Cơ cấu tổ chức, quản lý điều hành của Vietnam Airlines gồm có:
Hội đồng thành viên (HĐTV): Hội đồng thành viên là cơ quan đại diện theo ủy quyền của chủ sở hữu Nhà nước tại Vietnam Airlines; thực hiện các quyền, nghĩa vụ của chủ sở hữu tại Vietnam Airlines và đối với các công ty do Vietnam Airlines đầu tư toàn bộ vốn điều lệ, quyền và nghĩa vụ của chủ sở hữu đối với phần vốn góp của Vietnam Airlines tại các doanh nghiệp khác. Nhiệm kỳ của Hội đồng thành viên không quá 05 năm. Thành viên Hội đồng thành viên có thể được bổ nhiệm lại.
Tổng giám đốc: Tổng giám đốc là người đại diện theo pháp luật, điều hành hoạt động hàng ngày của Vietnam Airlines theo mục tiêu, kế hoạch và các nghị quyết, quyết định của Hội đồng thành viên, phù hợp với Điều lệ của Vietnam Airlines và quy định của pháp luật; chịu trách nhiệm trước pháp luật và Hội đồng thành viên về việc thực hiện quyền hạn và nhiệm vụ được giao.
Các Phó Tổng giám đốc, Kế toán trưởng: Vietnam Airlines có một số Phó Tổng giám đốc và 01 Kế toán trưởng do Tổng giám đốc đề nghị HĐTV bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, ký hợp đồng, chấm dứt hợp đồng, mức lương và các lợi ích khác. Các Phó Tổng giám đốc giúp Tổng giám đốc điều hành Vietnam Airlines theo phân công và ủy quyền của Tổng giám đốc; chịu trách nhiệm trước Tổng giám đốc và trước pháp luật về nhiệm vụ được Tổng giám đốc phân công hoặc ủy quyền. Kế toán trưởng có nhiệm vụ tổ chức thực hiện công tác kế toán và thiết lập bộ máy kế toán của Vietnam Airlines đề xuất các giải pháp tài chính nhằm bảo đảm nguồn vốn cho nhu cầu sản xuất kinh doanh, đầu tư phát triển Vietnam Airlines; giúp Tổng giám đốc giám sát tài chính và phát huy các nguồn lực tài chính tại Vietnam Airlines theo pháp luật về tài chính, kế toán; có quyền hạn và nghĩa vụ theo quy định của pháp luật. Kế toán trưởng chịu trách nhiệm trước Tổng giám đốc và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công hoặc ủy quyền.
Bộ máy giúp việc: Bộ máy giúp việc gồm văn phòng, các ban, (phòng) chuyên môn, nghiệp vụ của Vietnam Airlines có chức năng tham mưu, giúp việc HĐTV, Tổng giám đốc trong quản lý, điều hành công việc.
b.Thành viên Hội đồng thành viên, Ban Giám đốc điều hành