* Công tác kiểm toán của KTNN được giao cho các KTNN chuyên
ngành (khu vực) chủ trì thực hiện; riêng cuộc kiểm toán báo cáo quyết toán NSNN do Vụ Tổng hợp chủ trì thực hiện. Các KTNN chuyên ngành (khu vực)
chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện các nhiệm vụ kiểm toán theo lĩnh vực, địa bàn được giao, gồm: xây dựng kế hoạch kiểm toán hàng năm, tổ chức thực hiện các cuộc kiểm toán được Tổng KTNN giao, kiểm tra thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán.Mỗi cuộc kiểm toán do một đoàn kiểm toán thực hiện. Đoàn kiểm toán được Tổng KTNN quyết định thành lập trên cơ sở đề nghị của thủ trưởng đơn vị chủ trì kiểm toán (Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành (khu vực), Vụ trưởng Vụ Tổng hợp). Thông thường, đoàn kiểm toán gồm các thành viên thuộc đơn vị chủ trì kiểm toán; tuy nhiên, một số cuộc kiểm toán, nhất là các cuộc kiểm toán chuyên đề có thể do nhiều đơn vị tham gia phối hợp thực hiện. Quy trình kiểm toán của KTNN bao gồm 4 giai đoạn: chuẩn bị kiểm toán; thực hiện kiểm toán; lập và gửi báo cáo kiểm toán; kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán. Giai đoạn 1 (chuẩn bị kiểm toán) và giai đoạn 4 (kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán) do Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành (khu vực) tổ chức thực hiện. Đoàn kiểm toán chỉ thực hiện 2 giai đoạn trong quy trình kiểm toán: thực hiện kiểm toán; lập và gửi báo cáo kiểm toán.
Mỗi đoàn kiểm toán có nhiều tổ kiểm toán khác nhau, đứng đầu là Trưởng Đoàn kiểm toán và có 1- 2 Phó trưởng Đoàn kiểm toán giúp việc; mỗi tổ gồm Tổ trưởng và một số thành viên. Công tác kiểm toán được thực hiện chủ yếu tại các đơn vị được kiểm toán; một số cuộc kiểm toán trong lĩnh vực dự án đầu tư xây dựng công trình được thực hiện tại trụ sở cơ quan KTNN. Khi tiến hành kiểm toán tại các đơn vị cơ sở, tổ kiểm toán phải thực hiện các bước công việc theo trình tự: lập kế hoạch kiểm toán chi tiết, tiến hành kiểm toán, lập biên bản kiểm toán. Kế hoạch kiểm toán chi tiết do Tổ trưởng Tổ kiểm toán lập và phải được sự xét duyệt, thông qua của Trưởng Đoàn kiểm toán. Biên bản kiểm toán phải thông qua và có chữ ký xác nhận của thủ trưởng đơn vị được kiểm toán. Các biên bản kiểm toán của các tổ kiểm toán là căn cứ để Trưởng Đoàn kiểm toán lập báo cáo kiểm toán. Với cách thức kiểm toán như vậy, trong thời gian tham gia kiểm toán các KTV chủ yếu ở cơ sở.Đặc điểm này có ảnh hưởng nhất định đến quản lý chất lượng kiểm toán và đạo đức nghề nghiệp của KTV.
* Quy trình kiểm toáncủa KTNN gồm 4 giai đoạn: Chuẩn bị kiểm toán;
Thực hiện kiểm toán; Lập và gửi báo cáo kiểm toán; Kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán. Đây là quy trình kiểm toán đã được quy định trong Luật KTNN. Trong Luật này cũng quy định rất rõ nội dung từng giai đoạn của quy trình kiểm toán, thời gian lập, xét duyệt và gửi báo cáo kiểm toán; đồng thời quy định rõ trách nhiệm và thời hạn giải trình của đơn vị được kiểm toán.
Trên cơ sở quy định của Luật KTNN và thực tiễn hoạt động, Tổng KTNN đã có Quyết định số 04/2007/QĐ - KTNN ngày 02/8/2007 ban hành quy trình kiểm toán của KTNN (thay thế Quyết định số 03/1999/QĐ-KTNN ngày 06/10/1999 của Tổng KTNN). Theo đó:
Quy trình kiểm toán của KTNN quy định trình tự, thủ tục tiến hành công việc của mỗi cuộc kiểm toán. Quy trình kiểm toán được xây dựng trên cơ sở quy định của Luật Kiểm toán nhà nước, hệ thống chuẩn mực kiểm toán nhà nước và thực tiễn hoạt động kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước.