Phương pháp này được sử dụng cả trong phân tích định tính lẫn trong việc thu nhận mẫu nucleic acid [3].
Nguyên tắc của phương pháp này là dựa vào đặc tính cấu trúc của các nucleic acid. Đĩ là các đại phân tử sinh học tích điện âm đồng đều trên khắp bề mặt nên khi chịu tác dụng của một điện trường chúng sẽ di chuyển về phía cực dương của điện trường. Tính linh động của phân tử trong bản gel được tính theo cơng thức:
Log u= log u0 - KrC
- u0 là tính linh động của phân tửtrong mơi trường lỏng.
- Kr là hằng số làm chậm do cấu trúc gel cũng đồng thời phụ thuộc vào khối lượng phân tử của phân tử acid nucleic.
- C là nồng độ của gel.
Qua đĩ, ta thấy tính linh động của phân tử phụ thuộc vào 2 chỉ tiêu: Khối lượng phân tử tức là số lượng nucleotide hay cặp nucleotide và nồng độ các chất cấu thành gel.
Gel agarose là loại gel thơng dụng nhất do thao tác đơn giản, thường dùng để phân tách các đoạn cĩ kích thước 0,5 – 20 kb. Gel được đổ trên một giá thể ngang và thực hiện điện di theo phương nằm ngang. Các nucleic acid trong gel sẽ phát huỳnh quang khi chiếu tia tử ngoại (UV, λ ≈ 300nm) nhờ hợp chất ethidium bromide, chất này cĩ khả năng gắn xen vào giữa các base của acid nucleic và phát quang dưới tác dụng của tia tử ngoại.
Để ước lượng kích thước các trình tự acid nucleic trong gel agarose, người ta sử dụng một yếu tốđánh dấu trọng lượng phân tử. Đĩ là một tập hợp nhiều trình tự DNA cĩ kích thước đã biết trước (thang DNA - DNA ladder), thơng thường người ta sử dụng thang DNA của thực khuẩn thểλ được thủy giải bởi enzyme giới hạn HindIII [3].