Cốt truyện đóng vai trò quan trọng trong việc cấu thành tác phẩm. Tác phẩm Nguyễn Nhật Ánh là những câu chuyện được tạo nên từ kí ức và hoài nhớ nên cốt truyện cũng có những nét riêng so với truyền thống. Cốt truyện giản dị, lỏng lẻo được ghép từ các mảnh nhỏ, nghiêng về tâm trạng, cùng sự hiện hữu giấc mơ.
Theo Từ điển thuật ngữ văn học, cốt truyện “là hệ thống sự kiện cụ thể, được tổ chức theo yêu cầu tư tưởng và nghệ thuật nhất định, tạo thành bộ phận cơ bản, quan trọng nhất trong hình thức động của tác phẩm văn học thuộc thể loại tự sự và kịch” [; 99]. Cốt truyện đi theo quá trình diễn biến:
trình bày, khai đoan, phát triển, đỉnh điểm và kết thúc. Nó luôn là mối quan tâm hàng đầu của nhà văn, được coi như “xương sống”, lõi diễn biến của truyện, định hướng người đọc. Các tác phẩm tự sự đều được triển khai trên cơ sở của cốt truyện. Người kể chuyện dựa vào cốt truyện để kể, thông qua đó bộc lộ nội dung tư tưởng chủ đề của tác phẩm.
Cốt truyện là vấn đề có tính lịch sử trong quá trình phát triển của văn học. Nó đóng vai trò quan trọng trong nhiều tác phẩm của văn xuôi hiện thực 1930 -1945 như: Tắt đèn (Ngô Tất Tố), Bỉ vỏ (Nguyên Hồng), Bước đường cùng (Nguyễn Công Hoan)... Đến Nam Cao, cốt truyện đã chú ý nhiều đến miêu tả tâm lý. Và ở Thạch Lam, tác phẩm phá vỡ cốt truyện truyền thống, trở thành truyện không có cốt truyện. Sáng tác văn học 1945 – 1975, dưới ảnh hưởng của cái nhìn thế sự thường đi sâu vào xung đột mang tính đối kháng: ta – địch, thiện – ác, cốt truyện do đó đi theo mô thức trần thuật của “đại tự sự”. Là cây bút sáng tác sau năm 1975, Nguyễn Nhật Ánh nghiêng hẳn về góc nhìn đời tư, được thể hiện trực tiếp qua đề tài viết cho thiếu nhi. Bởi vậy, truyện của anh không đi vào xung động thời đại mà là những câu chuyện về cái bình thường, nhỏ nhặt như học hành, vui chơi của trẻ thơ hay những rung động mơ hồ của tuổi học trò.
Nếu trong sáng tác viết cho trẻ thơ như bộ Kính vạn hoa, Nguyễn Nhật Ánh dụng công xây dựng những cốt truyện hấp dẫn, giàu kịch tính, có khi là “giả trinh thám” thì với viết cho tuổi mới lớn dựa trên hồi ức làm chất liệu, anh hướng tới những cốt truyện giàu tâm trạng hơn là cốt truyện li kì. Có thể thấy điều này qua các tác phẩm như: Hạ đỏ, Mắt biếc, Đi qua hoa cúc, Còn chút gì để nhớ,...
Trong sáng tác viết cho tuổi mới lớn, sự kiện vẫn đóng một vai trò quan trọng, song cốt truyện lại lỏng lẻo hơn. Cốt truyện triển khai theo diễn trình truyền thống, có khai đoạn, diễn biến và kết thúc. Tuy nhiên, với sự kiện được
tạo dựng từ hồi ức, việc kể mang tính chủ quan, phụ thuộc vào diễn biến tâm lí nhân vật theo trật tự thời gian tuyến tính, hoặc có sự đan xen giữa thời gian quá khứ và hiện tại, dựa trên cơ chế tâm lí của hồi tưởng. Cốt truyện do đó hấp dẫn bởi sự kiện hành động có sức căng, nhưng được kéo giãn khi có sự xuất hiện yếu tố tâm lí nhân vật. Sự kiện trong Mắt biếc, Đi qua hoa cúc,… tuy vẫn được kể theo trình tự tuyến tính nhưng dòng hồi ức, nội tâm nhân vật đóng vai trò chủ yếu, tạo nên sự giãn lỏng của cốt truyện được kể, đậm màu sắc chủ quan của người kể. Cuộc đời Ngạn đồng thời là người kể chuyện hiện lên qua những sự kiện được sắp xếp theo mạch trình tự tuyến tính, từ khi còn nhỏ với ngày đầu học lớp thầy Phu, cho đến khi lớn lên, trở lại làng dạy học. Thực chất, những sự kiện được kết nối không phải theo trật tự khách quan – trình tự thời gian mà dựa theo mạch hồi ức của nội tâm nhân vật. Người kể chuyện chỉ kể những sự kiện mang dấu ấn mạnh mẽ đối với tuổi thơ. Chẳng hạn, hồi nhỏ xíu là sự kiện về việc bị ba đánh đòn, những lần được bà nội che chở, hay đan xen câu chuyện về chợ Đo Đo; lớn lên đi học lớp thầy Phu là sự kiện lần đầu gặp Hà Lan, đánh nhau với Hòa bị thầy phạt. Câu chuyện được kể theo mạch thời gian tuyến tính trong Mắt biếc dựa trên yếu tố chủ quan, tâm trạng của nhân vật đối với mỗi cảnh huống. Trừ chương một, tất cả các sự kiện trong tác phẩm đều gắn với Hà Lan, được nối kết và quay xung quanh trục tình yêu đầu dang dở của Ngạn đối với cô bé.
Những truyện có sự kiện hấp dẫn như Hạ đỏ, yếu tố tâm lí vẫn là nòng cốt chi phối đến việc kể và phát triển mạch truyện. Tác phẩm là xúc cảm của Chương trước những cuộc chơi ở mùa hè quê ngoại với đủ các trò tinh quái (ăn trộm xoài, chia phe cánh đánh nhau giữa con trai hai xóm) cho đến dạy học cho chị em Út Thêm và nảy nở mối tình đầu đời. Những sự kiện bất ngờ diễn ra với nhịp độ nhanh, tạo nên sức hấp dẫn và lôi cuốn cho câu chuyện. Từng lớp sự kiện được đan cài, chồng xếp lên nhau theo trật tự thời gian với
những bước ngoặt bất ngờ: Chương thích Út Thêm, trong khi em trai Út Thêm – Dư lại là "địch thủ" của cậu trong những cuộc chia phe cánh đánh nhau giữa hai xóm. Quan hệ rắc rối này tạo ra bước chuyển làm thay đổi thái độ của các nhân vật... Nhưng mạch chủ đạo của truyện vẫn là tình cảm của Chương dành cho Út Thêm. Sự kiện bị chi phối bởi tâm trạng nhân vật. Diễn biến tâm lí của Chương vừa kết nối các mảng sự kiện theo chủ quan, vừa tạo nên độ giãn cho các sự kiện.
Do được xây dựng từ chất liệu hồi ức, các sự kiện có thể đan cài và phối kết phụ thuộc vào chủ quan tâm lí nhân vật. Không ít lần Ngạn trong
Mắt biếc đã đan xen trong mạch kể về quá khứ tâm trạng nuối tiếc, day dứt ở hiện tại như việc bà nội tiên liệu về cuộc đời khổ đau của Hà Lan sau này. Cốt truyện trở nên lỏng lẻo trong kết nối do có sự căng trùng hay co kéo sự kiện từ cách kể mang yếu tố tâm lí chủ quan. Sự nới lỏng cốt truyện này không phá vỡ mô hình cốt truyện với tiến trình diễn biến của sự kiện theo tính truyền thống, đảm bảo được sự đơn giản, không cầu kì trong cách kể, phù hợp với độc giả nhỏ - đối tượng chính nhà văn hướng đến.
Như vậy, trong sáng tác của Nguyễn Nhật Ánh có sự nới lỏng của cốt truyện bởi sự chi phối của tâm lí nhân vật đối với các sự kiện được kể trên chất liệu hồi ức. Cốt truyện được nới lỏng tạo nên sự giãn trùng cần thiết, tạo nên sự đa dạng trong cách kể, phù hợp với cơ chế hồi tưởng trong truyện kể.
Một dạng thức khác trong cốt truyện của các sáng tác Nguyễn Nhật Ánh là sự nối ghép của các mảnh hồi ức. Với cơ chế thông thường, con người chỉ lưu giữ lại những sự kiện quan trọng, ấn tượng và có ý nghĩa đối với cuộc đời mình. Do đó, hồi ức tồn tại dưới dạng thể những mảnh vỡ, rời rạc và hồi tưởng là sự gắn kết các sự kiện có ý nghĩa đó. Được xây dựng từ hồi ức, nhiều sáng tác của Nguyễn Nhật Ánh xét về tổng thể sắp xếp theo trình tự tuyến tính nhưng giữa các sự kiện riêng biệt lại không có sự kết nối chặt chẽ như: Cho tôi xin một vé đi tuổi thơ, Tôi thấy hoa vàng trên cỏ xanh…
Trong cốt truyện được ghép nối từ những mảnh hồi ức, các sự kiện hầu hết đã được lược bỏ tính chất trật tự thời gian, nên có thể đảo xếp, đan cài, mối quan hệ giữa các sự kiện được nới lỏng. Những mảnh hồi ức được kết nối tạo nên cốt truyện cho tác phẩm trong Cho tôi xin một vé đi tuổi thơ là những câu chuyện rời theo từng chương đoạn. Trừ chương một có vai trò khai mở cho cảnh huống về cuộc sống nhàm chán và nguyên nhân cho những ý tưởng "cải tạo" thế giới của các bạn nhỏ, các chương còn lại của tác phẩm đều là những phần rời rạc, mảnh vỡ của kỉ niệm hồi tám tuổi với các trò chơi riêng lẻ. Chẳng hạn, hồi ức về cuộc vui đóng vai ba mẹ ở chương hai, đặt tên cho thế giới trong chương ba, lập trang trại chó hoang ở chương mười một,… Các chương đoạn ngoài chương mười, nhân vật Tủn chuyển nhà và câu chuyện về trang trại chó hoang vắng bóng nhân vật này, các chương còn lại đều có thể coi như những mảnh rời, không có sự gắn kết chặt chẽ về mặt thời gian giữa các sự kiện. Tính chất về mặt trước sau của thời gian đã được lược bỏ, thay vào đó là sự kiện mang tính tức thời. Kết tạo từ những mảnh ghép riêng lẻ nên có thể chắp nối, sắp xếp đảo vị trí các sự kiện mà không làm thay đổi nội dung tổng thể của cốt truyện. Tác phẩm còn có sự đan cài của câu chuyện hiện tại với hình ảnh của cu Mùi trong hiện tại đã trở thành một nhà văn, Tí sún là hiệu trưởng,… cùng sự việc viết cuốn sách kể lại kỉ niệm thuở ấu thơ của các bạn nhỏ. Đan cài, xếp đặt giữa sự kiện quá khứ và hiện tại, giữa các sự kiện bị lược bỏ yếu tố thời gian tạo ra cốt truyện không còn chặt chẽ.
Các sự kiện được chắp ghép theo một trình tự thời gian nhất định cũng mang tính chất tương đối trong xếp đặt. Thời gian không phải là yếu tố nòng cốt chi phối đến kết nối các sự kiện. Tôi đã thấy hoa vàng trên cỏ xanh được kể với các sự kiện được sắp xếp theo trình tự thời gian song được tách rời thành từng mảnh ghép. Mỗi mảnh ghép tập trung về một số sự việc nhất định, như chuyện xem hoa tay, chuyện ma của chú Đàn, nhà của Mận hay nhân vật Tường. Đây là những câu chuyện của các nhân vật khác nhau được kể bằng
hồi ức của "tôi" với góc nhìn riêng. Mỗi sự kiện chính đều được đặt trong tiêu đề chương mục của tác phẩm. Yếu tố thời gian trong trật tự trước sau của các sự kiện vẫn được thể hiện nhưng không thật sự nổi trội và có vai trò chi phối chính yếu trong sự xếp đặt của các sự kiện. Giữa câu chuyện tình của chú Đàn, vụ tai nạn nhân vật tôi gây ra cho Tường,… hay những sự kiện nhỏ khác không bị chi phối nhiều bởi yếu tố thời gian. Bởi vậy, sự sắp đặt các sự kiện bị nới lỏng, không có sự ràng buộc và kết nối chặt chẽ.
Các sáng tác của Nguyễn Nhật Ánh được kể dưới dạng hồi tưởng của nhân vật về những kỉ niệm trong quá khứ. Dưới cơ chế tâm lí của sự hồi tưởng vốn mang tính chủ quan và phụ thuộc vào tâm trạng của nhân vật, các sự kiện được gợi nhắc từ kí ức tùy thuộc vào sự liên tưởng của nhân vật. Để hồi tưởng về một sự kiện cần tồn tại mối quan hệ giữa quá khứ và hiện tại: có điểm tương đồng với sự kiện xảy ra trong hiện tại, nguyên nhân của hiện tại hoặc những kỉ niệm có dấu ấn đậm nét. Những sự kiện do đó có thể là những mảnh vỡ kí ức được chắp nối với thực tại bằng mối quan hệ tâm lí chủ quan của chủ thể hồi ức. Trong Cô gái đến từ hôm qua, Cho tôi xin một vé đi tuổi thơ,… những sự kiện – mảnh vỡ quá khứ đều được kết nối trong tác phẩm dựa trên mối quan hệ này. Các sự kiện trong Cô gái đến từ hôm qua là sự hồi tưởng kỉ niệm quá khứ với Tiểu Li – Việt An của hiện tại từ những gì xảy ra trong hiện tại của nhân vật tôi. Đó là mối quan hệ tương đồng giữa hiện tại và quá khứ. Cho tôi xin một vé đi tuổi thơ lại là sự ghép nối của các trò chơi tuổi thơ từ sự hồi tưởng của nhân vật cu Mùi hiện tại nhờ những dấu ấn kỉ niệm đậm nét.
Cốt truyện xây dựng từ chất liệu hồi ức được nới lỏng và gắn kết bởi những yếu tố chủ quan trong hồi tưởng. Cốt truyện không chặt chẽ nhưng đem lại sự đa dạng trong cách kể, tạo nên sự lôi cuốn, không câu thúc nặng nề với người đọc.