Hiện Cảng Cần Thơ chưa khai thác hết công suất xếp dỡ dẫn đến hiệu quả đầu tư không cao và đổi mới công nghệ còn chậm, việc này cũng làm giảm hiệu quả khai thác tàu. Để khắc phục nhược điểm này, cần tập trung giải quyết các vấn đề sau:
- Rút ngắn thời gian chờ đợi bao gồm: thời gian làm thủ tục cho tàu cập bến, thời gian chờ lập kế hoạch cập bến, chờ thời tiết…Muốn thực hiện được điều này đời hỏi đại lý phối hợp với cảng cung cấp thông tin tàu kịp thời, đầu đủ, quy trình giải quyết thủ tục cho tàu cần đơn giản, nhanh chóng, bộ phận điều hành khai thác phải có giải pháp tốt để giải quyết các yêu cầu phát sinh, hạn chế việc điều chỉnh lại kế hoạch.
- Rút ngắn thời gian xếp dỡ container từ tàu lên cảng và ngược lại. Muốn thực hiện tốt công tác này đòi hỏi cảng phải huấn luyện tuyển chọn công nhân vận hành có kỹ năng tốt, xây dựng quy trình công nghệ khoa học cho từng loại hàng. Kế hoạch khai thác bến, bãi, tàu đều được thiết lập và triển khai đến các bộ phận có liên quan trước khi tàu cập bến.
- Khai thác an toàn góp phần bảo đảm hiệu quả kinh doanh, tạo miềm tin của chủ tàu đối với cảng, Vì vậy, Cảng cần đảm bảo độ sâu luồng và bến, hệ thống báo hiệu, đệm va, ánh sáng, công suất tàu hỗ trợ và trình độ chuyên môn của hoa tiêu, hạn chế thấp nhất tai nạn hàng hải và hiện tượng mắc cạn trên sông. - Đa dạng hoá các phương thức hoạt động để khách hàng có nhiều sự lựa chọn. Nghiên cứu tìm hệ các phương thức hoạt động giao nhận container giúp tiết kiệm chi phí cho khách hàng.