 6% 12%
24%
Bacillus aryabhattai Bacillus cereus Bacillus megaterium Bacillus sp. Bacillus subtilis Bacillus thuringiensis
Hình 4.9: Đa dạng loài các chủng vi khuẩn đông tụ trong chi Bacillus
Kết quả phân tích sự đa dạng trình tự chuỗi nucleotide của 18 chủng vi khuẩn đông tụ bản địa dựa trên chỉ số Pi = 0,10971; Theta =115,713±33,642 và Haplotype = 14, cho thấy hệ gen của 18 chủng vi khuẩn đông tụ có tính đa hình về
trình tự nucleotide (Hình 4.10, PL.4). Bacillus cereus KG05 A B Bào tử Thành tế bào dinh dưỡng
Hình 4.10: Đa dạng trình tự chuỗi nucleotide của 18 chủng vi khuẩn đông tụ
[A]: Đa dạng nucleotide trên trình tự chuỗi (Pi); [B]: Đa dạng trình tự chuỗi nucleotide (Theta)
Kết quả nghiên cứu thể hiện trên cây phả hệ (Hình 4.5 và 4.6) cho thấy đặc
tính di truyền của 18 chủng vi khuẩn đông tụ bản địa có quan hệ rất gần gũi nhau
thể hiện qua trình tự nucleotide của chúng đều gần gũi với chi Bacillus (17/18 chủng). Tuy nhiên, do tính thích nghi cao với môi trường sống của vi khuẩn tác động cũng ảnh hưởng đến đặc tính di truyền của vi khuẩn. Do vậy, mặc dù các chủng vi khuẩn đông tụ có quan hệ gần gũi cùng loài, khi phân loại đến mức dưới
loài thấy rằng, vị trí nucleotide của các trình tự chuỗi cần so sánh vẫn có sự khác
nhau tại ít nhất một vị trí nucleotide trên trình tự chuỗi cần so sánh. Hình 4.10 cho thấy hệ gen của 18 chủng vi khuẩn này rất đa dạng, các điểm khác nhau trên mỗi
trình tự chuỗi được thể hiện trên đoạn gen từ vị trí nucleotide thứ 60 − 1.097, tỷ lệ
khác biệt dao động từ 4,7 – 18,3%. Theo Truong Trong Ngon et al. (2012), trích từ
Halushka et al. (1999) các trình tự chuỗi nucleotide cần so sánh thể hiện tính đa
dạng khi chỉ số Theta >100. Kết quả nghiên cứu cho thấy chỉ số Theta = 115,713,
giá trị đa hình nucleotide thay đổi ở 37 đoạn nucleotide. Đoạn thứ nhất bắt đầu thay đổi ở vị trí nucleotide 1 – 134, đoạn thứ 37 thay đổi ở vị trí nucleotide 970 – 1503. Tại đoạn nucleotide thứ 33 (861 – 969) có giá trị Theta và Pi thấp nhất là Theta = 0,04652, Pi = 0,04307 ở vị trí nucleotide thứ 912, đoạn này có 16 vị trí nucleotide thay đổi (chỉ số S) và đoạn nucleotide thứ tư (110 – 218) có giá trị
Theta và Pi cao nhất là Theta = 0,18316, Pi = 0,20105 tại vị trí nucleotide thứ
159, đoạn này có 63 vị trí nucleotide (S). Các chủng vi khuẩn đông tụ phân lập được phần lớn (94,4%) thuộc chi Bacillus. Nhưng trình tự chuỗi nucleotide của 18
chủng vi khuẩn đông tụ có vị trí các nucleotide khác nhau khá cao ở 37 đoạn, các
vị trí thay đổi trên mỗi đoạn dao động từ 16 – 63 vị trí (Bảng 4.5) nên tạo được sự đa dạng ở các nhánh khác nhau trên cây phả hệ (Hình 4.5 và 4.6). Tính đa dạng
trình tự chuỗi nucleotide tỷ lệ thuận với tính thích nghi với môi trường sống của vi