- Phân loại theo tiêu chí nguồn gốc ngơn ngữ +Địa danh được cấu tạo từ các yếu tố thuần Việt
b) Nhĩm địa danh được cấu tạo theo quan hệ chính phụ
Địa danh được cấu tạo theo quan hệ chính phụ chiếm tỉ lệ khá cao trong tổng số địa danh cĩ cấu tạo phức, đồng thời cĩ mặt ở cả ba loại địa danh (tự nhiên, hành chính, cơng trình xây dựng). Ví dụ: cầu Đà Rằng mới, xã Xuân Sơn Bắc, cầu Ơng Chừ,…
Trong các địa danh cĩ cấu tạo phức theo quan hệ chính phụ, vị trí của các yếu tố chính và phụ thường cĩ sự ổn định khá bền vững: Những địa danh được cấu tạo bằng các yếu tố thuần Việt thì yếu tố chính thường đứng trước. Ví dụ: núi Đá Trắng; những địa danh được cấu tạo bằng các yếu tố Hán Việt thì yếu tố chính đứng sau theo cấu trúc ngữ pháp tiếng Hán.
Ví dụ: thơn Phú Điềm (dãy phố giàu), thơn Nhiễu Giang,…
Đặc biệt là loại địa danh cĩ ba yếu tố cĩ cấu trúc chính phụ điển hình, trong đĩ, yếu tố thứ ba luơn là yếu tố hạn định cho hai yếu tố đứng trước.
Ví dụ: xã Sơn Thành Tây, xã Hịa Xuân Nam, thơn Mỹ Thạnh Trung, thơn Vĩnh Cửu Phú, thơn Vĩnh Cửu An, thơn Vĩnh Cửu Lợi.
Tham gia vào các địa danh cấu tạo chính phụ cĩ các yếu tố phân nghĩa chỉ phương hướng, vị trí, số thứ tự, luơn được đặt ở vị trí cuối của địa danh để thực hiện chức năng hạn định.
Ví dụ: thơn Tuy Phong 7, thơn Tuy Phong 8, buơn Độc Lập A, buơn Độc Lập B, buơn Độc Lập C, buơn Lé A, buơn Lé B, buơn Mùi A, buơn Mùi C, buơn Bưng 1, buơn Bưng 2.
Các yếu tố cấu tạo địa danh chính phụ cĩ thể là Hán Việt hay thuần Việt, tạo nên các địa danh cĩ cấu trúc song tiết Hán Việt - Hán Việt (như thơn Hội Phú, thơn Liên Thạch,…) hay Việt - Việt (thơn Suối Mây, thơn Hịn Giĩ, thơn Suối Bạc, thơn Cây Đa, ...), cĩ khi là hỗn hợp Hán Việt - Việt (như xĩm Gị Cốc...).
Đáng chú ý, cũng như nhiều địa phương khác, địa danh hành chính Phú Yên cĩ thể được cấu tạo bằng cách sử dụng một yếu tố trong địa danh chỉ đơn vị hành chính lớn hơn để tạo nên các từ ghép phân nghĩa mà yếu tố được phân nghĩa thuộc đơn vị hành chính bao trùm. Thường các địa danh hành chính cấp xã cĩ yếu tố đầu là yếu tố cuối của địa danh huyện.
Ví dụ: Huyện Tuy Hịa cĩ các xã Hịa Thành, Hịa Mỹ, Hịa Bình, Hịa Đồng,…
Huyện Tuy An cĩ các xã: An Xuân, An Nghiệp, An Định, An Dân, An Thạch, An Cư, An Ninh, An Hiệp, An Phú, An Hịa, An Hải, An Mỹ, An Lĩnh, An Chấn, An Thọ,…
Huyện Đồng Xuân cĩ các xã Xuân Lãnh, Xuân Phước, Xuân Quang,… Đặc biệt, cĩ hiện tượng nhà nước phong kiến Hán hĩa những địa danh Nơm do lưu dân đặt, tạo ra những địa danh Hán Việt tương đương về nghĩa với địa danh cũ. Thời mở đất Phú Yên thế kỷ XVII, lưu dân định cư ở đâu thường lấy địa hình nơi đĩ đặt tên làng. Ví dụ, định cư ở gần sơng Nhiễu thì đặt tên là thơn Sơng Nhiễu, gần núi Mái Nhà thì đặt tên là thơn Mái Nhà. Khi hình thành phủ, huyện, nhà nước đổi tên sang chữ Hán. Thơn Sơng Nhiễu đổi tên là thơn Nhiễu Giang, thơn Mái Nhà đổi thành thơn Phú Ốc, thơn Quán Mới
đổi thành thơn Phú Tân, thơn Đồng Bạc đổi thành thơn Ngân Điền, thơn Đá Bạc đổi thành thơn Cẩm Thạch.